然而至今还令人迷惑不解的是，大约在公元前2000年开始，即相当于中原夏王朝初始，良渚文明突然在她的家乡消失了。“土筑金字塔”式的大型礼仪性建筑不见了，成套的玉质礼器及其“饕餮纹”悄然绝迹，扁薄穿孔石斧也明显减少，成组的刻划文字也少见了。这种衰落现象持续了三四百年，其时中原正处于夏文明的兴起与繁荣。大约到了商代，在良渚文化区域内，才开始出现越文化的前身马桥文化和吴文化的前身湖熟文化。虽然，马桥文化和湖熟文化中都出现了青铜器，但到目前为止还没有充分的证据说明这两种文化的文明程度高于良渚文明。正因为如此，《史记·越王勾践世家》记马桥文化的子孙越国人“文身断发，披草莱而邑焉”；《史记·吴太伯世家》载商代末年，周太王之子太伯、仲雍来到湖熟文化的后裔吴地时，仍要“文身断发，示不可用”。由此可见，长江下游在新石器时代晚期曾经辉煌一时的良渚文明，到了夏商周时期便开始衰落了。
    长江上游的三星堆文明的情形也是如此。据2000年初考古工作者对三星堆遗址的再次发掘，发现三星堆古城内城墙残长400至500米，高度为5.6米，上端宽10多米，墙基宽约40米。专家们估计这一中心城区有3.5平方公里大小，与郑州商城的规模接近，也是当时中国最大的城市之一，居民估计在3至5万人左右。自从三星堆古城兴建之后，成都平原上原先散布的多座宝墩村文化古城便销声匿迹。因此，专家们认为三星堆古城的兴起过程反映的是成都平原乃至四川盆地从古城众多的酋邦时代转变为单一都城的国家时代的历史轨迹。
    然而，到了商周交替之际，灿烂辉煌的三星堆文明正当其发展的高峰时，突然从成都平原消失了，三星堆古城被废弃了，许多精美的用于宗教活动并象征主权的青铜器、玉器等被毁坏或掩埋。俞伟超教授曾就学术界对三星堆“祭祀坑”的命名表示异议，他说坑中所埋的器物是祭神祭祖先的，但不可能每次祭祀之后都要埋葬这么一大批器物，当时还不可能有如此的财力和物力。他进而推测当时古蜀王国发生了一次重大的变故，三星堆古城被迫废弃，而王朝中不便携带的各种神器宝物只得埋葬起来，以便将来再回来取。因此，俞教授认为，与其称“祭祀坑”不如称“埋葬坑”更合适。至于遇到了什么变故，是什么原因使其突然在成都平原消失，至今还是一个谜。我们今天所确知的一个事实是，三星堆文明发展到商周之际，没有延续下来，而是突然中断了。
    综上可知，长江流域的古文明，无论是在其文明起源阶段的良渚文明、石家河文明，还是在其文明发展阶段的三星堆文明，都没有很好地延续下来。为什么会出现这种情况，这是一个值得讨论的课题。世界上有许多古文明之谜，如印度古文明与玛雅古文明的消失，以及埃及金字塔与古巴比伦空中花园的出现等。一个有趣的现象是，这些古文明之谜与长江流域古文明一样，均处于北纬30度左右。这究竟是偶然的巧合，还是暗示着世界古文明发展史上的某些共性？这是历史学家和考古学家们需要讨论的世界性课题。虽然在长江中游，继石家河文明以后，有盘龙城商城文明；长江下游继良渚文明之后，有江西清江吴城商城文明。但盘龙城商城实际是商文明南下的结果，是商文明的有机组成部分，与石家河文明没有联系。清江吴城商城是在商文化强烈影响下而发展起来的赣江流域一支土著青铜文明，与良渚文明没有联系。因此，在长江流域，从新石器时代晚期的文明起源阶段到夏商周时期的文明形成发展阶段，虽都有文明中心的存在，但这些文明中心之间却是断续的关系，与黄河流域的连续的文明形成鲜明的对照。这应该是中国两河文明的最大特点。
    为什么黄河文明与长江文明在起源与形成过程中会出现如此迥然不同的演进轨迹？这是一个需要深入研究而目前尚未有满意答案的课题。据我们所知，最早系统思考这一问题的是童恩正先生。他在《中国社会科学》1994年第5期上发表的《中国北方与南方古代文明发展轨迹之异同》一文，以黄河流域中原龙山文化与长江流域良渚文化、石家河文化的比较研究为背景，就南北文明演进轨迹之异同的原因进行了分析。童先生从地理环境、农作物品种、相邻民族关系、水利工程、基层社会组织、宗教信仰等六个方面的差异来讨论这个问题。如从地理环境的角度看，北方地势平坦，交通方便，有利于文化的交流和物质的交换，从而刺激文明的产生。而在南方由于山川阻隔，交通不便，自然的障碍将他们分割在不同的文化龛中。每一个文化龛的范围都不是很大，它所能供养的人口以及社会剩余产品都有限。因此，在原始社会解体的过程中，酋邦制的出现便能满足社会的需求，不必再向国家发展。这种不同的地理环境，又影响着他们处理与周边民族关系的方式。在北方，由于地势平坦，经常会受到外族的入侵，而人们的衣食住行又无一离得开黄土，于是他们只好组织起来进行抵抗。由于战争的需要，就必然形成一个统一的指挥集团和有组织的机构，国家就在这样的基础上发展起来了。而在南方，由于众多的族群分散在山林河谷之中，交通不便，没有经常性的外界威胁。促进北方民族团结整合的力量，在南方不存在，等等。
    用这些观点来解释长江流域石家河文化与良渚文化在进入文明起源阶段后，为什么不能继续向更高层次的文明国家阶段发展，自然有一定的说服力。但这不能解释良渚文化为什么会自行消失。而且，这种观点对于长江下游赣江流域的清江吴城商城和长江上游的三星堆文化也是不适用的。因为这两支文化已完全进入了文明国家阶段，时代是在商代，在某些方面其文明的程度完全可以与中原夏商文明相媲美。看来，解释长江文明为什么会出现断续发展的演进轨迹，仍是一个艰难的课题。有关问题的解决还有待于新材料的出土和理论的深化。由于黄河文明与长江文明是中国文明的主体，因此继续探索长江文明的演进轨迹，对于我们正确把握中国上古文明，无疑具有积极的意义。这里我们愿引用童恩正先生文章的结束语作为本小节的结语：
    中国南北古文化的发展存在差异，这是一种表面现象；探索产生这种现象的原因，才是历史学和考古学研究的最终目的。可以想见，沿着这个方向继续努力，将会刷新既有的许多认识，而随着这些新认识的日渐积累，最终将使重新改写中华文明史的课题摆在我们一代学人的面前。