司马迁自称“余所谓述故事，整齐其世传，非所谓作也”（12），并非象有人认为的是出于自谦，而是他认为述而不作，君子义也，也是意在窃比孔子“述而不作”（13），以表明《史记》言之有故，持之有本。
    司马迁作史的原则，一是折中于孔子，一是考信于六艺。有人说司马迁不与圣人同是非，不全对。他在很多地方以孔子作为是非取舍的标准，以孔子言论作为褒贬人物的尺度。司马迁常引孔子之言，有时并不点明，而是很自然地熔铸于行文之中，或把孔子在几处所说的话联系到一块，或稍加改动字句，而语意不变。试将这种情况列举一部分，并各自注明其出处来源：
    《自序》：“敦厚慈孝，讷于言，敏于行，务在鞠躬，君子长者”。这是融汇了《论语·里仁》中“君子欲讷于言而敏于行”和《乡党》中“入公门，鞠躬如也”二句而成。
    《管晏列传》：“君语及之，即危言；语不及之，即危行。国有道，即顺命；无道，即衡命”，与《论语·宪问》“邦有道，危言危行；邦无道，危行言孙”意同。
    《老子韩非列传》：“‘道不同不相为谋’，岂谓是邪？”来源于《论语·卫灵公：“道不同，不相为谋”。
    《外戚世家序》：“人能弘道，无如命何。”前一句出于《论语·卫灵公》：“人能弘道，非道弘人”，后一句则是概括了《论语·宪问》中“道之将行也与，命也；道之将废也与，命也”而成。
    《晋世家赞》：“故君道之御其臣下，固不易哉！”《论语·子路》有：“为君难，为臣不易。”
    《管晏列传赞》：“岂所谓‘见义不为无勇’者邪？至其谏说，犯君之颜，此所谓‘进思尽忠，退思补过’者哉！”“见义不为，无勇者”，出于《论语·为政》。“进思尽忠，退思补过”，出于《孝经·事君章》，亦是孔子之言。
    关于孔子是否作《春秋》，历来有争议。而司马迁对这一点是十分肯定的。《史记》中多次提到，“孔子因史文次《春秋》，纪元年，正时日月，盖其详哉”（14）。“是以孔子明王道，干七十余君，莫能用，故西观周室，论史记旧闻，兴于鲁而次《春秋》”（15）。司马迁认为《春秋》为孔子所作，确有相当的理由。
    《春秋》并非单纯的史书，而有其深刻的思想性，所谓“《春秋》，天子之事也”（16），春秋以道名分，惩恶而劝善。司马迁对此亦有深刻的理解，他认为，“《春秋》以道义”，“明是非”（17）。所谓“义”，在《春秋》中往往是以“微言”的形式来表现的。司马迁明白这种写法的必要性，他说，“孔氏著《春秋》，隐桓之间则章，至定衰之际则微，为其切当世之文而罔褒，忌讳之辞也”（18）。涉及当世之褒贬，具有极大的危险性，所以要隐而微，既可寄托真意又能避祸。司马迁把这种寓意深微的写史方法运用到《史记》中。他写当代史，特别是武帝一朝事时多用此法。班固所指责司马迁的“微文刺讥，贬损当世”（19），即指此。司马迁对武帝穷兵匈奴之事深怀不满，所以在《匈奴列传赞》中点明孔子著史“章”、“微”之区别，並引尧禹之事，刺武帝不能择贤将相，“以攻当代之罪”（20）。司马迁寓论断于叙事，也可以说是丰富和发展了《春秋》“微言”的表现形式。
    司马迁继承了《春秋》“贬天子，退诸侯，讨大夫”的批判精神，对统治阶层的恶行进行无情的鞭挞。如斥责秦始皇专制无道、秦二世法令残酷，讥刺汉高祖权诈贪鄙、汉武帝穷兵黩武等即是“贬天子”的表现；贬刺田蚡恃宠骄横、梁孝王奢华僭礼、肖曹“录录未有奇节”而“擅其名”等属于“退诸侯”的寓意；至于“讨大夫”之处则比比皆是，对草菅人命的酷吏、胁肩谄笑的佞幸之徒或痛斥，或嘲讽，毫不留情。
    有人认为《春秋》目的只在贬刺，司马迁不同意，认为它还有积极褒美的作用。钱大昕说《史记》意在“尊汉”（21），就是看到了其褒美的一面。司马迁叙述写每一篇世家或列传的理由，几乎都是为了“嘉”某人某一方面的成就而作，这在《自序》各序目中说得很清楚。司马迁的历史批判方法是积极的褒扬和消极的贬刺并重，这一方法学自《春秋》，在具体运用上又超过了它。
    司马迁还继承了孔子的“直书”思想。所谓“良史”、所谓“不隐恶”之说都是《左传》中所记孔子之语。晋太史董狐在灵公被杀后，直记“赵盾弑其君”，以示于朝。孔子评论道，“董狐，古之良史也，书法不隐”（22）。司马迁主张直书，例多至不胜枚举，就连责备其离经叛道的班固、扬雄等人也都承认《史记》“其文直，其事核，不虚美，不隐恶”，是“实录”（23）。