“猫鼬行动”几乎从开始就遭到中情局局长麦科恩等人的反对，他们非常怀疑能够在古巴成功地发动一场“起义”，认为除非美国公开进行军事干预，否则对古巴施加的外交、政治和经济压力就不会取得既定目标；随着时间的推移，苏联的大量援助会使古巴政府变得更为强大，并完全倒向莫斯科一边，要求政府“使用军队摧毁古巴政权，占领古巴”。（42）8月初，中情局完成了分析报告，结论是卡斯特罗仍牢牢控制着古巴，古巴军队几乎可以肯定会支持和捍卫现政府，在目前形势下完全有能力平息任何反叛行动。（43）泰勒也坦承，如果没有美军的直接介入，看不到卡斯特罗政权被推翻的可能性。（44）8月23日，肯尼迪同意尽一切努力加快实施“猫鼬行动”，以挑起反对古巴政府的大规模骚乱，必要时美国将进行军事干预，并要求国防部制订计划，准备摧毁古巴对美国可能实施核打击的任何设施。（45）
    由于古巴政府采取了严密的防范措施，美国策划的各种破坏活动进展迟缓，美国领导人要求采取“新的、更为有力的”大规模行动，以削弱卡斯特罗政府，为美军的直接干预创造有利机会。美国发现苏联在古巴的导弹基地后，“猫鼬行动”暂时停止活动。据古巴方面统计，自1962年1月至8月，古巴流亡分子共在716处实施了5780次破坏行动和恐怖袭击，其中不少是针对重要的工业和公共设施。（46）美国没有达到挑起内乱、推翻古巴政府的目的，但给古巴经济和社会造成了一定的危害，并在很大程度上促使古巴领导人向苏联寻求支持和帮助，以对抗美国可能的直接入侵，确保国家的安全。在古巴和苏联领导人看来，这些破坏活动只不过是美国大规模军事干预的前奏。
    尽管在实施“猫鼬行动”方面成效不大，美国对古巴的应急作战计划却得到大幅完善，从西海岸向加勒比海地区调集了大量军队、轰炸机和舰艇等，在东南沿海各基地储备了充足的燃油、弹药和各种作战物资，并加强了该地区的防空能力。英国政府同意美国在巴哈马群岛的一个小岛上预先存放作战物资和装备，条件是这只是一个“君子协议”，不签署正式文件，并要求美国在使用这些物资、装备时应事先取得英国同意。（47）一位参与制定应急作战计划的海军官员回忆：当时政府正从各地调集军队和飞机，“实际上我们所做的一切都是为了准备入侵古巴”。另外一位在两栖登陆部队中负责情报工作的官员也承认，“我们一直都在训练并准备发动大规模的两栖进攻”，并“仔细研究了各种地图和可能的登陆滩头”。（48）同时，为了摧毁古巴经济，美国军方也在加紧准备对古巴实施海空封锁，认为这一措施可以在相对短的时间内使古巴经济陷于停滞，特别是石油禁运，对古巴经济的影响将是灾难性的，古巴经济会因此陷于崩溃。（49）
    随着古巴防御系统的不断加强，特别是在发现了地对空导弹之后，美国军方对应急作战计划作了较大幅度的修改。肯尼迪、麦克纳马拉与参联会讨论了对苏联在古巴的地对空导弹基地发动空中打击的可行性，以及美国可能遭受的伤亡，指示空军和海军飞行员进行模拟攻击训练，强调要确保对应急作战计划不断进行完善，必须考虑到苏联的装备和技术人员源源不断地涌入古巴这一因素。肯尼迪还要求军方考虑重建一支古巴人的武装力量，以便参与实施应急作战计划。（50）9月初，国防部副部长吉尔帕特里克向肯尼迪表示，尽管古巴的进攻与防御能力都较前有了很大提高，参联会认为按照目前的应急计划，美军可以应对任何新的威胁。14日，海军作战部敦促参联会尽早采取行动，推翻古巴政府，担心古巴的防御体系一旦完成，苏联就会在古巴建立进攻性基地，并部署核武器，届时如果美国再发动进攻则会付出更高昂的代价，甚至有可能引发一场大战。（51）18日，空军开始进行大规模的模拟轰炸飞行训练，以便实施“312行动计划”，各项要求均与实战要求大体相当。27日，斯威尼将作战计划提交给空军参谋长莱梅和大西洋司令部，并获批准。莱梅指示，空军部门应到10月20日完成实施“312行动计划”的一切准备工作。（52）
    按照“312行动计划”，美军将在6小时内投入152架飞机、12小时内增至384架飞机、24小时内出动470架飞机对古巴实施空袭，以摧毁古巴的空军和导弹设施，削弱其进行战争的能力。打击目标首先是机场、导弹基地、雷达及其他防空设施；其次是有选择性地摧毁其交通和通讯设施；再次是部队和炮火的集结地及海军舰艇等。入侵计划确定在古巴东、西部发起进攻，进入古巴境内的部队应在目标区域内迅速集结，切实保护区域内的机场和港口，同时要有能力尽快对哈瓦那地区实施占领。西部地区是主战场，进攻之日由美军第82和第101空降师将空降部队送往指定的6个区域，占领哈瓦那附近的四个主要机场以及马里埃尔港口。在此区域作战的部队包括第1和第2步兵师、第1装甲师和海军陆战队第5特遣旅等，另有第4、5步兵师和第2装甲师为机动预备队。在东部，主要是加强关塔那摩海军基地的力量。（53）
    10月1日，麦克纳马拉、参联会新任主席泰勒审议了对古巴的应急作战计划，商讨了在何种情况下采取军事行动以及采取何种行动等问题，确定到10月20日最大限度地完成空袭和入侵行动的一切准备。（54）麦克纳马拉要求五角大楼就行动准备、所需动用的兵力、行动后果以及对美国应对其他地区的威胁所造成的影响等进行研究，提出具体的行动方案，同时强调应急作战计划的政治目标是消除苏联进攻性武器对美国的安全威胁，并推翻卡斯特罗政府。他表示，实现第二个目标更为困难，一旦实现第一个目标，应集中力量确保完成第二项目标。（55）
    肯尼迪要求空军部门模拟建造苏联地对空导弹发射台，以便进行轰炸演练。但在五角大楼看来，古巴飞机的混凝土掩体要比地对空导弹发射台更难于摧毁。因而，战术空军司令部在内华达一空军基地建造了古巴机场使用的混凝土防弹掩体模型，用来进行投弹演练和分析轰炸效果。麦克纳马拉向肯尼迪表示，“已经采取措施以确保我们对古巴的应急作战计划不断更新”，打击目标清单已经分发给飞行员；一旦确定了新的导弹发射台，在收到照片的数小时之内即可将其列入攻击目标清单。（56）10月6日，丹尼森敦促有关各部进一步做好实施应急作战计划的准备，包括预先部署与调拨部队、飞机、船只、装备及补给，指示参与作战行动的航空母舰、海军陆战队应尽可能驻守在有利位置，以便尽可能地减少开始行动的反应时间。大西洋司令部还为空袭部队准备了有关打击目标、路径和防空情况的详细资料，并开始制定对古巴实施海上封锁的相关措施。（57）12日，参联会就空袭和入侵行动的各项准备和减少反应时间进行了研究，要求参战部队充分估计可能遇到的各种突发事件，全面考虑应对措施，并对实施行动计划的准备事宜做出具体安排。（58）15日，麦克纳马拉与参联会一起再次审议了应急作战计划，并决定做出如下调整：缩减反应时间，优先考虑实施“316行动计划”，各部应为此做好“最高程度”的准备；为地面作战部队增派一个装甲师；部署一个步兵师作为后备力量；计划出动24-36艘驱逐舰和一艘航空母舰执行封锁任务；部署450-500架飞机实施空袭计划；“314行动计划”需要首先出动3.2万人的空降和两栖登陆部队，在随后的18日之内将作战部队增至8万人；“316行动计划”要求在进攻之日出动4.9万人的部队同时实施空降和两栖登陆，5日后使作战部队增至6万人，16天内达到8万人；进一步加强东南沿海地区的防空能力。参联会提出，最好由拉美国家出动象征性的部队参加行动，并与美洲国家组织和联合国进行协商，以减少美军对古巴军事行动所造成的负面影响，同时强调严格保密是确保行动成功的关键。作为应急作战计划的辅助方案，大西洋司令部还开始准备对古巴实施心理战行动。（59）