《史记》不单是一部记载事实的史书，而且蕴涵着极为丰富的思想，这是世所公认的。但关于司马迁思想的主体倾向如何，却历来众说纷纭，莫衷一是。最先对此发表意见的班固父子认为司马迁倾向于道家，也有人认为司马迁倾向于儒家，可以王鸣盛、冯班等人为代表。另外，还有认为司马迁属于杂家的。我认为，司马迁的目标是远大的，他没有囿于一家之说，而是博采各家思想，加以批判吸收，融汇贯通，从而形成自己独具特色的思想体系，形成自己的“一家之言”。它既不是诸子百家中的任何一家，也不是各家思想成分的简单相加，而是把各派学说加工改造以后吸收为自己的有机成分。所谓“厥协六经异传，整齐百家杂语”，不应仅从历史编纂的角度，而且也要从学术思想的角度去理解，这也是司马迁对自己思想倾向的一个最明确的注解。
    本文仅对司马迁与儒家思想的关系作综合分析。
    司马迁对儒家思想采取的是具体分析、区别对待的态度。他对先秦儒家与汉代儒者不同；同是一个时期，亦有区别。下面试分别论述之。
    一、与孔子思想的关系
    司马迁对孔子非常尊崇，这首先在《史记》体例中有充分的表现：第一，把并非王侯的孔子列入世家。清人何焯认为这是由于“太史公自据素王之说”①。其次，为孔子的弟子设立合传，以表彰“孔子述文，弟子兴业，咸为师傅，崇仁厉义”。第三，把“猎儒墨之遗文，明礼义之统纪”的孔门大儒孟子、荀子单独另立《孟子荀卿列传》。第四，为汉初的孔门后学立《儒林列传》。从《孔子世家》到《仲尼弟子列传》、《孟子荀卿列传》，再到《儒林列传》，司马迁明晰地勾画出孔子学说发展演变的轨迹。
    另外，《史记》其它各篇也屡次记载孔子事迹。如在《十二诸侯年表》、《鲁周公世家》中两次记载孔子的出生；在《秦本纪》、《吴太伯世家》、《晋世家》、《楚世家》、《魏世家》、《伍子胥列传》中六次记载孔子相鲁；在《周本纪》、《秦本纪》、《十二诸侯年表》、《鲁周公世家》、《陈杞世家》、《卫康叔世家》、《晋世家》、《郑世家》、《燕召公世家》中九次书孔子卒。有人说：“司马迁三次书孔子相鲁，八次书孔子卒”②，实为漏误。至于在《乐书》、《封禅书》、《管蔡世家》、《老子韩非列传》等篇中记载孔子活动的踪迹之处，更是不胜杖举。司马迁把孔子看作是历史上的一大里程碑，以孔子的活动来确定某些史实的时间坐标，“以孔子用舍为古今礼乐盛衰升降大关纽”③。
    称孔子为“至圣”，司马迁是第一人。他在《孔子世家赞》中称“自天子王侯，中国言六艺者，折中于夫子，可谓至圣矣！”在《太史公自序》（以下简称《自序》）中又突出评价孔子学说影响之深远：“为天下制仪法，垂六艺之统纪于后世。”
    司马迁在精神上受孔子的影响很大。具体分析起来，孔子思想对司马迁的影响集中表现在“立言”精神上。儒家讲“三不朽”之精神境界：“太上有立德，其次有立功，其次有立言。虽久不废，此之谓不朽”。④司马迁接受了这种观点，他说，“迁闻君子所贵乎道者三，太上立功，其次立言，其次立功”⑤。立德虽属上乘，但太抽象，还需要具体的立功或立言来体现。孔子曾积极入世，遍游列国，以求参政，在现实情况不允许时，他就把“拨乱世反之正”的抱负寄于《春秋》之中，以立言的方式达到立德的目的。司马迁之修《史记》，也是“欲续周、孔之业，法《春秋》，寓褒贬，示一已之意，垂后世而为一家之言”。⑥孔子说过，“君子疾没世而名不称焉”⑦，司马迁受其影响非常深。他多次强调，之所以受刑而隐忍苟活，是“鄙没世而文采不表于后也”⑧。他感叹那些“岩穴之士”，类名堙灭而不称，悲夫！他认为“没世无闻，古人惟耻”⑨。他们都认为道德、人格重于物质上的富贵。孔子说：“齐景公有马千驷，死之日，民无德而称焉，伯夷叔齐饿于首阳之下，民到于今称之”⑩。司马迁也认为，“古者富贵而名摩灭，不可胜记，唯倜傥非常之人称焉”，认为“立名者，行之极也”（11）。所以他特别重视立言之人。
    立言著述，不外乎“载之空言”和“见之于行事”两种方式。司马迁决定学习孔子而采取后者。孔子作《春秋》，就是司马迁一心效法的楷模。他在《自序》中提到孔子有十处，以孔子《春秋》立说者也有五处。在《报任安书》所引证的发愤著述的先贤中，也突出地指出“仲尼厄而作《春秋》”。
    司马迁欲效法孔子，提出“论考之行事”的原则，也是有感于当时空言著述之风气而发。他在《十二诸侯年表序》中指出，秦汉以来，学者往往凭自己对《春秋》一书的臆断而著书立说，“儒者断其义，驰说者聘其辞，不务综其终始。”司马迁要学孔子寄意于史事的方法，成自己的一家之言。《春秋》一书寄托了孔子褒善贬恶的良苦用心，司马迁写《史记》也并非单纯是史实的堆砌。孔子有时对历史人物发表简短的评论，《史记》的论赞受这种评论方式的影响。但《史记》中的言论又都是紧密结合史实，从大量的历史材料中抽引出来的。有时则不加任何论断，让史实说话，所以顾炎武说：“古人作史，有不待论断而于序事之中即见其指者，惟太史公能之”（11）。司马迁从《春秋》得到启发，创立了“寓论于史”、“论从史出”的方法。