但自然神论到底给了上帝一席之地，它仍然没有割断那根宗教脐带，弄不好，有人可能由此滑向传统的有神论。但拿破仑并没有停留在自然神论上，他以此为踏脚石，继续前进了。进入青年时代以后，他博览各种进步书籍，又与当时还健在的著名的反宗教神学的哲学家雷纳尔关系密切，且有书信来往，这都使他受了唯物论和无神论的巨大影响，使他成了一个唯物论者和无神论者。
    事实也说明，在写了上述手稿5年以后，拿破仑的思想确有发展。1791年春，即他还不满22岁时，他写了一篇里昂学院的悬赏征文，题目是：“为了人们的幸福，应当把哪些真理与感情教给他们？”论文是以第三人称写的，其中说：“在童年的轻率和不经心过去之后，换来了激情的醒悟。”“为什么游手好闲、无所事事的人拥有一切，而辛勤劳动的人却几乎什么也没有？”“他跑到他信赖的神父那里，向他提出了自己的疑问。神父回答他说：‘人们对社会的存在是从来不思考的。上帝安排一切，你应当完全信赖天意。这个生命不过是一次旅行。正义之神造就事物，对神的天意我们不应去钻研。你的职责是信赖和服从，永远不必去探索这些问题，永远辛勤劳动。’这样的回答对一个高傲的灵魂、感觉灵敏的心、清醒的头脑，是满足不了的。”于是他去请教一位法学家。法学家则“向他论证他所抱怨的这种分配是完全合法合理的。他愤怒地喊道：‘什么！难道这就是这些大人们的权利和资格！我自己是最神圣的，最无可争议的，最具有普遍性的。我为它汗流浃背，我的血液同它一起循环，它激动着我的神经，它铭刻在我的心中，那就是我生存的需要，特别是我幸福的需要！”
    从这篇论文我们可以看出，不到22岁的拿破仑确实有多方面的“醒悟”。他这时不仅仅认识到神父和法学家都是可恶的骗子，而且对“上帝安排一切”，对“正义之神造就事物”，对“神的天意”都统统不屑一顾，认为这是一个“清醒的头脑”无法相信的。本来，只有对上帝才可以说：“最神圣的，最无可争议的，最有普遍性的”，而现在他却不客气地把它们从上帝头上夺过来，戴到了“我自己”的头上。只有坚定的无神论者，才有此包天之胆！在他看来，“我自己”，“我生存的需要，特别是我幸福的需要”就是一切，只有这些才能“激动我的神经”，“铭刻在我的心中”。这正是18世纪法国唯物主义者、无神论者的人本主义幸福观，是与宗教神学的幸福观水火不容的。这说明，在拿破仑的心中是没有上帝的立足之地的。他只承认人性不承认神性，只承认人权不承认神权，是彻底的无神论者，但只是还没有正式承认这一点。
    但仅过了几个月，他就正式承认了自己是唯物主义者和无神论者。1791年7 月27日，在他马上就要22周岁时，他在致友人的信中自豪地承认他是“伟大的伊壁鸠鲁的信徒”。（17）在上帝和神父面前自称有一个“高傲的灵魂”的拿破仑，却以“伟大的”形容词冠之于伊壁鸠鲁，可见他对其崇敬之深，佩服之甚。
    伊壁鸠鲁是古代希腊的伟大的唯物主义哲学家，无神论者。他把德谟克利特的原子唯物论发展到了一个新阶段。马克思说：“他是古代真正激进的启蒙者，他公开地攻击古代的宗教，如果说罗马人有过无神论，那末这种无神论就是由伊壁鸠鲁奠定的。”（18）
    拿破仑在此信中还说：尽管他有“挂心”之事而且“满怀愁绪”，他还是因为是“伊壁鸠鲁的信徒”而感到“快乐”。（19）这反映了伊壁鸠鲁无神论的真理之光驱散了他心头的昏暗和迷雾，而给他带来了解放感、光明感和欢欣感。这种豁然开朗的感觉是许多人在思想大转变大飞跃时刻都体验到的。拿破仑之所以感到快乐，还因为他笃信伊壁鸠鲁哲学的重要组成部分快乐主义。伊壁鸠鲁认为，正当的幸福--快乐，不是“放荡者的快乐或肉体享受的快乐”，而是“身体的无痛苦和灵魂的无纷扰”。（20）它是人生追求的目的。但对这种快乐的最大威胁是对神和死亡的恐惧。他认为，万物皆由原子组成，而神则由比较精细的原子组成，不过问人事。灵魂也由类似的原子组成，人死则原子消散，感觉也丧失，故死不足惧。人既然不必整天畏神和惧死，当然是快乐的。18世纪法国唯物论者和无神论者拉美特利借朋友之口说过：“宇宙如果不是无神论的宇宙，就不会是快乐的宇宙。”（21）拿破仑的许多言论表明，他正是这种无神论快乐观的拥护者。
    拿破仑在青年时期确立了唯物论和无神论的世界观，至死都没有改变。他死前十几天，即1821年4月18日，对身边的人说：“年轻人， 您或许是非常信仰上帝的吧：我的心不在那儿。”（22）