第二，以藩为倒幕基地，这是利用幕藩体制的矛盾攻击幕藩体制的策略。高杉晋作鉴于尊攘派一再失败，率先提出了加强已有的藩政权机构，实行“大割据”的思想。他主张不是由少数志士脱藩，遊说公卿，或分散举兵，而是举全藩之力富国强兵，积蓄力量，最后以藩的军事力与幕府决战。倒幕派重掌长州藩政权后，沿着高杉晋作的路线进行了改革，尤其是建立了一支包括农工商和贱民在内、用新式武器装备、集中统一指挥的近代军队。萨摩藩也在西乡隆盛和大久保利通的主持下，推行富国强兵政策，加强了藩的经济、军事实力。
    第三，建立反幕统一战线。倒幕派认识到，在幕藩体制下，幕府拥有绝对优势的力量，任何一个藩都无力单独与之相抗衡。要实现倒幕的目标，必须超越藩的壁障联合起来。因此，本来仇恨很深的萨、长两藩，在倒幕派领导下，逐渐化仇为友，于1866年1月结成了同盟关系。1867年6月，萨摩藩和士佐藩缔结了盟约，9月又成立了萨、长、艺（州）三藩的武力倒暮同盟。反幕统一战线的建立为倒幕运动的胜利奠定了基础。
    以萨、长为核心的倒幕派在与幕府决战的最后阶段，坚持武力倒幕的方针，运用随机应变的策略，始终掌握了斗争的主动权，一步步地把倒幕运动引向了胜利。1866年6月，幕府出动32藩十余万兵力，从五个方面进攻长州藩， 被倒幕派领导的新型军队所粉粹；幕府统治实际上已经崩溃。1867年10月末代将军德川庆喜不得已而“奉还大政”，以退为进，捨名求实，倒幕派则针锋相对于同年12月发动宫廷政变，宣布“王政复古”，建立明治新政府。1868年1月，德川庆喜垂死挣扎， 率军一万五千进逼京都，在鸟羽、伏见地方为五千新政府军击溃；戊辰战争揭开了序幕。新政府乘胜追击，宣布德川庆喜为朝敌，东征江户，但为了缩短战争，避免列国干涉，派代表与幕府和谈，新政府作了必要的让步，4 月新政府军兵不刃血占领江户城；德川幕府灭亡。以后，新政府又经上野战争、东北战争和箱馆战争，消灭了幕府残余势力；1869年5月戊辰战争结束。
    历时一年半的戊辰战争是倒幕运动的高潮。戊辰战争是摧毁幕府旧政权，建立和巩固明治新政权的革命战争。这次战争集中体现了日本资产阶级革命的特点，如以尊王为旗号、采取与德川氏有世仇的西南雄藩联合反对幕府的斗争形式，下级武士成为革命的主体力量，以及宫廷事变等政治斗争与革命战争相结合。这些特点是由幕藩体制社会和十九世纪中叶日本国内外历史条件所决定的。正如历史上新事物往往采取旧形式那样，我们不能因为倒幕运动和戊辰战争披着封建的外衣，而否定其资产阶级革命的实质。那种强调倒幕运动的封建外形而认为它不过是领主阶级的反革命集结的观点，应该说是违反马克思主义的超空时的历史观。
    明治政府的改革
    破旧立新的政策打倒德川幕府和建立明治新政府，为变革幕藩体制、实行资产阶级改革开辟了道路。1868年3月，在幕府投降以前， 明治新政府就以天皇宣誓的形式发布了施政纲领“五条誓文”。它规定：（一）广兴会议，万机决于公论；（二）上下一心，盛行经纶；（三）官武一途，以迄庶民，各遂其志，人心不倦；（四）破旧来之陋习，基于天地之公道；（五）求知识于世界，大振皇基。根据这个纲领，明治政府在七十年代实行了一系列资产阶级性质的改革。其中重要的有以下几个方面。
    第一，废除封建领主制，建立中央集权的统一国家。废除封建领主制采取了慎重的步骤。1868年10月颁发“藩治职制，”统一藩政，加强中央对各藩的控制。1869年6月使用谋略，使各藩“奉还版籍”，交出土地和人民，藩主改为藩知事，成为政府的地方官。1871年7月以武力为后盾，宣布“废藩置县”。废藩制， 建县制，打破藩界，把全国行政区重新划分为三府七十二县（后改为三府一道四十三县），由中央政府任命府县知事。藩知事免职，一律迁居东京。废藩置县全面废除了封建领主制，完成了消灭封建割据，建立中央集权国家的历史任务。
    第二，改革封建身分等级制，宣布“四民平等”。1869年废除公卿、大名的称号，改称华族；武士改称士族。1876年取消武士佩刀的特权，并以金禄公债代替武士的俸禄，用赎买办法消灭了武士等级。同时取消农工商的身份差别，统称平民。1870年平民获得称姓的权利。1871年废除“秽多”、“非人”等贱民称号，其身分与平民同。各等级间在职业、通婚和日常生活方面的各种限制一概取消，形式上实现了“四民平等”。
    第三，改革封建军制，建立近代常备军。1870年山县有朋考察欧美军制归国，提出“内以镇压草贼，外以伸展对峙之势”为目的的军制改革建议。1871年建立“亲兵”，解散藩兵，军权统一于中央。1873年1月颁布征兵令，开始实行征兵制， 在“国民皆兵”的口号下，强征大批青年，建立常备军。这支军队称为“皇军”，即天皇的军队，强调效忠于天皇，并贯彻“武士道”精神。同时在内务省统辖下，建立了从中央到地方的中央集权的警察制度。
    第四，改革土地制度，实行新地税法。1871年取消种植商品作物的各种限制，允许作物栽培自由。1872年解除土地买卖禁令，承认土地私有和买卖自由，并颁发土地执照。1873年改革地税，废除根据土地收获量定税额和交纳实物的旧税制，实行按地价的3％向土地所有者征收货币地税的新税法。 这次改革承认了新地主和农民的土地所有权，但地税之高不下于幕府时代的贡租，农民负担丝毫没有减轻。地税改革成为强制推行原始积累的重要手段，并为寄生地主制的形成奠定了基础。