然而，尽管丸山为抽取“个性”有意切断了相关思想观念的史实来源，但他通过“原型”视角归纳出来的有别于中国现象的日本“个性”表征，却不失其“思想的事实”意义。这一“意义”，集中体现在其所谓“儒教的两极指向性”及其在日本人看来几近不可解的系列矛盾中。
    第一，“天道”、“天下”的普遍主义与“五伦”人际关系、特别是与“家”的特殊关系之间所表现出的两极指向性。具言之，在儒教伦理的人际关系特殊主义中，即便是“仁爱”，也从“家”和宗族（孝）的核心出发，强调“亲疏之别”。在由近及远的“差等之爱”思考下，墨子的“兼爱”被变成了异端。另一方面，“天下思想”中又存在着无差别的“一君万民”式普遍主义。从政治思想的意义上讲，其中显然存在着德治主义标准（普遍主义侧面）与血统主义标准（特殊主义侧面）的矛盾。《中庸》第二十章“仁者人也，亲亲为大；义者宜也，尊贤为大”中的“仁”和“义”，便正是这两者之间的矛盾体现。当人们观察以上“两面价值”时不难发现，统治者的资格确认如果被措置于先天神圣的“家”的标准及其承继关系上，就会发生传统主义的世袭原理；而一旦被放在“德”所具有的“能力主义”逻辑上，其极致表现的“革命思想”则会随之而至。即便在儒教理想中的唐虞三代，亦未尝不然，即与唐虞的禅让不同，禹以后便转换成了世袭相续，并且当国王成为暴君时，还允许被“放伐”。这也是《孟子·万章上》何以会讲“唐虞禅，夏后殷周继，其义一也”的原因。问题是，禅让与世袭怎么可能会“其义一也”？这种逻辑是相互矛盾的。一贯坚持世袭原理的日本“国学运动”，所挑战的便正是上述正统性根据上的自相矛盾。
    第二，依“德”而治概念的两义性与“政教一致”观念的矛盾。一方面，作为统治者的属性，往往多强调有德者才能配享支配权。正如“修齐治平”所云，统治者只要“修身”，天下便自然而治。这意味着，政治最终可以被个人道德所消解。由于这与《老子》的“无为而治”思想几乎同义，于是乎，“法三章”式的制度论也就自然受到轻视。然而从另一方面看，“德治”的基底是“仁政”。由于仁政要求在安顿民众经济生活的基础上，再对其施以礼乐教化，因此，这里的“德治”已变成了政策效果的问题。这就使德治问题同时包含了为政者内在的人格高下与为政者外在的政策效果之“两义性”标准。如果强调政策方面，那么礼乐等客观制度就成了统治的重点，于是，“无为而化”反而成为悖论。如果在人格的侧面去追求至善，那么，正如徂徕学所称，这时的“修身”就成了为政者表现其统治效果的手段，惟此，他便一定要做出一副有德者的样子才行。重要的是，在以上两义性中，如果其中一方的要素与另一方之间失去平衡并且失衡现象无限扩大，就会产生“大道废有仁义”这一老庄式的异端（对制度强调行为的反抗）和荀子与申韩的刑名法家异端（对修身与无为而化思想的反弹）。由于“无为而化”毕竟从人格主义发展而来，因此，江户时代思想家在关于统治机构的具体批判与改革提案中，便大体将强调的重点措置于“道=规范”的客观化方向而不是相反。
    第三，“君臣之义”中服从义务的绝对性与相对性之间的矛盾。一方面，“君臣之义”作为天地上下之秩序被绝对化（名分论），另一方面，君臣间又需要通过“义”来结合。这意味着，君臣关系体现了相对性与双边义务性的结合。正面讲叫“君君，臣臣”，而反过来说，就成了“君不君则臣不臣”。《孟子·离娄下》所谓“君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇雠”云者，强调的也是这一相互性。而日本儒教传统的重点即统治的倾向，比起“君不君则臣不臣”之君臣结合理念，更强调“君不君则臣不可以不臣”这一建立于名分论基础上的绝对服从。当这种服从伦理变成了绝对命题，那么，自己所侍奉的君主一旦成为反道义的存在时臣子该如何对待，便成为一个严肃的问题。在中国，君不君则臣不臣，倘就相互间之规范而言，则可以“三谏而不听则逃之”。然而在日本，因臣下一开始就断绝了“离君而去”的念头，所以，由此而产生的人格内部紧张，就会使臣下不断向君主谏言，于是这种“紧张”就成为如何使君变为真君的忠诚行动的“发条”。它不是盲目的服从，因为建立在“死的觉悟”上的不断谏诤，已成为忠诚的核心。它构成了儒教伦理与武士固有性格化合后的一种行动模式。
    第四，君臣关系与父子关系（忠和孝）孰先孰后的问题。“忠”和“孝”这一存在于君臣、父子间的道德，并不是一个自明的问题。至少在日本，关于二者孰先孰后的讨论，从未间断。君臣关系以“义”合，这是标准式的结合。但是，以父子为中轴的家庭关系，却并不符合这一标准，因为没有人可能对父亲进行选择。并且，原始儒教以来的基本道德，即对家长恭顺的“孝”，已成为全部道德的基轴。《论语·子路》中“父为子隐，子为父隐，直在其中矣”的说法表明，父子关系应该优越于所有其他人伦关系。这也是建立于亲疏关系基础上的儒教之爱所能产生的当然结果。于是，与对君主“三谏而不听则逃之”相反，子之于父，“三谏而不听，则号泣而随之”。这种两面性价值所造成的悖论在于，一方面“孝”的价值意味着比“忠”更重要，同时又申明，在家庭中习得的“孝”，才是在社会上实现“忠”的第一步。那么，到底是“孝”比“忠”更重要呢，还是由“孝”达成“忠”？令人难得要领。（25）
    综观丸山的“原型论”，无论是“伦理意识的原型”、“历史意识的原型”，还是“政治意识的原型”，其全部推论和逻辑展开，似乎均归结为“革命”是否具有自明正当性这一根本问题。毋庸讳言，中国的“易姓革命”理论在日本的确遇到了难以逾越的事实关隘，而这种关隘的具体体现，便是所谓“万世一系”的日本国体。于是对于“革命”，本居宣长批判之，（26）荻生徂徕反对之，（27）福泽谕吉揶揄之，（28）沟口雄三否定之，（29）而丸山真男显然还进一步推出了更富于学理色彩的解释，即日本人之所以对“易姓革命”和“万世一系”同时并存的现象提出质疑，是因为中国人平行但对立的两种传统政治思维次第涌入日本后，给日本人带来了政治信仰上的混乱：“儒教思想在日本化之际所引发的甚大困难和抵抗，表现在这一民本的‘革命’思想和与之相关的王朝‘正统论’问题上。江户时代的‘国体论’，正是将兼容儒教的‘君臣之义’和有德者君主思想这两种意旨完全相反的观念间是否具有同一的可能性，即君臣名分的绝对不动性（以伯夷叔齐的故事为代表）与有德者君主思想（德治主义）之根本性归结的禅让放伐肯定论之间所存在着的矛盾，作为最大的issue（争论点）来展开的。”（30）他试图揭破儒教政治思维的“有害性”所由以产生的内在逻辑关系，认为“修身齐家治国平天下”这种“使道德与政治直接连通”的做法，“在使政治权力无界限地侵入精神领域的同时，正像儒教家族内部伦理所显示的那样，也产生了将伴随强制力的统治关系植入道德领域的倾向。于是，在最坏的情况下，权力的强制竟被粉饰以道德，反过来，（政治本身）亦夺走了道德的内在性，使之堕落为顺应（conformity）共同体或集团（利益）的道具”。（31）