宋代《春秋》学中已无此"三科九旨"说，却屡见对它的批判。如北宋冯正符《春秋得法忘例论》"首辨王鲁、素王之说，及杜预三体五例、何休三科九旨之怪妄穿凿"。南宋陈振孙对此深表赞同，评之曰："皆正论也。"（36） 如此之差异，显示出《春秋》学说之重点在由汉至宋历史进程中的显著变化。其社会历史根源在于："三科九旨"说虽有着鲜明的"革命"色彩，但其主旨在于论证汉朝立国的合法性及《春秋》"为汉制法"说，（37） 故适应了汉代政治、社会的需要；至中唐安史之乱后，能否强化中央集权，成为根治因地方割据而导致的动荡乱世的症结所在，再加上外族与汉人政权间的严峻对立，故"尊王"、"抑霸"、"攘夷"等维护中央集权、抵制外族的观念，进入国家主流意识形态，也成为晚唐、宋代《春秋》学的主旨学说，而"三科九旨"说反因其"革命"性和"褒进夷狄"说而遭排斥。
    宋代《春秋》学中，可与汉代"三科九旨"说相类比且特色鲜明的，是尊王说、世变说和夷夏说。
    宋儒极言尊王之说，视之为《春秋》"大旨"、圣人"微辞奥义"。如宋初孙复著《春秋尊王发微》，直以"尊王"为题；胡安国云其《春秋传》"虽微辞奥义，或未贯通，然尊君父讨乱贼、辟邪说正人心、用夏变夷，大法略具"。（38） 是皆将"尊王"置于《春秋》大义之首位。对《春秋》世事的评判，韩琦甚至认为"事不尊王皆不与"，（39） 如此方能"达经之志"。如此高调的尊王之说，通过推尊《春秋》之周王而标显，实质是在鼓吹政治上的中央集权制，服务于宋代君权政治，以实现其经世目的。如牟润孙指出，"孙氏（复）尊王之论，足为宋人中央集权制张目"，（40） 此实为知言。
    章太炎论汉、宋尊王说的差别云："贵王贱霸之说，三传俱无。汉人偶一及之，宋儒乃极言之耳。"（41） "尊王"是《春秋》学的一个久远主题，虽不敢说"三传俱无"、"汉人偶及"，但当时该说远未达至宋代的高度，却是实情。在朝廷政制的层面，汉代《春秋》学施其"经世之志"的重心，在于直接论说《春秋》"为汉制法"和"汉为尧后"。前者源自公羊"三科九旨"说中的"存三统"，即"新周、故宋、王鲁，以《春秋》当新王"，认为孔子倾注其政治理想，将鲁史《春秋》文致成一代新王朝。东汉谶纬将其与解释朝代递嬗的"三统"（黑统、白统、赤统）说相比附，倡说"《春秋》继周实即是说汉继周"，（42） 孔子作《春秋》，定一代制度，实"为汉制法"，（43） 这显然是当时儒者媚世以求道通之说，也体现出他们据《春秋》以经世的努力。
    "汉为尧后"说，根据现存资料，最先亦出自公羊家，（44） 但文本的证说，却来自左氏家。文公十三年《左传》云晋人得士会后，"秦人归其帑，其处者为刘氏"。杨伯峻析之云："士会之子孙有未返晋而仍居秦者，以刘为氏。所以氏刘者，士会尧后，昭二十九年《传》称'陶唐氏既衰，其后有刘累'，则为刘累之胤，故复累之姓也。"（45） 这就将汉室之所出，溯源至远古圣王尧。东汉贾逵上章帝奏云："《五经》家皆无以证图谶明刘氏为尧后者，而《左氏》独有明文。"（46） 所指即此。此说装点、抬升了汉皇室的门第，在汉初流行的"天命"说的基础上，进一步证说了汉皇室当国的正统性和合法性。
    汉代《春秋》学如此具体的"经世"之论，遭到了宋儒的批判。如王皙云："仲尼岂知数百年后刘氏定天下、兴汉室乎？且圣人大典将垂之万世以为法，又岂止一汉朝乎？"（47） 经孙复至程颐，宋代《春秋》学中包括"尊王"在内的形上义理大为提升--超越基于"史"的"褒贬善恶"，出现了孔子"作《春秋》，为百王不易之大法"（48） 说。如此舍乎某王某代、褒贬予夺而立言，愈益不同于上述汉儒之说。
    世变说是根据政治世局、夷夏关系等因素的变化情况，而对《春秋》历史作时段划分的论说。这在孙复的《春秋》解说中即有着明确的表达：
    自隐公至于溴梁之会，天下之政，中国之事，皆诸侯分裂之。自溴梁之会至于申之会，天下之政，中国之事，皆大夫专执之。自中之会至于获麟，天下之政，中国之事，皆夷狄迭制之，圣王宪度，礼乐衣冠，遗风旧政，盖扫地矣。（49）
    孙复以"溴梁之会"和"申之会"为节点，将《春秋》世事划为递次衰落的三个时段。在这三世段内，孙复认为贯通《春秋》的微旨--尊天子以黜诸侯和褒齐、晋以贬吴、楚，即尊王和攘夷，有着轻重不等的表达：在"诸侯分裂之"和"大夫专执之"二世段内，以尊天子以黜诸侯为重，而在"吴、楚迭制之"的第三世段内，则以褒齐、晋以贬吴、楚为主。此后，北宋刘敞、朱长文、刘弁等也有类似的认识。宋廷南渡后，结合国事变迁，此世变说为更多学者所推重，如后人有"襄陵许氏（翰）、永嘉陈氏（傅良）专以书法论世变"的评说。（50）
    宋代学者的世变说中，划分世段的节点虽互有异同，但都如同孙复，对《春秋》作了历史主义的世段划分。其与汉代公羊家的"张三世"说相比，有着明显的不同：前者持历史主义的客观态度，视《春秋》世事三世递衰，而后者认为《春秋》蕴含着三世进化、文致太平的圣人微言。但两者也有相似之处：将《春秋》历史作三段划分，且以变化观视之；将圣人微言与此三世段历史相辅联，义法相通，形成一个统摄《春秋》全经的认识、阐解体系。
    夷夏说是关于《春秋》中夷夏地位的升降和两者间离合关系的论说。汉代《春秋》学中的夷夏说，以公羊"三科九旨"中的"异内外"说最为鲜明。有宋一代，民族矛盾问题始终是最为重要的国是之一，其在学术思想上的一个重要体现，就是夷夏说与尊王说一起，成为宋代《春秋》学最为重要的论题。（51） 两相比较，汉、宋夷夏说的显著不同在于：汉代公羊学"并不以夷狄、诸夏、中国诸名为固定不变者，夷狄可进于爵而为中国，中国、诸夏亦可退为夷狄；标准是：礼乐文明。宋人之所谓夷狄、中国已是固定实体而不可变。"（52） 两者的相似之处，在于宋代《春秋》学中也有少量与进夷狄之说，虽然他们的进退依据迥异于公羊家的"礼乐文明"。如孙复以行"王法"为准而与进夷狄，苏辙和崔子方都据《春秋》和《左传》不同时期所载"楚"与"中国"的交通事迹之多寡，而定其与进于"中国"的程度，持决然对立却又渐进"楚"的夷夏观。