蒙氏在评价古代思想之后，仍以鲁学为正宗，儒家之学为正宗，《古史甄微》认为“ 《庄》、《老》沉疴，若在膏肓，荀、韩所陈，有同废疾，思、孟深粹，墨守无间，必 读而辩之，而后知东方文化中之东方文化，斯于学为最美”。（注：蒙文通：《古史甄 微》，《蒙文通文集》第5卷，第15页。）
    对于古代历史，他极力反对康有为的上古之世茫昧无稽之说，而主张远古文化，既久 且高，如三代文化皆甚朴陋，则春秋战国文化不可能如此之盛。（注：蒙文通：《中国 史学史》，《蒙文通文集》第3卷，第263页。）
    即使蒙文通逐渐放弃了经学专业，也并不表示他抹煞了经学的特色，他反对以西方学 术之分类、衡量、划分经学，故说：
    自清末改制以来，昔学校之经学一科遂分裂而入于数科，以《易》入哲学，《诗》入 文学，《尚书》、《春秋》、《礼》入史学，原本宏伟独特之经学遂至若存若亡，殆妄 以西方学术之分类衡量中国学术、而不顾经学在民族文化中之巨大力量、巨大成就。（ 注：蒙文通：《论经学遗稿三篇》，《蒙文通文集》第3卷，第150页。）
    他心目中的“经学”非史学，非哲学，非文学，集古代文化之大成，为后来文化之先 导，是具有法典性质的宏伟独特之学。
    由前述引文可以看出，在尊重传统的大方向上，蒙文通与廖平之间并无太大不同。不 过，廖平原先是为了尊孔而拆散一元的旧架构，在蒙文通则用“种族-地理-文化”的 观点把它们重构成一个非毁周、孔，讥短汤、武的古史多元论。廖平用他独特的经学体 系支撑起一个庞大的价值系统与西方对抗，但置身于现代学术社群中的蒙文通不像老师 那么自由，他的史学工作必须在现代史学社群中受到检验，他只能是历史主义式的，就 历史上的儒家在当时的历史情状中所值得肯定的部分加以阐发；前者可以任意建构包罗 广大的系统，后者只能守住几根梁柱；一个是经学，或哲学地肯定传统文化，一个是历 史地肯定传统文化。
    西方基督教神学体系在逐渐被侵蚀瓦解之后，西方思想界发现他们不再有基督教神学 体系所提供的那些坚确不移的大经大法作为依据，故18世纪启蒙史家走的是一种所谓“ 反历史的历史研究”方式，即不顾个别历史事实，不顾实际历史的差异性，从古往今来 的历史事件中抽离出一些普遍的通则，伏尔泰（Francois-Marie Arouet Voltaire）、 康多塞（Marquis de Condorcet）等人的历史著作即为显例。（注：参见Carl Becker,The Heavenly City of the Enghteenth-Century Philosophers,chapter 2 & 3.）中国在 经学思维衰落之后，随之而来的不是伏尔泰、康多塞式的、寻找普遍公理公例的启蒙史 学，至少在1930年代以前，正统学术界里占主流地位的是带有实证主义色彩的客观史学 ，如何在史学中找出大经大法并不是他们的关怀。
    大体而言，由经学到史学，在价值层面上发生深刻广泛转变。经学思维提供的是恒常 不变的、确定性（certainty）的价值，但在现代史学思维中，世界恒在“变迁”中，所 以，任何价值都是特定时代、特定环境下的产物，既然史学的首要任务是探求个别历史 事实（facts）的真相，而且所有东西都被“历史地”研究，故放诸四海皆准的通则不再 是关心的重点，当然也严重地冲击了“大经大法”式的思维。因此，后经学时代显然留 下了巨大的价值空白，至少，也逼迫人们去思考是不是还可以用其他方式去重建确定的 、恒常的价值系统。
    历史的思维常常左右了人们对现实生活的思考。近代的古史研究一方面质疑谁是“中 国”、谁是“华夏”，一方面质疑黄金古代，当圣君贤相揖让而治的世界被赤裸裸的权 力斗争所取代，人们看待人生万物便很难再持传统的眼光--人类是生活在一个永远竞 逐、流动、变化的世界，古代如此，现代亦如此。以上种种有关价值系统的问题，是讨 论近代中国由传统经学过渡到现代史学时所应该继续探讨的议题。