司马迁充分肯定了《周易》在宗教巫术方面的价值和作用。他说：“自古圣王将建国受命，兴动事业，何尝不宝卜筮以助善！……王者决定诸疑，参以卜筮，断以蓍龟，不易之道也。”[4]（《龟策列传》）《史记》中专设《日者列传》、《龟策列传》，也说明他高度重视卜筮之事。司马迁继承父亲遗愿，立志“正《易传》，继《春秋》”[4]（《太史公自序》）。在《史记·司马相如列传》中，他说：“《春秋》推见至隐，《易》本隐之以显。”在这里，“《春秋》以人事通天道，是推见以至隐也；《易》以天道接人事，是本隐以之明显也”[4]（《司马相如列传》司马贞索隐引虞喜《志林》）。司马迁认为，立足于人事的《春秋》是通过史实的记述来反映其中隐含的微言大义，本于天道的《周易》则是依据普遍的思想原理来推出具体实践所应遵循的规律和准则。就哲学思想水平而言，《周易》要高于《春秋》。即是说，《周易》为本，《春秋》为用，二者是彼此互通、相辅相成、相得益彰的。这表明，最使司马迁倾心的，还是《周易》深邃的思想内涵、独特的思维方式。
    司马迁继承、发挥《易传》天人合一思想及推天道以明人事的整体思维方式，力求通过历史记载来沟通天人，“究天人之际”。他本于《系辞下》“古者包牺氏之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地”云云，在《天官书》中剪裁熔铸各种天文知识，专记天象，并与地上之事一一对应：“仰则观象于天，俯则法类于地。天则有日月，地则有阴阳。天有五星，地有五行。天则有列宿，地则有州域。”其中详细阐述了天运、天变、天数及其与人事之间的关联，显现出《周易》的深刻影响。司马迁在《历书》中也强调：“王者易姓受命，必慎始初，改正朔，易服色，推本天元，顺承厥意。”另外，在确定《史记》的体例时，他也注意由天道来推衍人道。如《太史公自序》说：“礼乐损益，律历改易，兵权山川鬼神，天人之际，承敝通变，作八书。二十八宿环北辰，三十辐共一毂，运行无穷，辅拂股肱之臣配焉，忠信行道，以奉主上，作三十世家。”司马迁撰著《史记》，就是想通过对天道、对自然界演变规律的探讨和把握，来更好地理解和揭示人道即人类社会的发展规律。
    “通古今之变”是司马迁史学思想的核心，而这又是深受《易传》变通思想启示和影响的结果。《太史公自序》说“《易》著天地、阴阳、四时、五行，故长于变”，又说“《易》以道化”，这表明司马迁是很重视《周易》变化之道的，而且视之为易学之本。他志在“正《易传》”，就是要根据《易传》变通思想来更好地考察社会，记述历史。他认为，社会历史发展到一定阶段，必然会发生某种变化。另外，司马迁继承、发挥《易传》革故鼎新的思想观念，以极大的热情歌颂了汤武革命、陈涉起义、项刘灭秦等历史上一系列社会变革。他将陈涉起义与汤武革命联系起来，加以极力推崇：“桀纣失其道而汤武作，周失其道而《春秋》作，秦失其政而陈涉发迹。诸侯作难，风起云蒸，卒亡秦族。天下之端，自涉发难。”[4]（《太史公自序》）读罢此语，人们自然会想起《易传》中那激动人心、耳熟能详的名言：“天地革而四时成，汤武革命，顺乎天而应乎人。革之时，大矣哉！”[5]（《革·彖传》）
    司马迁的变革思想又是与他对现实社会问题的分析、与他本于《周易》的忧患意识分不开的。汉武帝即位后，对外连年用兵，对内大兴功作，社会矛盾渐趋激化，政治危机不断加深。这引发了司马迁强烈的忧患意识。他反复强调宇宙间万事万物盛极则衰、盈极则亏的变化规律，力倡“综其终始”[4]（《十二诸侯年表序》），“原始察终，见盛观衰”[4]（《太史公自序》），主张吸取历史上的经验教训，采取相应的改革措施，缓和社会矛盾，避免由于弊政发展到极限而走向灭亡。他说：“汤武承敝易变，使人不倦，各兢兢所以为治。”[4]（《平准书》）又说：“汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。”[4]（《高祖本纪》）应该指出的是，司马迁的变通思想也与《易传》一样带有明显的循环色彩。他在《平准书》中说：“物盛则衰，时极而转，一质一文，终始之变也。”《高祖本纪》则将夏、商、周三代政治特点的变化总结为忠、敬、文的终始之变，指出：“三王之道若循环，终而复始。”《历书》则提出：“夏正以正月，殷正以十二月，周正以十一月。盖三王之正若循环，穷则反本。”这些都反映了司马迁在历史发展观方面的局限性。另外，司马迁继承、发挥了《易传》尊卑定位的思想，为封建宗法等级制度的巩固和延续服务。当然，司马迁此举也是以《易传》的中正、太和理想为最后归依的。在《易传》看来，人们必须通过顺应、效法自然的和谐以求得社会秩序、人际关系的和谐，从而实现天人整体和谐。这是《易传》要求确立和巩固等级秩序的理论前提，也是司马迁基本的政治理念和价值理想。
    正是因为有了这种政治理念和价值理想，司马迁对《易传》“厚德载物”、“振民育德”的尚德思想多有继承和发挥。在《太史公自序》中，他颂赞禹、汤、文、武等古圣先贤为仁德之君，说夏禹“德流苗裔”，周文王“德盛西伯”，而对夏桀、殷纣、周幽王、周厉王及秦始皇、秦二世等残暴君王则加以贬抑。司马迁认为“国君强大，有德者昌”，要求统治者“太上修德”[4]（《天官书》），发挥德治精神，仁民爱物，赢得百姓爱戴。为了实现这一主张，他又取资于《易传》的养贤、尚贤之说，借助正反两方面的历史事例，强调贤人在国家兴衰存亡中至关重要的作用。他在《楚元王世家》中说：“国之将兴，必有祯祥，君子用而小人退。国之将亡，贤人隐，乱臣贵。使楚王戊毋刑申公，遵其言，赵任防与先生，岂有篡杀之谋，为天下僇哉？贤人手，贤人乎！非质有其内，恶能用之哉？甚矣，‘安危在出令，存亡在所任’，诚哉是言也！”他希望最高统治集团真正发挥贤士的聪明才智，将尚贤、养贤思想落到实处。