为了挽救地主家族经济的衰落，为了巩固自然经济的基础，有的顽固的缙绅地主大搞宗法组织和宗族经济活动，从而形成严密的宗族组织制度和宗族经济的兴起。本来自明中叶以后，传统的宗法关系，如“贵贱”、“良贱”、“尊卑”、“长幼”等血缘宗族关系，在商品经济的冲击下，伴随着佃农、奴仆的抗争，这些封建宗法关系日趋松驰。如在安徽，《太函集》记载：“诸贾为会，率以赀为差，上贾据上座，中贾次之，下贾侍侧”。再不是以少长年齿，而是以资本大小安排座次。同时，原来宋元时官府只允许品官之家於居室之东建家庙，祭祀高、曾、祖、父四代祖先。庶人不许建家庙，但许在居室的中间建龛祭祀祖父二代祖先（参见《续文献通考》卷115，宗庙孝，大臣家庙）。 可见宋元时祭祀祖先限于家族范围。自嘉靖十五年（1536年）十一月夏言请世宗允许臣民祭祀始祖始，於是扩大了祭祖权，出现各支同姓宗族联宗祭祖的现象（参见《桂州奏议》卷21，《乞诏天下臣民冬至日得祀始祖议》）。这样家庙便变成祭祀始祖的大宗祠。扩大了祭祀祖先的规模和范围，显示了明代祭祀祖先的宗族性的特点。在这前提下，缙绅地主在农村大搞宗族组织活动，普遍出现大建宗祠，祭祀始祖。如在广东佛山，史称：“［明］世宗恩以尊亲之义广天下，采夏言议，令天下大姓皆得联宗建庙祀其始祖，於是宗祠遍天下。……我族各祠亦多建在嘉靖年间”（《岭南洗氏宗谱》卷2）。所以明末屈大均说：广州府“每千人之族，祠数十所，小姓单家，亦有祠数所。其曰大宗祠者，始祖之庙也”（《广东新语》下册，中华书局版，第464页）。在安徽旌德的戴氏宗族，也是在世宗诏令之后建置始祖祠堂的。史称：“至明世宗诏令天下士庶，得祀始祖，族人因於万历丁酉（25年，1597年）辟地构祠。”（《民国旌阳留村戴氏族谱·留村叙伦祠记》）。在浙江新昌县，万历时，民间也建“始祖祠堂，以冬至日祀之”（《万历新昌县志》卷4，风俗志，祭礼）。可见明代修建宗祠祭祀始祖的热潮。与此同时，为了控制族权，他们强化了族长的权力；为了贯彻以孝治天下，推行“分疏戚、序尊卑”的封建礼教，他们编纂族谱，策划构建宗族组织机构。特别值得注意的，就是大搞宗族经济，使宗族经济在各地迅速兴起，对后来社会经济的发展影响很大。
    宗族经济的结构和内容：一是普遍设置族田。族田是宗族存在的基础。每个宗族都置有族田，族田因用途不同而又称为祭田、祠田、尝产、公田、学田、义田等。明代的族田是宋元时期族田形态的延续，但在数量和分布上都远远超过以往任何时期，而且发展速度惊人，如在广东番禺沙湾留耕堂的族田，万历十五年（1587年）只有14亩，明末增长至2144亩，康熙五十七年（1718年）增达16409亩，乾隆年间续增达31676亩，至民国九年（1920年）竟达56575亩。在333年间增加了四千零四十倍。同时，族田发展的结果，有的地方超过了点耕地面积一半或以上。根据民廿三年（1934年）陈翰笙先生等人的调查统计，番禺、中山的族田占总耕地面积50％，顺德新会的族田占总耕地面积60％，珠江三角洲各县族田平均占50％（《广东农村生产关系与生产力》第14－17页）。除广东外，其他省区的族田亦有发展，根据李文治先生统计的族田资料，宋元时只有70多宗，明代即多达200宗（参见《中国经济史研究》，1988年第1期）。可见明代族田的发展，分布在广东、福建、安徽、江西、浙江、江苏广大地区。
    族田的来源，主要是族人捐献、遗产归公、分家提留和以族产收入购置等，其中以族人捐献为多，而族人捐献又以乡绅为主，他们往往是创建者。如吴县族田义庄的创建者，多系“累世仕宦之家”（清俞樾：《嚷长洲俞氏缵安义庄记》，载《民国吴县志》卷31）。又如在福建福州，史称：“叔祖［林］廷瓒……恐嗣子不肖，以私田若干亩充之宗祠，计供祭外，还有遗积”（《云程林氏家乘》卷11）。族田的收入主要用于缴交赋税、祭祀祖先、赈济族人、兴办教育、备荒以及举办公益如修路建桥、筑搪设坝、立茶亭办义渡等。如万历年间苏州吴氏宗祠置有族田六百亩，“内以二百亩以奉公田，以资公役；以五十亩为报本田，以供粢盛，以会族食；以五十亩为敦睦田，以恤匮乏，以尊年高；以五十亩为嘉礼田，以时婚配，以重人伦之本；以五十亩为凶礼田，以谨丧葬，以厚人道之尊；以百亩为学田，以教以掖，以成后昆之美：以百亩为备荒田，以储以散，以裕歉岁之需。”（《光绪吴氏支谱》卷12，《创立继志义田记》）。建立祠堂和建置族田的目的，清人张永铨说：“祠堂者，敬宗者也；义田者，收族者也”（《先祠记》，载《皇朝经世文编》卷66）。所谓“敬宗”，即慎终追远，追溯宗族血缘关系的尊卑伦序，最终也是为了“睦族”。所以清人陈宏谋也说：“敬宗即所以睦族”（同上书卷58，《寄扬朴园景素书》，中华书局本）。“收族”也就是“睦族”。可见利用祠堂族田作为维系宗族的血缘关系，防止族人离散，达到维持宗族秩序的目的。二是建置圩市，完全是为了宗族集团的利益而开设的。无论北方和南方，都有宗族共有的圩场集市。如在福建顺昌县，史称：“惟四郎公即乐耕织，守居原地石碧，是为四世祖。于宋淳熙二年买到张廷郎荒山一片，地名禾口，……。于万历年间开圩市，所造屋宇店房上冈下街，冈街之祖（？租--引者），先年三房均分为定，遗有空基，所造蓬厂之租，抽归四郎公位下春秋供祭之需，轮流管理。”（《张氏族谱·禾口圩记》，转引傅衣凌：《明清社会经济变迁论》，人民出版社1989年版，第37页）。不过，在广东，十分突出。史称：明宣德年间，番禺萝冈圩就是里人钟族的钟守分、钟百揆首建，铺百余间（参见《同治番禺县志》卷18，建置略5，圩市）。万历以前，吴川县梅菉圩“本梅姓、陆姓创始，故曰梅菉圩”（梁兆竖：《梅蔑志》卷1，地理沿革）。万历年间，阳春县东门外的河亮圩，也是胡杨二族兴建的（《万历阳春县志》卷2，圩市）。建置圩市的目的，就是抽取地租和课税。明朝宗族的头面人物建置圩市抽取地租的具体个案，一时未找到史籍记载。但嘉靖二十八年（1549年）广东布政使司分守岭南道左参政项乔实行禁革圩市称：“近又查有势宦乡豪於圩市埠头交易凑集去处，或多开铺面，或多搭卷蓬，或代出架阁，类先夤缘立为圩主，每岁愿纳银在官，听其取民顾赁之利，官府利之而不知其害，往往给帖与之》（明黄佐：《广东通志》卷25，圩市）。可见明代圩主已“掘地征商”，收取地租。由于他们横征暴敛（见下文），遭到项乔的禁革，但是根本没有禁革除绝，至清代乃存在，“虚主按期收地租”（清张渠：《粤东闻见录》，《岭南丛书》本，第48页）。如嘉庆年间顺德村头圩“圩地铺宇……向归四十排输税收租者，仍归经管”（《咸丰顺德县志》卷5，圩市）。至于宗族的头面人物征收课税的情形，如在阳春县，史称：万历年间，阳春县东门外的河亮圩，因“用胡杨二家地，……准二姓收税”（《万历阳春县志》卷2，圩市）。 该圩一直到道光年间尚是胡杨二姓收税（参见《道光阳春县志》卷4，圩市）。由于圩场的土地，原是税地，需要向官府缴纳田赋的，因而只要继续向官府承税，便可以在其上建筑铺舍，供商人做生意，而地主经批准便成为圩主，有权管理圩场，征收课税。圩主征收的课税，因为各自为政，没有制度，任由圩主个人意志决定，名目繁多，各地不一，综合起来，计有：（1 ）牙税，即充当牙人，撮合买卖双方成交，从中抽取佣金。圩主从牙人所得的佣金，提取若干，称为牙税。这在明初是禁止的，不许官牙私牙的存在。但是牙人“阴结明文而阴擅其利”，一直存在（参见明王佐：《广东通志》卷25，圩市）。（2）商品税，如上所述， 明代广东圩主“每年愿纳银在官”，官府“往往给帖与之，彼即依凭恣肆，无时无处不任意抽分，虽柴米鸡豚之常资，油盐酱醋之末品，亦无不厚取其税焉”（明黄佐：《广东通志》卷25，圩市）。此外，尚有落地税、牌照税等。这些课税，如何抽法？税则如何？不明。明中叶以后，课税曾经一度“属公家”，收归官府所有，但官府为了省事和收到足额税款，实行包税制，因而使势宦乡豪--多为宗族的头面人物，可以“类先夤缘立为圩主。，如上所述。他们征税，势如虎狼，私“设公座，陈刑具”，严刑威迫，横征暴敛（参见明王之甫：《粤剑编》卷2）。他们籍此中饱私囊，而缴交官府的只是很少的一部分。如嘉靖年间，东莞卢盂吉“违例用强抽取圩税”，五年间，“得银八百余两”，由于他“买嘱该县吏书，串招止捏得银七十八两，又称花费二十八两免追”外，实上交只五十两（明戴景辑：《嘉靖广东通志初稿》卷18，风俗）。所以明人王之甫说：“豪右因以抽税，……公家所得百一耳。尝闻有一圩，岁收可得百金，仅纳银八钱。其大者可推矣。（明王之甫：《粤剑编》卷2，志时事）。结果“小民日受其害，敢怒而不敢言”（明黄佐：《广东通志》卷25，圩市）。严重地阻遏了地方圩市商业的发展。宗族所控制的圩市，所抽取的地租和课税，除了部分流入私囊外，其用途和族田没有多大分别。如上引福建顾昌县张族共有的禾口圩，其所抽的地租，就是“抽归四郎公位下春秋供祭之需”的。又如在东莞，明人叶石洞说：“章村有圩，为肆若干，……坐肆之租有常，负戴提挈贸於途者无常，薄取之。岁入若干强，会民读法春秋赛祠，问高年宾髦士，凶荒祈望，岁经费，皆取给焉”（《东莞县志》卷21，叶石洞《章村圩记》）。可见宗族抽取“坐肆之租”和“负戴捉挈贸于途者”的落地税，作为祭祠等经费。也有作为办学经费的，如电白圩场所抽收的地租和课税，作为族中办学的经费的，就称这圩场为“学圩”（参见强兆统纂修：《康熙电白县志》卷1，建置志，圩市）。就是佐证。