《明史》纂修过程中，馆臣反复商讨、制定“义例”更是一件大事。康熙十八年，重开明史馆后，朱彝尊首先上书言体例应本乎时宜，不墨守旧史成法，请先确定以为以史定式。其论云：
    明三百年事有创见者：建文之逊国革除，长陵之靖难，裕陵之夺门，宜何以书？跻兴献王于庙，存之则为无统，去之则没其实，宜何以书？志河渠者，前史第载通塞利害而已，明则必兼漕运言之，而又有江防海防御倭之术，宜何以书？志刑法者前史第陈律令格式而已，明则必兼厂卫诏狱廷杖晰之，宜何以书？若夫志地理则安南之郡县，朵颜之三卫，曾入图版，旋复弃之；又藩封之建置，卫所之参错，宜何以书？至于土司之承袭，顺者有勤王之举，反侧者兴征讨之师，入之地志则不能详其事，入之官制则不能著其人，宜何以书？凡此皆体例之当先定者也。又魏、定、黔、成、英、临、淮诸国，衍圣一公，咸与明相终始，则世家不可不立；惟是张道陵之后，靦颜受世禄，奉朝请，于义何居！然竟置不录，难乎免于阙漏，宜何以书？此亦体例之宜审量者也。盖作史者必先定其例，发其凡，而后一代之事，可无纰谬[14]（《史馆上总载第一书》）。
    后诏令徐乾学与陈廷敬、张玉书、汤斌、王鸿绪同为总裁官，徐乾学与徐元文先商榷议就修史条议，得61条。王鸿绪继之成《史例议》，汤斌亦有《修史凡例议》。此三者成为修史条例的主要依据。馆臣中，朱彝尊论先后上总裁书多次，毛奇龄有《奉史馆总裁札子》，黄宗羲有《答万贞--论明史历志书》，王源有《与徐立斋学士论王威书》、《与友人论韩林儿书》等，均以极认真的态度提出有关史例的建议，不乏真知灼见。当时，激烈争论之焦点在于是否依《宋史》设立道学传（或理学传）。徐氏兄弟《条议》中论应设理学传的四条理由，大意为：（1）明朝讲学者最多，成、弘以后，指归各别，今宜如《宋史》例，以程朱为一派，另立《理学传》，如薛敬轩、曹月川、吴康斋、罗整庵等。（2）白沙、阳明、甘泉宗旨不同，其后王、湛弟子，又各立门户，要皆未合于程朱者，宜如《宋史》象山、慈湖例入《儒林传》。（3）浙东学派，最多流弊，王龙溪及泰州王心斋辈，皆不必立传，附见于江西诸儒之后可也。（4）立《理学派》目的，在显示学术宗旨，宜归一是，学程朱为切实平正，不生流弊。除徐氏兄弟外，彭孙佽亦有另立《道学传》之奏。馆臣中看法分歧不能统一，因此立传之事长久搁置。此后，黄宗羲移书史馆，“驳诘徐议，并斥《宋史》立《道学传》为元人之陋，《明史》不当仍其例”[11]（P131）。其书先将徐氏兄弟所论四款逐条驳辩后，更强调“儒学”之名可包括众多学者，不能再以“道学”标榜其高出于他人，云：“统天地人曰儒，以鲁国而止儒一人，儒之名目，原自不轻。儒者成德之名，犹之曰贤曰圣也，道学者以道为学，未成乎名也，犹之曰志于道，志道可以为名乎？顾重而反轻，称名而背义，此元人之陋也。”[15]（卷8）恰值朱彝尊亦持此议，其《史馆上总裁第五书》论云：“元修宋史，始以儒林道学析而为两：言经术者入儒林，言性理者别之为道学；又以同乎洛闽者进之道学，异者置之儒林。其意若以经术为粗，而性理为密，朱子为正学，而杨陆为歧途，默寓轩轾进退予夺之权，比于春秋之义。然六经者，治世之大法，致君尧舜之术，不外是焉，学者从而修明之，传心之要，会极之理，范围曲成之道，未尝不备，故儒林足以包道学，道学不可以统《儒林》。”总裁汤斌得黄宗羲之书及朱彝尊之建议后，主意乃定，于是以黄氏书信示众人，删去“道学”之目[10]（P298）。
    撰修志、表，乃纂史中甚为艰巨的工作。尤其是修志，要为一朝之各种典章制度及社会各方面的情状，作全面概括而又具体详明、原委毕见的论述，是尤为困难的工作。故南朝史家江淹有言：“修史之难，无出于志。”这也是历代正史中有的缺修书志的重要原因。故书志要修得好，就必须依靠专家之学。遴选出精于某一学问的学者分工执笔，集合众长方能告成。唐贞观年间诏修的《五代史志》历来负有盛名，就因为预修的于志宁、李淳风、韦安仁、李延寿都是具有专长的学者，其中于志宁通地理，李淳风精于天文、历法，一人独修《天文》、《律历》、《五行》三志。宋高似修所撰《史略》有中肯的评价：“《隋志》（按：即《五代史志》，因合于《隋书》刊行，故名）独该五代，南北两朝纷纷然淆乱未易贯穿之事，读其书则了然如在目。良由当时区处各当其才。”《新唐书》一向获得好评，除欧阳修、宋祁二人分别主撰本纪、列传外，又“得诸名手佽助，宜其称良史也”。其中范镇、王畴都在史馆预修历十余年之久。吕夏卿熟于唐事，又通谱学；梅尧臣撰《方镇》、《百官表》；刘羲叟是著名的天文、历法专家，负责专撰《律历》、《天文》、《五行志》。《新唐书》有“良史”之称，正是这些专家共同努力的结果。明初修撰的《元史》诸志，也是依赖于元代郭守敬这些专家所提供的学问基础，如赵翼所说：“其《天文》、《五行》诸志，则有郭守敬所创简仪、仰仪诸说；《职官》、《兵》、《刑》诸志，又有虞集等所修《经世大典》；水利《河渠》诸志，则有郭守敬成法及欧阳玄《河防记》以为据依，故一朝制度，亦颇详赡。”[5]（P651）《明史》的志、表，则遴选了当时一批专门学者撰修，如潘秉撰《食货志》，尤侗撰《艺文志》，徐乾学撰《地理志》，姜宸英撰《刑法志》，王源撰《兵志》。《天文志》先由吴任臣撰，后黄百家又继任之。《历志》则萃聚了吴任臣、黄百家、汤斌、梅文鼎四人之心力。据梅文鼎《勿庵历算书目·历志赘言提要》云：
    康熙己未，愚山侍讲奉命纂修明史，寄书相讯，欲余为历志属稿，因作历志赘言寄之。大意言，明用大统，实即授时，宜于元史阙载之事详之，以补其未备。又回回历承用三百年，法宜备书。又郑世子历学，已经进呈，亦宜详述。他如袁黄之历法新书，唐顺之周述学之会通回历，以庚午元历之例例之，皆得附录。其西洋历方今现行，然崇祯朝徐、李（按：指徐光启、李天经）诸公测验改宪之功不可没也，亦宜备载缘起。盖历志大纲，略尽于此。一二年后，担簦入都，承史局诸公以历志见商，始见汤潜庵先生所裁定吴志伊之稿，大意多与鼎同，然不知其曾见余所寄愚山赘言与否？
    潘耒为修《食货志》，抄辑了资料六十余本。姜宸英所撰《刑法志》，甚得当时学者王士祯的推服，称此《刑法志》“极言明三百年诏狱廷杖立枷东西厂卫缇骑之害，其文痛切淋漓，不减司马子长”[11]（140）。
    唐初设馆修史制度确立之后，修撰工作中的确存在着直书与曲笔的斗争。历代朝廷诏修史书，既有重视历史记载连续性、增强中华文明的传承力、促进各民族的历史文化认同的功绩，又有封建官府加强对史学控制的明显意图。隋文帝开皇十三年（593年）下诏：“民间有撰集国史、臧否人物者，皆令禁绝。”[6]（《高祖纪》下）唐以后，史馆中的总纂、刊修官、纂修官，都是皇帝下诏任命，而且修当代史、修前代史，都由宰相或其他大臣监修。这种监修制度，当然是为了保证纂修工作要体现朝廷的意志和评判标准。当权者总是要凭借其权力控制史事，甚至有因修史触犯当权者意旨，著史者被治罪，史籍遭禁毁。如，“南宋高宗时，秦桧主和有私史之禁，李焘尝以作史得罪，桧死，禁始弛。宁宗嘉泰二年，韩侘胄复有私史之禁，凡事干国体，悉令毁弃”[16]（P94）。但是，中国史学又有发扬直笔精神的传统。先秦史官董狐、南史秉笔直书、不怕权臣威吓、不惜以身殉职的风格传扬千古，司马迁著史不隐恶、不虚美的“实录”精神流传百代。后世正直史官乃以善恶必书、务求实录为己任，勇于抵制、抨击曲笔讳饰、虚誉隐恶的行径。《唐会要》所载贞观中史臣回答唐太宗善恶必书乃史臣之本职的话就颇为典型：
    十六年四月二十八日，太宗谓谏议大夫褚遂良曰：“卿知起居记录何事？大抵人君得观之否？”对曰：“今之起居，古之左、右史。以记人君言行。善恶必书，庶几人主不为非法。不闻帝王躬自观史。”太宗曰：“朕有不善，卿必记之耶？”遂良曰：“守道不如守官，臣职当载笔，君举必书。”黄门侍郎刘洎曰：“设令遂良不记，天下之人皆记之矣。”[4]（《史馆杂录》上）