当蒙文通在四川国学院读书时，他事实上也处在今、古两阵营对峙的高度张力中。当 时四川国学院中同时有今、古两派的廖平及刘师培，虽然刘师培受了廖平影响而有所转 变，但是在许多问题上仍然争持不已，蒙文通自己在《经学抉原·序》中说他“朝夕所 闻，无非矛盾”：
    文通于壬子、癸丑间，学经于国学院，时廖、刘两师及名山吴师并在讲席，或崇今， 或尊古，或会而通之。持各有故，言各成理。朝夕所闻，无非矛盾，惊骇无已……虽无 日不疑，而疑终莫解。（注：蒙文通：《经学抉原·序》，《蒙文通文集》第3卷，第46 页。）
    对两家之说“无非矛盾”，钱玄同的反应是“一齐撕破”，蒙文通则走向另一条路， 他主张用史学的研究去解决这一个过气的老问题。《经学导言》提供了一个过渡的样本 ，它一方面继承了廖平的说法（如六经历秦火之后不残缺，如区分齐、鲁与三晋之学）， 但同时又想挣脱开来，要跳开汉代今、古文之争，直接“还六国面目”，（注：蒙文通 ：《经学导言》，《蒙文通文集》第3卷，第32页。）用他自己的话说是：
    而作《经学导言》，略陈今古义之未可据，当别求之齐、鲁而寻其根，以扬师门之意 。（注：蒙文通：《井研廖师与汉代今古文学》，《蒙文通文集》第3卷，第135页。）
    这段话很有意思：一方面是今、古文之义未可据，一方面是别求齐、鲁之真貌（即“还 六国之面貌”）；一方面是发扬师门之意--因为廖平在《今古学考》中是有一个条目 说“解经当力求秦汉以前之说”，（注：廖平：《今古学考》，第113页。）一方面是丢 掉今、古文之争的大帽子，也就是丢掉汉代经学的问题，改寻先秦历史的真相。蒙文通 一再强调今、古俱不可信，如说“今古之自身本即是不一致之学”，“究空说则今古若 有坚固不破之界限，寻实义则今古乃学术中之假名”，并认为廖平中年以后已经倾向于 “破毁今古学之意也”，“皆所以召学者之应从两汉而上探周秦、由今古而溯之齐鲁， 求周秦学术之家法，以易两汉学术之家法，此固廖师之伟志也”；又说他的老师“早已 轻视今古之界而思破坏之，以探周秦之室也”，“周秦之学一明，而两汉之壁垒顿破” 。（注：以上诸条分见于蒙文通：《井研廖季平师与近代今文学》、《廖季平先生与清 代汉学》、《井研廖师与汉代今古文学》，《蒙文通文集》第3卷，第114、121、130、 134、135页。）看起来廖平确有向上转一层的意向，但只是偶然触及，而且最终目的显 然是要了解今、古学之究竟，而未必是了解一层一层历史的差异。蒙文通说，局限于今 、古文以谈古史，“此犹局乎孔氏一家之言……未可以上穷古史之变也”。（注：蒙文 通：《古史甄微》，《蒙文通文集》第5卷，第3页。）这段话表现了一种微妙的转向， 即他的主要目标是要谈古史，而不是今、古文，所以主张丢掉今、古文之争的议题，可 是他在向上探求周秦之时，隐然还是继承了《今古学考》中所指的二元论点，然而因为 他是以史学的角度在处理这一份经学遗产，所以他以分别对待个别历史事实的态度，指 出周秦时代每一书皆有每一书的面貌与地位，不能笼统归之今、古文两个阵营。他也用 历史演进的态度看古代官制的沿革，“而又确知今古家各据《王制》、《周官》以为宗 者为可议”。（注：蒙文通：《井研廖师与汉代今古文学》，《蒙文通文集》第3卷，第 112、135页。）也就是以官制的历史沿革来打破廖平以《王制》、《周官》两组制度来 判分今、古，把它们视为两组不变动的礼制。
    上溯周秦，“史”的态度一旦确定，他还是常常回过头来讲汉代今、古文的要义，但 那是经过历史研究的洗涤披捡之后所产生的新认识，不管是以今、古为汉代皇帝所喜、 所恶分，或是以朝、野之学分，或是以贵族阶级与万民平等两种主张分，都是放在他新 建立的周、秦、汉历史框架下重新解释，而不再是晚清的今、古文的旧说了。
    蒙文通转向史学的另一个环节是前面所提到过的“经是经，史是史”，处理经学问题 与处理史学问题是不一样的。他进一步从“六经皆史”的旧说解放出来，主张“六经非 史”（在这一方面，他深受《史通》之《疑古》、《惑经》两篇的影响），也就是说追求 古代历史的真相时，不能以六经为范限，在六经之外，还有许多记载古代历史的文献， 它们可能早已被视为非正统史料，但是其史料价值却无减损。他在《古史甄微》中自道 “自儒者以经为史，而遂古之事，真伪莫察”。（注：蒙文通：《天问本事》，《蒙文 通文集》第3卷，第346页。）由此看来，他是双重解脱，既解脱今文家法，也解脱古文 家之旧范，否则不可能发现“六经而外，异说恐多”，而《古史甄微》中也不可能运用 大量经典以外的材料去揭开早已被儒家经典一元古史观所淹没的古史，更不可能由《楚 辞·天问》等文献中发现南方一系的文明。
    由经学过渡到史学的另一环节是斩断纲宗，丢掉经学所蕴含的正统观念。陈寅恪的《 <陈垣元西域人华化考>序》云：“近二十年来，国人内感民族文化之衰颓，外受世界思 潮之激荡，其论史之作，渐能脱除清代经师之旧染，有以合于今日史学之真谛。”（注 ：陈寅恪：《重刻元西域人华化考序》，《陈寅恪先生论文集》，台北：九思出版社， 1977年，第684页。）此处所谓“脱除清代经师之旧染”的主要内容之一便是丢掉经师的 正统观念，这种观念所包含的范围很广，尊三代、尊周、尊孔、尊经、尊伦理纲常都是 ，这是一张无形的网，但却是一张有力的网。
    蒙文通批判廖平过度重视孔子，所以互为仇敌的今、古，大统、小统竟都同源于孔子 ，刘师培过重周朝，故虽然发现丰镐（西周）、雒邑（东周）之制度不同，但仍然认为两者 皆是一王之法。（注：蒙文通：《井研廖平季与近代今文学》，《蒙文通文集》第3卷， 第110页。）蒙文通受过辛亥革命及新文化运动的洗礼，他批评廖平、刘师培两位老师过 度为正统观念所拘束而不自知，正表示他舍弃正统观念的态度，他反对“六经皆史”， 在《古史甄微》中甚至连舜、汤武、文王、周公都在非议之列。