其三，摆脱了传统士大夫的“忠君爱国”观念的精神桎梏。传统士大夫由读书而出仕，浸淫于三纲五常中“君君臣臣”的伦理说教。在他们的思维定势中，“忠君爱国”是联为一体的，忠君即是爱国，爱国必须忠君。伍廷芳则不然。他接受的是西方近代教育和近代国家观念。在上庆亲王奕劻书中，他历述自己曾殚精竭虑，为朝廷屡献改革之策，怎奈大多未蒙采纳。随即指出：“夫谏不行，言不听，孟子且谓为寇仇矣。廷芳之于朝廷，仇则何敢，顾亦尝谏之言之，自觉已尽臣责矣。”并为自己脱离清廷作严正的声明：“非廷芳辜恩，实由忠言不听于前，至于今日。”（注：伍廷芳：《致清庆邸书》。）他认为，清廷覆亡之因在于“不知变通”，“不知时事变迁，昧于中外情形”（注：伍廷芳：《中华民国图治刍议·序》。），故“国民反正，非由其他，以清廷失纲，势难补救，割地赔款，贻累吾民，格杀勿论之谕，无异与民宣战，非民弃清室，实由清室执政之自绝其民也。”而民国乃“吾五族同胞之民国，非一人一族，可得而私有之”，故民国取代清朝，犹如一个公司的股东调换不善经营的管理者一样，更易执政者，“改良其政治”，而并非“易国”（注：伍廷芳：《论前清官吏当知民国非易国》，《中华民国图治刍议》第二十六章。）。由此可见，在伍廷芳的思想观念中，“忠君”与“爱国”并不等同。他也“忠君”，但并非“愚忠”、“死忠”。他也“爱国”，但所爱之国，并非“君”之国，而是“民”之国。这种以“国家至上”的近代爱国观念是他最终脱离清廷、拥赞共和的真正的精神动力。
    三、坚持三权分立原则，力主责任内阁制
    中华民国南京临时政府成立后，伍廷芳出任首任司法总长。他认为“共和”已经实现，今后只要“上下一心”，中国就能“渐臻盛轨”。（注：伍廷芳：《中华民国图治刍议·序》。）故民国成立三个月后，就辞职寓居沪滨，准备颐养天年，永作共和国民（注：伍廷芳：《辞勋-位电》，《伍廷芳集》，第527页。）。这一时期，他对民国的前景充满希望，并对如何治理国家提出了系统的主张，其政治制度思想亦有新的发展。
    伍廷芳认为，“共和政治，由国民代表取决，肩其责任”（注：伍廷芳：《论民国应用何等治法》。），实行民主共和制度的关键在于如何真正体现“主权在民”原则，如何使国民享有充分的自由权与平等权。所谓平等权，就是“从律例眼中所视全国之人，无分上下高低，尽属平等；国家法律，上下人须一律恪遵，位极长官，亦难枉法，犯者无论上下，一同治罪。”所谓自由权，就是“凡人于法律界内，不出范围，可以自由行事，无人可为拘制，如有稍涉枸制，而不依法律者，即可执拘制之人，起诉于法官，或官或民，犯者一律惩治。”（注：伍廷芳：《论平权与自由》，《中华民国图治刍议》第十七章。）显而易见，伍廷芳在此阐述的自由、平等权利是“殆指律例上而言”，受法律约束的。
    为真正实现“主权在民”，确保民主共和制度，伍廷芳特别强调“三权分立”的政治原则，期望借助分权制衡机制杜绝专制流弊。他以为，西方文明之国，“均有三权鼎立，各不相侵，立法一也，司法二也，行法三也。”（注：伍廷芳：《论司法之独立》，《中华民国图治刍议》第十一章。）三权之中，伍廷芳尤以司法独立为重。因为司法不但是“全国治体命脉所寄”，“关系外交及收回治外法权”（注：伍廷芳：《论司法之独立》，《中华民国图治刍议》第十一章。），而且“关系商民安居与国民富强”（注：伍廷芳：《论司法之关系》，《中华民国图治刍议》第十二章。）。所谓司法，“非专指司法一部而言，其要素以法官讯案为归宿。”（注：伍廷芳：《论司法之独立》，《中华民国图治刍议》第十一章。）所谓司法独立，“盖专指审判官之独扼法权，神圣不可侵犯，其权之重，殆莫与京也。”（注：伍廷芳：《论司法之独立》。）伍廷芳援引西方社会的价值标准，以为“视一国之文明与否，须视其司法能独立与否，并其执法廉明与否。”（注：伍廷芳：《论司法之独立》。）具体表现为：（一）“所有大小各案，胥归地方大小审判厅及大理院，援例讯谳，不出范围之外”，不受行政干涉，即所谓“司法神圣不得或贬其权，更不准行政者越俎违章，稍作民本之侵犯”（注：伍廷芳：《论民国图治终睹成绩》，《中华民国图治刍议》第三十章。）；（二）审判官代表法律，行使司法审判权。为保证审判官独立判案，守法不渝，必须给予优厚的薪俸与崇高的社会地位。基于此，伍廷芳主张，“中国政治欲有所进步，须先从司法一门入手，改良审判，优给薪俸，是为第一要义。”（注：伍廷芳：《论司法之关系》。）