在自由、民主、主权在民及三权分立等西方近代政治信念和政治原则的基础上，国家最高行政机构应该采取什么组织形式呢？
    众所周知，清末革命党人在推翻清王朝的革命活动中，是以美国的民主共和模式为目标的。但在会商南京临时政府组织方案时，内部产生了分歧。据居正《辛亥札记》载，宋教仁主张法国式的责任内阁制，孙中山则坚持美国式的总统制。最后宋教仁的意见遭到拒绝，临时政府采用总统制。其实，无论责任内阁制还是总统制，均为民主共和政体，差别仅在于最高行政权力的归属不同而已。前者权归内阁，后者权属总统。选择何种制度，须视具体历史环境而言。在革命时期，权力适度集中，有利于统一筹划。而在民初政局频频变动之际，“主张责任内阁制含有限制袁世凯和旧势力的专权，保卫新建立的中华民国这两层重大的现实意义在内。”（注：谢俊美：《略论宋教仁的政治制度思想》，《历史教学问题》1993年第1期。）伍廷芳不是决定政体问题的核心人物，但其言论社会影响较大。在此，不妨以孙中山、宋教仁的主张为参照，加以分析。
    1911年11月11日，汤寿潜、宋教仁等在上海发起组织全国会议团，通告书明确提出“美利坚合众之制度，当为吾国他日之模范”（注：上海历史研究所编：《辛亥革命在上海史料选辑》第1051页。）。伍廷芳亦列名其中，可知他当时赞成总统制。1912年4月，孙中山让位袁世凯。为防范袁独揽大权，孙提出定都南京、袁南下就职和遵守《临时约法》三条件。《临时约法》改用责任内阁制：国务总理及各部总长均为国务员，“辅助临时大总统，负其责任”（注：白蕉：《袁世凯与中华民国》，《近代稗海》（三），四川人民出版社1985年版第35页。），而总统作为国家元首，不负责任。袁世凯对此极为不满，就职后不断干涉政务，制造内阁危机，破坏责任内阁制，代之以实际上的总统制。1913年10月6日当选正式大总统后，采取高压手段，取消国会，修订《临时约法》和《大总统选举法》，将总统权力无限扩大。这样，《临时约法》、国会、责任内阁制均已破坏殆尽。在政局大变动中，伍廷芳的思想也发生了很大变化，由赞成总统制转而力主责任内阁制。
    1914年伍廷芳撰写了《中华民国图治刍议》一书，专章探讨“民国应用何等治法”。他首先指出“一国政体，因民而组织，非因国而组织，更非因求禄位而组织。”接着认为，从君主专制到君主立宪到民主共和，是一个政体逐级进化的过程。民主共和作为政体进化的最高阶段，三权分立，内阁柄政，总统仅等国家元首，不掌实权。由此可见，伍廷芳已倾向于采取责任内阁制。进而，伍廷芳解析了民初社会三个阶层的政治心态：位居四民之首的“士”，“恒多墨守古学之辈”，“不以民主制度为愿行”；农家工役“不闻国事，政府若何设施，非所计也”；一心以共和为依归者，主要是留心时局的“通儒”，他们“考究欧美政治，衡较得失短长”，是“智识开通”的“莫绝领袖之士”，此外还包括学生、报社编辑、商人、海外华侨、游历外洋者、与洋人交涉者。针对这一现状，伍廷芳基于民主共和的政治理念，提出了社会改良策略：“守旧之徒，万难强迫；躁进之辈，亟须调和。是中苦衷，尤关党派。”（注：伍廷芳：《论民国应用何等治法》。）以政党政治和责任内阁制构建民国的政治体系，在这一点上，伍廷芳接近于宋教仁。但不同的是，后者旨在框范国家权力的运行体制，前者意在推进社会的稳步改良。
    在伍廷芳看来，责任内阁制下的总统，作为国家元首，不掌实权。那么总统的选举程序又该怎样呢？早在辛亥革命时期，伍廷芳赞成总统制时，曾说过“中国必须民主，由百姓公选大总统”（注：观渡庐编：《南北代表会议问答速记录》。），这与孙中山的主张是相同的。民初改行法国式责任内阁制后，伍廷芳则说，“如果依照法国制度，总统由参议院、众议院选举产生”（注：Wu Ting Fang:America:through the spectacles of an oriental diplomat,New York:Frederick A.Stocks Co.1914,Third Rrinting,P.27-28.），就可避免大量的选举费用，并使工商各业免受影响。基于此，伍廷芳主张民国总统的选举，应当仿效法国。他说：“如果允许我进行预测的话，我会说，鉴于法、美两国的经验，年轻的中华民国极有可能采用法国选举总统的制度，或确定与之相近的制度。”（注：Wu Ting Fang:America:through the spectacles of an oriental diplomat,New York:Frederick A.Stocks Co.1914,Third Rrinting,P.27-28.）总统由全民选举或议会选举，其区别在于民众参与范围的大小不同，反映了民主程度的差异。但这仅是就制度本身而言的，从更深一层意义来说，制度能否发挥功能，发挥多少功能，根本上取决于人对制度认识、遵循甚至信奉的程度。近代中国以移植西方政治制度促进其制度近代化，首先面临的就是西方先进政制能否适宜中国的问题。对此，伍廷芳关于政体和总统选举制的思考已有所触及，其意义也因之得以体现。