其二，关于郑芝龙与澳门葡人之间的冲突。郑芝龙与澳门颇有机缘，这是他年轻时曾经寄脚的地方，同时也是其皈依天主教的处所。但据帕拉福克斯披露，郑芝龙几乎因为索回女儿遭拒而发兵攻打澳门葡人：
    我认为现在有必要谈谈发生在一官和澳门葡萄牙人之间的一个分歧。他对该城一直怀有一种偏爱与重视，那儿是他年轻时生活过的地方，那时他从未奢望能有今天这样高的地位。但一件大事的发生几乎促使他（就像他威胁的那样）与（澳门）居民们大起冲突。事情是这样的：他在日本发迹之初，在那儿有一位私生女。她曾受洗，接受天主教教育。天主教徒们被驱逐出日本后，她夹在他们当中逃至澳门。在那里她被好心人收留，教导她虔诚地信奉天主教。当一官被告知他的女儿在澳门后，就向葡萄牙人索要她，因为是他的孩子。葡萄牙人知道这是父亲在索要自己的孩子，但他们却认为不宜将他的女儿归还他，因为她是一位天主教徒，而他尽管受过洗礼，接受天主教信仰，但现在却过得像一位外教人，来往的也都是这一类人。但葡萄牙人希望充分地研究、考虑如此重要的一件事情，为此他们召集了教士及其他虔敬人士商议，大家决定不应该将这个孩子交还给她的父亲。得知这个消息后，一官极其可怕地威胁他们，他将率领一支由500或1000艘船组成的舰队来围困澳门，用武力夺回女儿，让所有扣留其女儿的人都遭到灭顶之灾。而且从即刻起，他将通过断绝他们从中国获得任何给养的方式来困死他们。(82)
    尽管面临如此可怕的威胁，澳门葡人仍然没有将女儿归还给郑芝龙。然而，不知什么原因，郑芝龙最终平息了怒火，未将征澳计划付诸实施，也没有在海上切断澳门葡人与马尼拉之间的通道。因为其后不久，一艘从澳门驶往马尼拉的葡船遭遇风暴漂到福建沿海时，受到了郑芝龙的良好款待。郑芝龙下令为该船补充了给养，并护送其返回澳门。有意思的是，这些受到郑芝龙善待的葡萄牙人“观察到一官拥有一个十分奇异的小教堂”，他们注意到教堂里耶稣基督与圣母玛利亚及一些天主教圣人的塑像与众多中国神像摆放在一起。(83)帕拉福克斯的上述记载值得重视。郑芝龙向澳门葡人索女事件几乎不见于中文史料，但依据西文史料记载确有其事，如在方济各会士利安当(Antonio de Santa Maria Caballero)、文度辣(Bonaventura Ibánez)等人的记载中可以确证。(84)而帕拉福克斯此处书稿无疑是较早披霹其事件始末的西文文献，对深入研究郑氏家族与澳门关系具有一定史料价值。
    其三，郑芝龙乞师日本。隆武二年（1646年）六月，郑芝龙奉隆武帝命派遣黄征明、康永宁为正、副使，携带书信率使团前往日本，请求发兵助明抗清。(85)关于此次赴日乞师事件，目前所见史料主要出自日本，(86)中方资料少有记载，至于西文资料也是极其罕见，而帕拉福克斯则在书中记录了这一事件。据帕拉福克斯的描述，郑芝龙为了抵抗“鞑靼人”的进攻，决定“向日本皇帝派遣一个使团以求援”，但遭到了日方的拒绝，日本皇帝答复郑芝龙使团的理由是：“如果是中国的合法统治者崇祯向他求援，他本该派遣一支由其最好的战士组成的规模可观的军队前去救援。同样，如果是崇祯的合法继承者的任何一个王子向他求援，他也乐于做同样安排。但任何个别的人的强求，他是不能同意的。”(87)帕拉福克斯认为日方回绝郑芝龙求援的原因是日本皇帝耽于享乐，丧失斗志。(88)这是不符合事实的。实际上，日本方面在郑芝龙使臣到来后，曾经慎重地讨论了出兵事宜，结果是不出兵的主张占了上风。正当他们决定派遣使臣到长崎向郑芝龙的使臣作出解释的时候，恰好得知郑芝龙已经降清的消息，就令长崎地方官通知郑芝龙的使臣回国。(89)
    其四，郑芝龙降清后所部助清攻明。帕拉福克斯书中还记载了两条关于郑芝龙降清后其部下加入清军行列，在击败广东复明义军过程中发挥重要作用的史料。第一条史料提到了郑芝龙所蓄著名的黑人军。郑氏家族蓄有一支战斗力颇强的黑人军，这些黑人主要是由澳门逃奴组成，人数约有数百人。他们信奉天主教，大多是职业铳手，郑芝龙曾将他们编为私人卫队。(90)对于郑芝龙降清后这支黑人军的下落，由于缺少直接的史料，几成历史之谜。令人高兴的是，在帕拉福克斯书中就提到了这批黑人军在1647年春与清军一起抵抗广东复明义军围攻广州的踪迹：“在参与守卫广州城、抵抗海盗进攻的军队中，有数量超过200、来自不同国度的黑人，他们都是天主教徒，是由澳门逃往中国的奴役。在战争爆发之初，这些黑人数量超过300，他们都在著名的一官的指挥下抗击鞑靼人。一官信任他们胜过中国人，总是让他们紧随左右，而他们也以名副其实的勇敢和忠诚效力于他，直到他被鞑靼人打败的那一刻。在那时，他们中的一些人紧随一官身旁力战至死。那些活下来的数目大约有200人，后来他们就投入了鞑靼人军队，并成为广州守军中的一部分。”(91)这条材料值得重视，它清楚地表明郑芝龙降清后，其所部黑人军大部分都被编入清军，并被征调到广东参与平定复明义军的战役。依据帕拉福克斯的记载，这些黑人战士在守城时发挥了关键性的作用。他们作战勇猛，不惧死亡，令目睹其勇敢行动的“鞑靼人”震惊万分。战斗结束后，黑人士兵们放下武器，从战场前往广州城中的耶稣会教堂感谢天主给予他们的庇佑。(92)第二条史料则提到郑芝龙所部水师在广州协助李成栋征战的情况。郑芝龙在降清前夕拥有一支庞大的水师，“（芝龙）保安平时，楼船尚五六百艘，军容垣赫，战舰齐备，炮声不绝，震动天地”(93)。在他降清后，“诸郑溃散”，除了一部分部属在郑彩、郑鸿逵、郑成功率领下入海外，也有一部分归降清军，被调往广东参战。(94)但是，对于这部分归降郑军的规模及参战情况，因史料匮乏，尚未得到深入研究。而帕拉福克斯书中则载有如下反映这些归降郑军水师参与平定广东战役的史料：“1647年4月初，就在广州城前第二次打败海盗之后的十天，一支原来归属著名的一官指挥的水师出现在同一城市。如前所述，这是他被捕后交给鞑靼人的那些军队中的一部分。虽然只有70艘战船，但都装备精良，给养充足，战士与水手齐备。他们连船带人投靠鞑靼人，为其与海盗们交战而效劳。这是一官将士中最小的一部分，其余的都从鞑粗人那里逃脱加入到海盗们的行列中去了。”(95)这条引文清楚地表明郑芝龙降清部下的规模及其去向。由此也反映了帕拉福克斯此书确实包含有不少值得我们重视并加以进一步研究的史料。