为进一步完善对古巴的应急作战计划，提高部队的两栖和协调作战能力，并借机进行军事部署，1962年4-5月、8-10月间，美国在加勒比海和西大西洋地区接连举行大规模军事演习。在为期两周的代号为“快速打击II”的军事演习中有4个陆军师、8个战斗机中队、2个战术侦察机中队参加，总人数达7万人，五角大楼称之为“美国军事史上和平时期进行的规模最大的军事演习”。（60）根据丹尼森的建议，国防部决定于10月15日在波多黎各附近的一个小岛进行为期三周的演习，参加演习的有2万名海军和4000名海军陆战队官兵，以及4艘航空母舰、20艘驱逐舰和15艘运输舰，演习内容主要是在一个假想的敌对国家实施两栖登陆及各兵种的协同海上作战，推翻Ortsac（卡斯特罗名字的倒写）的统治。（61）
    美国一系列大规模军事演习引起了古巴和苏联领导人的高度关注，确信美国正准备对古巴采取军事行动，古巴面临着前所未有的危险局面。卡斯特罗宣布全国进入紧急状态，命令所有部队做好战斗准备。（62）
    三、军方力主空袭和入侵
    1962年10月16日美国发现苏联在古巴的导弹基地后，肯尼迪立即召集其主要顾问组成国家安全委员会执行委员会（简称执委会）商讨对策，并逐渐形成了空袭和封锁两大派意见。邦迪、麦科恩、尼采、财政部长狄龙、前国务卿艾奇逊等为代表的所谓“鹰派”都强烈主张对导弹基地尽早实施“外科手术式”的突然空袭，认为这样可以干净利落地解决苏联的导弹，给世人造成既成事实，并借以显示美国保护其重要利益的决心。麦克纳马拉、副国务卿鲍尔、国务院顾问汤普森等少数人则主张实行海上封锁，反对采取“珍珠港式”的突袭，强调这不符合美国的传统，有悖于美国的价值观念，并将严重损害美国的道义立场。
    美国军方力主通过军事手段解决问题。16日，参联会对美国应做出何种反应进行了讨论，强烈反对只对导弹基地进行有限的空袭，认为这样会失去打击的突然性，招致苏联和古巴对美国以及关塔那摩海军基地的报复性攻击。在军方领导人看来，与其进行有限的空袭还不如不采取军事行动，因为那将产生“难以接受的危险”，并使美国遭受不必要的伤亡，要求对凡是影响到美国及其军队的所有重大军事目标进行强有力的大规模空中打击，一天出动700-1000架次的飞机，连续轰炸5天，打击目标包括所有的导弹基地、飞机、防空系统、可疑的核武器储藏地、坦克、登陆艇等，同时全面封锁古巴，加强关塔那摩海军基地的力量，并准备实施入侵。在他们看来，实现古巴政权更迭的时间和机会已经到来，军事行动的目标“应是消除对美国的威胁，同时解放古巴”。（63）代表军方参加执委会会议的泰勒强调，苏联在古巴的导弹基地极大地改变了美苏之间的战略平衡，提高了苏联打击美国本土的能力，必须消除这些基地，只有采取突然袭击的办法才能做到这一点；为了阻止苏联将更多的导弹运入古巴，空袭的同时还必须对古巴实施海上封锁。他向肯尼迪表示，空袭并不能保证摧毁所有的导弹基地，第一次打击至多能摧毁90%，对随后发现的目标应立即进行持续性空袭。（64）
    自始至终，美国军方领导人的立场一直非常明确：动用压倒性的军事力量击败在古巴的苏联军队和古巴军队，推翻卡斯特罗政府，这是一劳永逸解决古巴问题的唯一办法。海军作战部长安德森日后表示：参联会认为，导弹的存在为美国入侵古巴、推翻卡斯特罗政权提供了很好的借口，美国政府应该立即采取直接的行动，彻底消除距离美国只有90英里的“威胁”，这的确是一个理想的机会；几个月以来，“我们的研究小组一直在考虑各种使美国干预古巴正当化的可能手段，甚至考虑蓄意挑起事端使古巴对美国率先采取某种行动，这样美国就可以入侵古巴，导弹危机正是我们一直所期望的事件”，“毕竟，我们一直在寻找这样的机会”。（65）军方领导人认为，苏联不会因为古巴而发动全面战争，可能会对柏林、中国沿海岛屿，或者伊朗、土耳其、韩国等施加新的压力。根据联合战略考察委员会的报告，如果美国进攻古巴，苏联很可能在柏林采取报复行动，但不会出兵占领，更不会挑起一场大战。为了预防全面战争的爆发，军方领导人建议将携带核武器的轰炸机进行疏散；全球美军做好战斗准备；战略空军司令部1/8的轰炸机处于警戒状态；进一步加强东南沿海的防空能力。他们认为，发动大规模空袭的时间最早应在21日，但他们倾向于23日进行；可能最早的入侵日期是28日，但30日为最佳。（66）
    10月19日，肯尼迪就美国所应采取的行动与参联会进行商议。他表示非常担心如果进攻古巴，苏联很可能会夺取柏林，届时美国的行动将失去盟国的支持，因为英国、法国等更为关注欧洲的局势。泰勒和空军参谋长莱梅对此明确表示不以为然，称如果美国对苏联在古巴的所作所为保持克制，将对美国与盟国的关系造成严重影响，柏林局势会进一步恶化，苏联将感到美国“软弱可欺”而“猛击柏林”。相反地，如果对古巴采取强有力的措施，就会威慑苏联不敢在欧洲轻举妄动。莱梅坚持认为，直接进行军事打击是解决问题的唯一办法，封锁以及政治谈判将被视为一种相当软弱的反应，不仅使苏联人有时间将导弹藏匿在树林或掩体中，而且只能导致战争，“采取这种办法几乎如同慕尼黑绥靖政策一样糟糕”。他宣称，“除了现在就进行直接军事干预外，我看不出还有什么别的解决办法”，有限封锁“纯粹是一场灾难”。（67）其他几位军方领导人都对此表示赞成。安德森认为，从军事上说，对古巴实施封锁会导致与苏联在海上立即发生对抗，更有可能引发一场全面战争，而且对于已在古巴的那些导弹不起任何作用，反而给苏联和古巴更多的时间装配导弹和伊尔轰炸机，并使其做好战斗准备；倘若美国随后再采取军事行动，在军事上将处于非常不利的地位，遭受更大的伤亡。如果美国发动入侵，“毫无疑问我们会取得成功”，美军的伤亡程度相对来说会比较低，而且只要发起进攻，就会立即得到古巴民众的支持，美国就可以在古巴建立一个对美友好的政府。他确信，如通过适当途径向苏联发出警告，美军就不会在古巴与苏军发生直接的军事对抗。陆军参谋长惠勒强调，“从军事上来讲，保护美国人民免受可能攻击的风险最低的办法就是采取突然空袭、封锁和入侵行动”。海军陆战队司令肖普赞成直接出兵入侵，夺取古巴，这样不仅可以消除对美国的威胁，还可以在古巴建立一个新的、非共产党的政权。他确信，如果肯尼迪做出了决定，美国将很快就取得决定性的胜利，否则，美国甚至会比柏林、南越和韩国还容易遭受苏联的打击。（68）为了保持行动的突然性，同时又能获得盟国的支持，参联会建议在发动任何军事行动之前两小时左右告知西欧各盟国领导人。（69）