清初，朝廷积极经营西北边疆，但康熙年间还在敦煌设置军政机构，这并未妨碍各级武人纷纷来到莫高窟礼拜，据敦研院《题记》所录游人题记，其间，规模比较大的礼拜活动有：
    康熙四十年（1701），嘉峪关把总白进中在宋时建造的“天王堂”题名；
    康熙五十五年（1716），驻防沙州及色尔腾的马营墩堡把总加一级邓洪印与其长子国子监太学邓攀龙、侄邓攀顺及文武部下九人在176窟题名；（73）
    康熙五十九年（1720），甘肃前营外委雷振海、领旗郝元魁等，率驻甘肃前营、中营、右营，永固、大马、红水、山丹等营共16营、将领数十人进香礼拜，在176窟题名的将领达30人。（74）
    雍正三年（1725），朝廷重建沙州卫，并从甘肃诸县移民充实沙州，敦煌建书院，开屯田，社会经济逐渐恢复，修缮石窟、塑像等活动也渐渐活跃，佛教又呈复兴局面。（75）同年四月，有“陕西甘肃提标前营游击署安西镇”将领卫维康，率官兵修葺沙洲城历时月余，竣工之日官兵同来莫高窟瞻礼，而经过此次修缮后的沙州城外观一直保留至今（即今敦煌县城）。（76）现存莫高窟清代游人题记约存六十余条，除去因年代较近题记更易保存这一因素外，各地游人芸集莫高窟的情况还是客观存在的。在敦研院编号第231窟，有一首嘉庆十八年（1813）四月的题诗格外引人注意：
    古郡敦煌远，幽崖佛洞传。建垣新日月，访胜旧山川。
    宝启琳宫现，沙凝法相填。神工劳劈划，匠手巧雕镌。
    色相嗟多毁，丹青讶尚鲜。问禅无僧侣，稽首冷香烟。
    字落残碑在，丛深蔓草缠。徘徊荒刹外，怀往意悠然。
    此诗为五律，共44句，对仗工整，讲究韵律，应是文人之作，对莫高窟的兴衰有细致的描述，落款为“岁在嘉庆十八年癸酉四月丁巳盐茶所赵吉学录”。（77）但在宋天王堂（莫高窟崖顶北端土塔）塔壁一条同年四月十五日的题记，题主为“盐茶所信士弟子赵吉”；（78）敦研院编号第14窟又有“赵吉”题诗：
    山岩开劈势隆崇，造作非凡巧琳工。意倚群曹分效职，期逾何年告功成。
    云峦翠柳层楼胜，佛屋宝塔四望中。新开此境香烟盛，夷狄诸夏往来通。
    落款为“嘉庆十八年六月初一沙州赵吉书”（79）。从三处题记的时间相距仅月余来看，题者应为“赵吉”，作“赵吉学”误。而“盐茶所”为宋、明时机构，清代较罕见，但敦煌地区直到道光年间似仍沿袭了这一设置，且官员不止一人。值得注意的还有，赵吉后一首题诗记录了经过修缮的莫高窟寺宇壮丽、香火繁盛的景象，与前一首“问禅无僧侣”，“字落残碑在，丛深蔓草缠”的“荒刹”已有很大不同。正如徐自强先生所说：康、雍、乾时期清国力强盛，“同时也需要加强对边疆的控制以巩固其政权”，说明敦煌在莫高窟藏经洞发现之前，“并不是像一般人所想象的、完全是一个荒无人烟、人迹罕见之地。”（80）总之，部分学者对清代敦煌宗教生活呈现单一化、环境“荒漠化”的说法似有失片面，清代敦煌莫高窟的衰落是相对的。
    值得注意的是，清代乾隆年间还有一些道士来到莫高窟并留下题名，如前引第454窟乾隆元年（1736）四月初七、乾隆十四年（1749）四月初八都有武当山道士前来朝山。（81）按四月初八为“佛诞日”，武当山道士在此日前来到敦煌，定是为观摩佛教盛大节日而预先设计了行程。众所周知，道教传入敦煌很早，莫高窟出土的500多件道教文书，更是唐五代敦煌道教发达的重要依据。唐代敦煌广建道观，官、私学均设道学、置博士。据上博8958/2号《敦煌平康乡索铁子牒》以及P.2649《祈天下太平文》等文书，五代宋初，敦煌道观仍旧活跃，而归义军曹氏发布的文告也带有融合道教与民间信仰的色彩。（82）元代道教虽曾受到压制，但为时短暂。清初道人来游莫高窟，与明清后道教仍然活跃的史实相互印证，从一个侧面显示了敦煌地区宗教信仰的复杂面貌，以及佛教对其他宗教的包容。
    近代以来，西方殖民主义列强争夺中亚地区，由各种财团甚至个人资助的探险队纷纷来到中国新疆和西北地区。在莫高窟365窟窟门入□北壁位置，题有一首无名氏七言诗，诗云：
    中华民国第十年，俄人来柱千佛山。
    商民各界独心寒，军队保护得安然。（83）