此时，美国在古巴附近海域部署了2艘航空母舰、9艘护卫舰、12艘驱逐舰和巡洋舰，并处于15分钟警戒状态。3个海军陆战队营进驻关塔那摩海军基地，使驻守美军由8000人增至1.6万人，家属和非战斗人员也已从该基地分批撤出。美军联合防空司令部在东南沿海部署了携带空对空导弹的183架截击机，其中22架预警时间为5分钟，72架为15分钟，5架飞机则一直在佛罗里达上空巡视。战术空军司令部在佛罗里达的5个基地部署了850架轰炸机，准备实施空袭计划。陆军、海军和海军陆战队部署了近9个师的兵力，一支由步兵、装甲兵和炮兵组成的特种作战部队也从美国西海岸赶赴佛罗里达。24个空军预备役运输中队立即转入现役，负责空投物资和部队。为了威慑苏联，美国战略空军所属的1436架轰炸机和916架加油机都已作好战斗准备。自10月22日起，52架B-52轰炸机携带196枚核导弹一直在空中待命。在地面，271架B-52轰炸机和340架B-47轰炸机处于15分钟预警状态，并载有1634枚核武器；136枚“大力神”和“宇宙神”以及9枚“民兵”洲际弹道导弹待命发射。到了28日，战略空军司令部的1576架轰炸机和382枚导弹全部处于待命状态。在海上，7艘“北极星”潜艇处于15分钟戒备状态。500万张用西班牙语印制的传单已装箱，准备空投至古巴。（85）
    军方的意见得到了麦科恩、邦迪等人的支持，他们同样认为军事手段不仅可以消除苏联导弹的威胁，而且还可以借此推翻卡斯特罗政府。在他们看来，即使苏联撤走了导弹，如果卡斯特罗依然掌握着政权，拉美局势仍令人担忧。麦科恩称，中情局经过对空袭效果的重新评估，确信可以摧毁全部导弹的几率非常高。虽然如此，肯尼迪还是努力通过外交谈判和秘密磋商来摆脱危机，把军事行动作为向苏联和古巴施加压力、促其妥协的重要手段。经过反复交涉，美苏双方于10月28日达成协议，苏联同意拆除在古巴的导弹基地，而肯尼迪则保证不入侵古巴，并秘密承诺一旦危机结束，还将从土耳其撤走对准苏联目标的中程导弹。在军方看来，赫鲁晓夫的让步是其玩弄的一个把戏，不过是缓兵之计，旨在延缓美国采取军事行动，为导弹基地的建设赢得更多的时间，推迟采取军事行动只会有利于苏联，使得占领古巴变得更为困难，美军也将付出更为高昂的代价，并极大地增加美国本土遭受直接攻击的危险。莱梅甚至称，危机的解决是“我们历史上最大的一次失败”。（86）
    美国军方并未因古巴导弹危机的和平解决而放弃实施应急作战计划的努力，集结在东南沿海地区的部队仍处于待命状态，随时准备发起攻击。（87）11月初，军方领导人借苏联留在古巴的42架伊尔轰炸机问题继续敦促肯尼迪对古巴采取军事行动。他们认为，这种轰炸机有能力从古巴飞到美国，应被列入进攻性武器范畴，为美国公开使用军事手段彻底解决古巴问题提供了一个机会。在莱梅看来，一旦空军完成了对古巴的全面空袭，入侵将是件轻而易举的事情，等于是“走进古巴”。陆军参谋长惠勒视察了预定发起第一次进攻的部队，称在其30年的服役期间，“我们从来没有准备得如此充分”。（88）16日，参联会向肯尼迪报告说，美军不仅已经做好了空袭和入侵古巴的一切准备，而且还可以在全球范围内有效地遏制苏联的军事反应，现在是实施应急作战计划的最佳时机，空军可以根据所需力量在2-12小时内实施有选择的攻击行动，两栖登陆部队可在空袭7天之后采取行动；由“企业号”和“独立号”两艘航空母舰率领的特遣部队正在古巴南部海域游弋，随时可发起攻击，每艘航母还备有大约40枚核弹。当时美军在东南沿海地区集结了8.5万名海军和海军陆战队士兵，近10万人的陆军，其中包括1.45万名伞兵。参联会还计划征召两个师的国民警卫队，协助占领古巴。不仅如此，美国战略空军司令部的1479架轰炸机装载着2962件核武器、182枚洲际导弹、144枚“北极星”潜艇导弹和1003架加油机都处于待命状态，随时准备打击预定目标。（89）直至11月下旬，计划参加对古巴作战的部队才开始陆续返回原驻地。
    虽然美国政府做出了不入侵古巴的承诺，但并未因此而放弃这些作战计划。肯尼迪认为，原定计划的成功在很大程度上有赖于两个空降师进入并控制住古巴两个机场，但是所需兵力不足。为此，国防部、参联会对原定计划做出调整，为大西洋司令部大幅增加了兵力和装备。麦克纳马拉于1963年5月向肯尼迪表示：参联会已经修正了入侵计划，确保行动初期将大量部队和装备运抵目标区域，这将大大增加行动的力度和成功的几率；从决定攻击到发动全面空袭只需3天的准备时间；所有主要作战部队登陆还需9日，整个行动从开始到结束共计27天。此后，美国政府仍不断更新、完善对古巴的作战计划，并伺机而动。（90）
    五、制约美国实施应急作战计划的因素
    尽管肯尼迪政府制定了旨在推翻古巴政府的作战计划，但由于受到诸多复杂因素的制约，使其终究未能付诸实施。其一，通过支持反对派来实现一个国家的政权更迭是美国的惯用手法，但不论是在古巴国内还是国外，都缺乏一个强有力的政治派别，美国的情报部门也多次指出古巴政府赢得了大多数民众的支持，国内政局稳定，美国策划的骚乱或反叛行动不可能取得成功，这就使美国失去了军事干涉的基本前提。也正因为如此，自肯尼迪政府以来，虽然历届美国政府都对古巴坚持奉行强硬的政策，但始终未敢越雷池一步。其二，无论是空袭还是入侵古巴这样一个小国都会在全世界特别是拉美地区引发一场反美浪潮，在政治上给美国造成严重的负面影响，并使美国与盟国的关系复杂化。因而，美国国务院一直对采取军事手段解决古巴问题持反对态度。即使在美国国内，绝大部分民众也不赞成采取大规模空袭或入侵这样的极端行动，担心这将引发一场更大的战争。（91）其三，美国要为军事干涉付出高昂的代价，且行动后果难以预料。据大西洋司令部估计，在实施“316行动计划”的首日，美军将伤亡4462人，10天之内伤亡人数为1.85万人，其中陆军为9千余人，海军陆战队为8千余人。（92）当时美国情报部门推测在古巴的苏军只有8000人，至多1万人，更不清楚苏军配备有大量战术核武器。很显然，其对伤亡数字的估计是非常不准确的。事实上，古巴导弹危机发生时，苏联在古巴驻军41902人，拥有36枚中程导弹和24枚中远程导弹、576枚地对空导弹、80枚巡航导弹、12枚战术核导弹和158颗核弹头。（93）如前所述，美国军方并不能确保大规模空袭就能彻底摧毁苏联在古巴的导弹，也不能保证美国免遭报复。倘若美军实施对古巴的应急作战计划，其结果只能是一场灾难。当时，美国已经完成的庇护所能容纳6000万人，不到美国总人口的1/3。负责民防事务的助理国防部长曾向肯尼迪汇报说，9200万美国人和58个人口超过10万人的城市处于古巴导弹的射程之内。因而，民防成为肯尼迪面临的一大难题。他曾考虑对东南沿海若干大城市的居民进行疏散，但鉴于此举势必会造成全国范围的恐慌而作罢。（94）入侵带来的问题或许会很多，古巴27万人的部队和数量庞大的民兵组织以及广大民众将对美军实施游击战，4万苏军也将与古巴军民一道抗击入侵者，从而使得大量美军旷日持久地陷入古巴泥潭。事实上，肯尼迪非常担心对古巴的战争会牵制美国几个师的兵力，从而削弱美军在其他更重要地区的防御与作战能力。他明确地告诫下属：“我认为我们应该牢记英国人在布尔战争、苏联人在苏芬战争以及我们自己在北朝鲜的教训。”（95）更为重要的是，美国决策者非常担心空袭或入侵古巴会导致同苏联的战争，这很可能是两国之间的一场核较量。当时美国国家资源评估中心曾用计算机模拟系统就苏联对美国发动大规模核打击的可能后果进行了分析，称在两天之内，苏联可向美国投掷355件核武器，即便其攻击的目标限于军事基地而不是城市，仍会有50个城市的中心地区遭受严重破坏，3400多万人将严重缺水，48%的工厂设施不能使用，有25个州的州政府因受到辐射和爆炸冲击波的影响至少在三个月内不能正常运转。（96）