陈寅恪认为，“有清一代经学号称极盛，而史学则不逮宋人”。究其原因乃在于，“往昔经学盛时，为其学者，可不读唐以后书，以求速效。声誉既易致，而利禄亦随之。于是一世才智之士，能为考据之学者，群舍史学而趋于经学之一途”。那些有余力而治史学之人，也只能以经学的方法治史学，这种治史方法往往“止于解释文句，而不能讨论问题”（54）。这是就清代史学的总趋势而言的。陈氏自然不是一般地反对“解释文句”，在现代学术大师中陈氏自己就是以精湛的考证见长的，但在他看来，史学更重要的职能乃是“讨论问题”，因此他心目中的史学应当是“解释文句”与“讨论问题”的统一，实证与议论的统一，以达到“从史实中求史识”（55）。从这个意义上，陈氏十分推重以司马光为代表的赵宋史学传统。事实上，这一传统在清代史学领域并没有完全断层，无论是清初的黄宗羲及其“浙东学派”主张的以理学治史学，还是乾嘉盛时章学诚之经世致用思想，从其中可以微察赵宋史学传统之延续。至于乾嘉巨子钱大昕，其学识宏富，推理精湛，直追赵宋史著，故深为陈寅恪所推重，称其“精思博”，为“清代史家第一人”（56）。而晚清王国维等一代大师“求真的精神，客观的态度，丰富的材料，博洽的论辨”乃达到了既跨越乾嘉诸老、也跨越赵宋史家的“更上一层”的学术境界。
    从“解释文句”与“讨论问题”统一的思想出发，陈寅恪指出：“一时代之学术，必有其新材料与新问题。取用此材料，以研求问题，则为此时代学术之新潮流。”（57）敦煌新材料的发掘及其对中国中古史研究的影响就是这一新潮流的典型例证。他认为杨树达《论语疏证》与“宋贤治史之法冥会”，重要一点就是该书既能“考订是非”，又能“解释疑滞”，颇得“司马君实李仁甫长编考异之法”的精义（58）。将问题讨论寓于资料排比、考订之中，陈氏认为是值得推重的治史体例，这种体例似源于裴松之注《三国志》时采用的当时内典合本子注的体例，司马光以后，《续资治通鉴长编》、《三朝北盟会编》、《建炎以来系年要录》等，均可视作此种体例（59）。
    推证可以视作陈寅恪治史“讨论问题”的基本方法，陈氏著述中屡屡提及的“推论”、“推测”、“假设”等均可看作对这一方法的近似表述。其基本思路是综合材料提出问题、并以此问题为中心引述资料论证之。如《隋末唐初所谓“山东豪杰”》一文，就是从史乘屡见的“山东豪杰”之语提出问题，即“此‘山东豪杰’者乃一胡汉杂糅，善战斗，务农业，而有组织之集团，常为当时政治上敌对两方争取之对象”。并以此“假说”为出发点，推测其成立之由来。他将史乘所见的“山东豪杰”分成三类，分别予以推证。以第一类窦建德、刘黑闼为例，作者综合史料得出“窦建德、刘黑闼等徒党为隋末唐初间最善战而有坚固组织之集团”的结论。再将依次推证的结论予以归纳，假说得以成立。最后作者自述其思路说：“总之，冀、定、瀛、相、济、青、齐、徐、兖诸州皆隋末唐初间山东豪杰之出产地，其地实为北魏屯兵营户之所在。由此推测此集团之骁勇善战，中多胡人姓氏（翟让之‘翟’亦是丁零姓），胡种形貌（如徐勣之类），及从事农业，而组织力又强。（其中由镇兵转为农兵之历程涉及北朝兵制范围，……）求其所以然之故，苟非假定此集团为北魏镇兵之后裔，则殊难解释。”（60）《武曌与佛教》一文，基本材料是“旧史及近出佚籍”，提出武则天与佛教这一谈之虽多而“实少所发明”的史学问题（61）。作者分别从武氏与杨隋宗室佛教信仰的渊源关系以及她柄政之际与佛教符谶之间的关系的考察中，论述了隋炀帝大业初至唐睿宗景云之初佛教地位的升降与武氏家世及武氏和佛教的关系，其间推证合理，材料翔实。再如赵翼《廿二史札记》有“江左世族无功臣”一条，陈氏认为，此条“暗示南朝政治史及社会史中一大问题，惜赵氏未能阐发其义，即江左历朝皇室及武装统治阶级转移演变之倾向”，陈氏作《魏书司马叡传江东民族条释证及推论》一文，该文由“释证”与“推论”两部分构成，作者从大量材料的释证中推论出，南朝统治阶层之有武功者大都出自善战之民族，尤其是北方南徙的善战民族，概而言之即“北人中善战之武装寒族为君主领袖，而北人中不善战之文化高门为公卿辅佐。互相利用，以成此江左数百年北人统治之世局也”（62）。这个结论澄清了中古史中的一个重大问题，也是陈寅恪之于南朝社会政治史的独到见解。