历史学、考古学和人类学文明和国家起源研究与这三门学科有紧密的联系，历史学 提供文献线索，考古学发掘地下证据，而人类学提供阐释的理论依据。在这点上人类学 和历史学及考古学是有区别的，即人类学因其探求“规律”的性质而属于“正题法则科 学”，而历史学并不从事规律总结的抽象思维，而是以补充的形式重建事件的复杂性。 因此有学者认为，历史学并不是严格意义上的科学[43]。
    由于我国的历史学家和考古学家在文化人类学领域并不内行，对该学科的方法论和历 史沿革所知较少，而且对西方大量的文献也不很熟悉，于是在如何应用人类学的理论来 探讨诸如文明和国家起源等历史社会问题时就会产生很大的困扰。历史专业出身的学者 常常不知应如何处理驾轻就熟的史料、考古证据与陌生的人类学理论之间的关系。比如 ，有学者说酋邦的概念和我国考古学证据无法对号入座。事实上，无论是史料还是具体 的考古发现，这些具体的经验事实和人类学理论并不处在同一阐释层次上。韦伯指出， 历史学家的因果性问题始终指向具体后果归溯到的具体原因，而不是指向探究抽象的规 律性。我国学者的看法也应验了韦伯对这种偏见的描述：历史学的研究是某种与“科学 ”有异的工作，因为“概念”和“规律”与“历史”无关[44]。
    由于历史学和考古学处理的均为直观的事实，而人类学理论往往是抽象的规律概括， 于是强调客观性的我国历史学家便会难以分辨对“社会规律的认识”和对“社会现实的 认识”之间的不同，而常常下意识地偏向于相信直观的客观事实而怀疑抽象的规律。理 论概括有两个特点，一是抽象性、二是普遍性。和国家一样，酋邦也是一种具有普遍性 的抽象概念，它与直观的物质文化并无直接的关联。正如拥有精美青铜器的殷商完全不 同于拥有金字塔的古埃及，但它们都符合国家的概念。因此，上面提到我国学者根据物 质文化对号入座的理由对酋邦的否定，实质上是用具体事实来否定规律性认识。
    再有，正如皮亚杰所言，人文科学将人的活动作为研究对象，而同时又以人的认识活 动来思考问题，使得研究者可以介入他本应从外部去关注的事实，倾向于偏信直觉并自 认为是行家[45]。因此，在我国的文明和国家起源理论探讨中，不少学者自述的理论观 点实质上并非是真正意义上的科学规律探讨，而只不过是个人直觉见解的表述而已。即 使在对西方理论的借鉴和讨论中，一些学者自以为与中国国情相结合的理论观点，由于 对相关理论的前提和条件缺乏充分的理解，因此也无法摆脱直觉的偏见。
    意识形态与学术理论受意识形态至上的影响，马克思主义的社会演化理论，以及被 马克思和恩格斯肯定的摩尔根古代社会演变理论常被我国学者置于理论探讨仲裁者的位 置上，而没有从发展的学术观点来科学认识有关理论概念的变化。尽管马恩和摩尔根的 观点在今天仍有其意义，但它们毕竟是19世纪的科学认识。童恩正曾对摩尔根理论的局 限进行过讨论[46]，但是似乎并没有被充分认识，一些观点仍常被不加检讨地引用。
    如果把摩尔根和马恩的理论看作是一种学术观点，并从人文科学的整体发展来加以评 估，那么他们的理论和其他理论探讨应处于平等的地位，并应当意识到：建立在马恩和 摩尔根杰出贡献之上的20世纪理论已经超越了他们。然而，由于受“把马克思提出的社 会发展规律看成是历史本身”怪圈的影响（苏秉琦语），我国学者在有关文明和国家起源 问题的讨论中，总不自觉地将马恩的论述以绝对真理的口吻来引用，甚至用他们的观点 来评述20世纪的理论。于是，讨论中概念的混淆和思维的混乱便无法避免。这种混乱进 一步由于我国学者对马恩的著作比较熟悉而对现代的理论著作比较陌生而成为一时难以 克服的现状。
    当代西方的马克思主义考古学从上层建筑和经济基础的制约关系以及社会系统内部的 冲突来探究文明和国家起源的动力。相对于新考古学将社会文化看作是内部协调统一、 以适应外界环境的功能系统的观点，马克思主义考古学提出了一种迥然不同的新视野。
    理论与实践人文科学重视理论，因为它是帮助我们透过现象看本质的一把钥匙和指 导探索的向导。对于理论在国家探源上的意义，美国著名考古学家弗兰纳利有一个形象 的比喻。他说，哺乳动物原来是由动物学家所定义，于是古生物学家可依此来分辨它们 的骨骼。国家最初是由人类学家和政治学家所定义，于是考古学家才能据此来分辨其结 构的形态[47]。我国学者在运用文献与考古资料来探讨二里头遗址在夏代研究中的地位 问题时，一直处于缺乏共识的纷争状态，究其原因就是因为缺乏对早期国家形态的科学 理论探讨。
    西方文明和国家起源理论对酋邦概念和再分配机制的探讨，把资源控制和权力操控看 作是社会复杂化的动力[48]。这些从人类学研究获得的规律性认识，被考古学家用来作 为具体研究设计的向导。欧美的居址或聚落考古发展出一系列的模式来帮助考古学家根 据居址的网络形态来观察经济和社会政治结构变化，并从祭祀建筑的规模和数量来分析 政体的演进层次，使考古学分析从文化研究上升到社会研究，将文明和国家起源探索不 断推向更高水平[49]。
    张光直说，考古实践并不是遵循一条不变的道路盲目自动地向前走，而是每一个步骤 都会碰到岔路，需要加以选择。有理论的人进行这种选择是有根据的、有信心的；没有 理论的人，进行这种选择是盲目的[50]。中国文明和国家起源的理论探讨迄今还没有发 挥方法论设计的指导性作用，包括根据事实和现象提出问题，并引导人们从事解决问题 的探究，以提出对现象新的说明方式来追求新的认识。除了起源于何时何地之外，文明 和国家产生的问题还包括它们兴衰的原因和时空形态差异。由于没有以解决问题为宗旨 的理论思维，我国学者仍然只能从传说和史籍中提出文明研究的课题，把“五帝”作为 下一个探究的目标。