第二阶段，1967年1月初至3月初。1966年12月31日，中共中央、国务院发出《关于对大中学校革命师生进行短期军政训练的通知》。《通知》传达了毛泽东的指示：派军队干部训练革命师生的方法很好。训练一下和不训大不一样，这样做，可以向解放军学政治，学军事，学四个第一，学三八作风，学三大纪律八项注意，加强组织纪律性。《通知》指出：派军队干部战士训练革命师生，对加强战备，保卫国防，对加强革命师生的革命性、科学性、组织纪律性的锻炼，对有些学生将来参加人民解放军，当解放军战士，对进一步密切军民关系，都有极大的好处。《通知》提出：政治训练内容，主要是活学活用毛主席的著作、语录和“文化大革命”的有关文件；军事训练，主要进行必要的队列训练，重点是由单个到连的队列动作；训练办法，由各军区、省军区分片包干，各学校按照班、排、连、营、团的序列进行编组；训练地点在本校；每期训练时间半个月到20天。为了在组织上保证军训任务的落实，《通知》规定：总参、总政设立全国大中学校短期军政训练领导小组，各省和大中城市，以军队为主，当地省委、市委、自治区党委和文化革命小组派人参加，设立大中学校革命师生短期军政训练领导小组，负责指导工作。《通知》要求，从现在起，到明年暑假，派出得力的干部和战士，分期分批地对全国大中学校的革命师生，普遍进行一次短期军政训练。于是，全军各部队按照毛泽东的指示和《通知》的精神，普遍派出干部承担了一些地方学校师生的军政训练任务。如1967年1月20日到2月10日，驻京部队即派出了4105名干部，对北京大学、清华大学、北京航空学院、地质学院、矿业学院5所高等院校的2.26万余名师生进行了短期军政训练。这种短期军政训练，在开始阶段还只限于组织师生学习毛泽东著作，学习中共中央有关“文化大革命”的文件，进行加强纪律性的教育和一些队列训练等，并没有介入各单位的“文化大革命”运动。
    第三阶段，1967年2月中旬以后。1967年3月7日，毛泽东在《天津延安中学以教学班为基础，实行全校大联合和整顿、巩固、发展红卫兵的体会》上批示：“军队应分期分批对大学、中学和小学高年级实行军训，并且参预关于开学、整顿组织、建立三结合领导机关和实行斗、批、改的工作”。[1]（P,250）按照毛泽东的这个批示精神，由以前部队对部分学校进行的短期军政训练，转变为军队支援地方“文化大革命”的长期任务确定下来了。军训的内容由原来的比较单纯的军政训练变成了全面参与各学校的“文化大革命”运动。于是，全军各部队陆续抽出干部战士，组成军训或解放军毛泽东思想宣传队派往学校，对大中学校师生进行军训。如1967年4月全军每天派出干部战士5.3万余人，对3091所学校的师生进行军训。到1968年第2季度，全军军训学校发展到1.17万余所。仅北京驻军和北京军区部队在1967年即先后派出了2.8万余名指战员，对2041所学校的177万名师生进行了军政训练。军训的方式主要有3种，一种是集中时间进行短期的军政训练，15天-20天；一种是抽出干部战士，组织“军官队”进驻学校，参与组织领导学校的“文化大革命”运动和军训。另一种是1968年6月15日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组发出的《关于分配一部分大专院校毕业生到解放军农场去锻炼的通知》称：大专院校毕业生，在那里可以和解放军一起活学活用毛主席著作、学农、学工、学军、学文、批判资产阶级，并接受解放军优良传统的教育。根据这一《通知》的精神，一大批大专院校毕业生被送到军队农场接受“再教育”，这实际上是军队执行军训任务的又一种形式。
    学校是“文化大革命”中的重灾区。校领导被夺权、挨批斗，教授、教师被批、斗或下放劳动改造，学生四处串连不归校，校宿被破坏，教育设施被抢、盗等等。在学校混乱的情况下，派解放军进入学校对师生实施军训，对制止动乱等有积极的意义。实践证明，军训把人民解放军雷厉风行的作风，令行禁止的组织性、纪律性灌注于青年学生，对于培养提高青年学生良好的生活习惯，加强组织纪律性，以及对他们的健康成长很有好处，对于加强战备和国防建设亦有好处。同时，对稳定学校的秩序，防止更大的混乱起到了一定的作用。但是，军训工作后来逐渐发生了一些偏差，职权日渐拓宽，参与领导学校的“文化大革命”运动，将军队工作的经验生硬地移植于学校工作，用带兵教兵的方式对待青年学生，也产生了一些不良后果。
    奉命实行“三支两军”，是“文化大革命”中人民解放军的一项重要任务。到1971年，军队仍有干部战士27.1万余人在地方担负此工作。其中：三结合的干部战士5.5万余人（干部5.5万余人、战士120人），军宣队的干部战士16万余人（干部12.4万余人、战士3.6万余人），军管的干部战士5.5万余人（干部3.9万余人、战士1.5万余人）。1971年8月20日，中共中央转发《广州军区三支两军政治思想工作座谈会纪要》，此《纪要》反映，“三支两军”人员中存在着一些错误的思想作风，如骄横跋扈、好大喜功、任人惟亲、打击报复、滥用职权、违法乱纪等等；有些“三支两军”人员不尊重不支持已经成立的地方党委，存在着特权思想。毛泽东指出：“地方党委已经成立了，应当由地方党委实行一元化领导。”[7]于是，中共中央责成总政治部、中央组织部对“三支两军”问题做了一些调查研究，并经中央军委办公会议讨论，代中共中央、中央军委起草了《关于三支两军若干问题的决定（草案）》。1972年8月21日，毛泽东同意中共中央、中央军委发出《关于征询对三支两军问题的意见的通知》及附件《关于三支两军若干问题的决定（草案）》。决定草案提出：“为了加强党的一元化领导，凡是实行军管的地方和单位，在党委建立后，军管即可撤销；已经建立党委的地方和单位，军宣队应立即撤回部队，各级支左领导机构（如支左领导小组、办公室、指挥部、联络站等）及其办事机构即应撤销；所有留在地方工作的军队干部，应一律由地方党委统一管理，其党的组织关系和人事档案，都要转到地方。”[7]从此，参加“三支两军”的官兵陆续撤回部队，需要留地方工作的军队人员，则就地转业。至此，人民解放军的“三支两军”工作结束。