《史记》不仅在精神上，在体例的某些方面也仿效《春秋》。如二者的下限都截至“麟止”。《春秋》止于鲁哀公十四年春“西狩获麟”，司马迁也说“卒述陶唐以来，至于麟止”（24）。他指的是元狩初年雍畤获麟。而《史记》的实际截止年限要比这晚，“至太初而讫”（25）。他强调“至于麟止”，目的就是为了照应《春秋》的获麟。另外，《本纪》取十二之数，也是效法《春秋》十二公而作（26）。《十二诸侯年表》反映春秋之世的霸政，以诸侯强弱为序。周列第一栏，尊为天下之共主，鲁列第二栏，象征以《春秋》当一王之法，故鲁、周均不在十二之数内。鲁后为春秋五霸，即齐、晋、秦、楚、宋，意在尊王而轻霸。以吴殿后，表示内诸夏而外夷狄。这些都是春秋笔法。伯夷、叔齐、管仲、晏婴四人都是孔子所特加表彰的人物，司马迁把他们置于列传之首，用心良苦。故黄佐谓：“不宗其景迹，而宗其时义，迁盖善学《春秋》者也”（27）。
    司马迁继承了孔子“多闻阙疑”求实的治学精神。孔子主张知之为知之，不知为不知，主张“无征不信”，不谈尧舜以上，并说“盖有不知而作之者，我无是也。多闻，择其善者而从之；多见而识之”（28），“君子于其所不知，盖阙如也”（29），反对那种强不知以为知及不知而作的做法。司马迁对远古之史因无可靠的材料可凭而不叙，他坦白地说，“夫神农以前，吾不知巳”，“唐虞以上，不可记巳”，“自高辛氏之前尚矣，靡得而记云”。司马迁学习孔子慎重对待年纪问题的态度，在作《仲尼弟子列传》时就是“以弟子名姓文字悉取《论语》弟子问并次为篇，疑者阙焉”。在《高祖功臣侯者年表序》中说，“颇有所不尽本末，著其明，疑者阙之”。遇到几种说法并存时，他就“择其言尤雅者”。有时以一说为主，其余亦附记之。如《老子韩非列传》对老子的记载就同时有老聃、老莱子、周太史儋几种说法。在《齐太公世家》中对吕尚如何归周西伯也有三种记载。关于比干之死和箕子为奴之史实，《殷本纪》载比干谏死之后箕子为奴，与《韩诗外传》记载相同，而《宋微子世家》言箕子为奴而后比干死，和《论语·微子》篇一致。粗看可能以为这是《史记》的自相矛盾，其实正是司马迁采取的“疑则传疑”、异说并存的处理方法。用此法可避免主观武断。所以后人有论及此者，谓“太史公叙事，事有抵牾者皆两存。如《周本纪》依古文《尚书》，《齐太公世家》又载今文《泰誓》，所以疑以传疑也”（30）。
    对于和孔子密切相关的“六艺”，司马迁非常重视。康有为说“察迁之学，得于六艺至深”（31）。可以见司马迁对六艺的造诣之处：《自序》中对六艺的议论；《外戚世家》、《滑稽列传》中的六艺论；《司马相如列传赞》中的《春秋》、《易》、《诗》之论；《儒林列传序》论《诗》、《书》、《春秋》的成书根源，以及其它各论赞屡屡引证《诗》、《书》、《易》、《春秋》、《论语》等等。《史记》中时时把六艺与孔子并称。《封禅书》说：“孔子论述六艺”，《自序》说：“仲尼……垂六艺之统纪于后世”。司马迁认为，六艺皆孔子所定，所以“学者载籍极博，犹考信于六艺”（32）。在六艺中，除了《春秋》，《易》对司马迁的影响也很重要。他自称要“正《易传》”，而他的《易》学，是自孔子一脉相传而来。《儒林列传》和《仲尼弟子列传》都记载了《易》学的传授过程，说鲁商瞿受《易》于孔子后，绵延相传至汉初的杨何。而司马谈受《易》于杨何，司马迁承受父亲的《易》学自是不言而喻的。《史记》中不但引用《易经》，还引用《易纬》的文字，如，“《易》曰‘失之毫厘，差以千里’。故曰‘臣弑君，子弑父，非一旦一夕之故也，其渐久矣’”（33）。前一句引自《易纬通卦验》。“故曰”以下，与《周易·坤文言》稍有出入，后者作：“臣弑其君，子弑其父，非一朝一夕之故也，其所由来渐矣”。
    “仁义”学说是孔子也是儒家的重要理论，司马迁当然没有忽视这一点。他在《汉兴以来诸侯王年表序》中以此作结语：“形势虽强，要之以仁义为本”。《高祖功臣侯者年表序》中提到，唐虞之侯伯历三代千余年，“岂非笃于仁义，奉上法哉？”《惠景间侯者年表序》亦有“咸表终始，当世仁义成功之著者也”。他以“仁”为极高的赞辞评论人物，如“召公奭可谓仁矣！”（34）。
    孔子重理性、重人性的精神给司马迁的影响也是明显的。孔子“不语怪、力、乱、神”，表示政事在人，而不在非理性的鬼神。并认为“未能事人，焉能事鬼？”敬鬼神而远之。司马迁对迷信神仙祈求灵药的秦皇汉武痛斥不遗余力，并说“至《禹本纪》、《山海经》所有怪物，余不敢言之也”（35）。
    孔子具有“疏通知远”的思想。《论语·学而》：“告诸往而知来者”；《为政》答子张“虽百世可知也”；《礼记·经解》：“孔子曰：‘疏通知无，《书》教也’”。孔子承认历史是发展变化的，并试图从历史之变而推究未来，这对司马迁的“通古今之变”有着一定的启发作用。
    司马迁在品德修养方面也有孔子影响的痕迹。他认为，“修身者智之府也，受施者仁之端也，取予者义之符也，耻辱者勇之决也，立名者行之极也。士有此五者，然后可以托于世，列于君子之林矣”。修身、施仁、取义等是儒家所倡导的道德。司马迁把这些奉为个人修养的标准。
    司马迁在思想上接受孔子的影响很多，但还有重要的一点，就是孔子第一次打破学在官府的桎梏，使学术扩展到民间的广阔范围，开创了我国学术史上的新纪元，这是最令司马迁倾倒的。司马迁身处专制主义全面加强的时代，学术文化再次被官府统管起来，这使向往学术自由的司马迁对开创学术普及道路的孔子产生了强烈的共鸣。
    司马迁崇扬孔子，然而并非无原则地盲目膜拜。他并没有把孔子的每句话都奉为金科玉律。他也有一些不赞成孔子思想的地方，如孔子作《春秋》为尊者讳的态度。晋文公称霸，会诸侯于温，召周天子，孔子书曰：“天王狩于河阳”（36）。而司马迁在涉及这一史实时，一方面如实记述真相，一方面又指出孔子的书法虽意在尊王抑霸，但仍难免有避讳之嫌。《周本纪》说：“晋文公召襄王，襄王会之河阳、践土，诸侯毕朝，书讳曰‘天王狩于河阳’”。《晋世家》指出：“晋侯会诸侯于温，欲率之朝周。力未能，恐其有畔者，乃使人言周襄王狩于河阳。壬申，遂率诸侯朝王于践土。孔子读史记至文公，曰‘诸侯无召王’、‘王狩于河阳’者，《春秋》讳之也”。《孔子世家》又指出：“践土之会实召周天子，而《春秋》讳之曰‘天王狩于河阳’”。当然，孔子借《春秋》发挥尊王的思想，这应从经学角度去理解。而司马迁在这里是以史学标准来衡量的，他不主张使用讳笔。
    对管仲，司马迁和孔子一样都盛赞其“九合诸侯，一匡天下”的功绩，但对于管仲的生活作风看法却不同。孔子批评管仲不俭，司马迁则认为虽然如此，“齐人不以为侈”（38）。
    孔子认为“君子喻于义，小人喻以利”，司马迁不同意这种说法。他认为“‘天下熙熙，皆为利来；天下壤壤，皆为利往’。夫千乘之王，万家之侯，百室之君，尚犹患贫，而况匹夫编户之民乎！”“富者，人之情性，所不学而俱欲者也”，不分高低贵贱，就连那些被称为“君子”的“深谋于廊庙，论议于朝廷”的贤人，也是要“归于富厚”的（39）。