公司到北美后，殖民地上的原政府机关由公司各领导机构所取代。公司总管温思罗普未登岸之前，即从前来迎接的殖民地总督约翰·恩迪科特手中接过了统辖殖民地的全权，成为殖民地新总督。公司副总管达德利行使副总督职权。8月23日，公司助理会在殖民地首次召开工作会议，取代了原参事会的职能。原属公司的三个机关共同承担起了任命下级官吏，分配土地，征收税务，主持司法等政府管理职能。
    与此同时，公司清教领袖利用对公司股东大会的改组，将公理会政治原则注入公司体制之中。1630年9月，助理会议决定把政府驻地从萨来姆迁到波士顿，10 月19日在波士顿召开了称为股东大会的会议。这次会议是早期马萨诸塞政治发展史上的一个转折，既标志着公司机构向殖民政府转变的完成，又表明了殖民地政府在清教原则指导下开始背离公司体制。
    参加10月19日会议的8人是公司所能召集到的全体股东， 而恰好他们无一例外地都是公司官吏。因此，在公司迁美后的特殊条件下，股东大会同助理会的构成发生了重合，原为一个体现商业公司多数制原则的最高机关，一下成了殖民地上的寡头权力机构。清教领袖借用股东大会的最高权力，按照清教原则，把官吏从股东的公仆提高为民众的统治者。会议宣布：以后由自由民选举助理，再从助理中间推举总督及副总督。这样便改变了特许状中规定的所有官吏都由自由民直接选举产生的做法。这一改变，把所有权力集中到了8个官吏手上。会议还以“民众”名义宣布：授权官吏可制订及实施法律⑥。
    照当时的法律观点，清教领袖的这一做法是对国王特许状的公开违背，如公司仍在英国，定会招致王国政府的追究。由于公司远在3000海里之外的美洲，事实上已处于自主地位，因而能够暂且避免追究。但是，殖民地上的广大移民却不满于公司领袖的专权。公司迁来之后，殖民地居民人数从原来的300人左右增加到近1500人。老居民以仆役和劳工为主，没有财产和独立的社会地位；新移民绝大多数是自费移民，在英国是自耕农，拥有一定的财产，具有强烈的权利欲。他们的到来迫使公司放弃土地公有制，分配给每户自费移民一定数量的私有地产。他们认为自己作为土地所有人，理应享有自由民的一切政治权利。因此，在10月19日的股东大会上，有109名移民递交了请愿书，要求“成为自由民”。
    面对居民的权利要求，温思罗普等清教领袖只有两个选择：一是拒绝请愿，维持披着公司制外壳的寡头统治。这样做并不难，只须指出特许状仅允许股东享有自由民称号就行了。但他们知道，这样做的后果将会产生占人口多数的自由业主同不足10人的官吏之间不可弥合的矛盾，从而引起社会动荡。二是接受请愿，把自由民身份扩大到所有自由业主身上。但他们不肯作此选择，认为这会抹杀官吏同民众的区别，动摇官吏统治的根基。
    为了寻找一个既可满足居民要求，又能保持官吏权威的解决方案，清教领袖们绞尽了脑汁，直到1631年5月才正式答复：自由民不再只限于原来投资的股东，但是只有教会成员才可成为自由民。就是说，自由民的含义从公司股东变成了教会成员，政治权力只有加入教会者才可拥有。对清教领袖们来说，这种做法一箭双雕，既吸收了部分清教居民加入自由民行列，又巧妙地改变了殖民地政府的公司性质，朝着实现由“可见圣者”组成的基督王国的目标迈进了一大步。根据新定义，116名居民被纳为自由民。这样，殖民地政府虽保留了公司体制的框架，但在采用了公理会的自由民定义之后，其实质已变成以清教原旨为基础的社会共同体。
    二、镇的建立与小乡绅阶层的兴起
    按照清教理想，殖民地居民应聚居一处，形成一体化的宗教、社会、经济及政治的共同体。但是，在美洲新的环境下，很快宣告了这一理想的破灭。新英格兰有大片荒地，吸引着移民离开原定居地前往开发和占有。同时，上千移民聚于一处，面临水源及食品短缺等困难，而且容易造成疫病流行。因此，早在公司迁来之前，老居民已开始部分地离开萨来姆，建立查尔斯镇新居民点。公司迁来之后不到半年内，居民已扩散到不下8个居民点上。到1634年，殖民地人口增加到4000多⑦，散居在大小十几个居民点上，其中有8个人口集中的地区组成了镇。
    镇（town）是新英格兰殖民过程中的独特产物。它既不是英国的郡、县等由中央设立的地方政府的翻版，也非公司或清教体制下的必然产物。镇的组成起初并无法定规章可循，它不过是在实践中形成的某种习惯性模式。通常情况下，一伙由30到50人不等的成年男子组成的移民团体向股东大会提出申请，要求集体迁往处于殖民地政府法定区域内的某个地方。股东大会经过考察、审核之后，授予他们一块土地，一般面积为40平方英亩。然后同居于此块土地上的印第安人交涉，常常用金属工具作为“交易物品”，换取土著人让出地权。移民团体内部自订一公约，写明共同遵守的原则，由每人签字。然后按多数意见，对土地进行分配，一般按每户的财产及需要分给不同数量和位置的地块。
    镇作为居民自行组成的社会基本单位，其中心是按公理会原则建立的教会。公理会倡导废除教阶制度，教会自治。因此，镇的教会由居民自聘牧师主持，独立自主，不受任何其它教会领导。在同一原则影响下，各镇产生了自治式政府。它的核心是全体镇民出席的镇民大会，通常每年召开一次，遇有特殊情况可召开紧急会议。大会讨论和决定与居民生活有关的一切问题，订立和修正法规，处理居民间纠纷。与会者选举数名居民任选民官，负责执行大会决议，维持社会秩序⑧。
    镇作为自治性地方政府的兴起，打乱了清教领袖原来设计的一体式政治制度。设在波士顿的殖民地中央政府开始以仲裁者角色出现，调解各镇之间因地界、水源、税收分配等引起的争执。比充当仲裁者更难的任务是，如何界定中央政府同以镇为单位的地方政府之间的权力关系，这从公司制度或清教原则中是找不出现成答案的。移民社会在新世界的进一步发展，促使殖民地人寻求符合实际的权力分配方式。
    在镇同中央政府的关系中，导致摩擦的主要问题是征税权。实行土地私有后，公司公有地取消，殖民地政府随之丧失了用于支付公共开支的财政来源，不得不转从地方收税。1632年2月助理会宣布， 为了给新建的坎布里奇镇修一条用于防御的围栅，需从其他各镇征收60英镑的税。水镇分摊8英镑， 该镇教会的牧师和长老在镇民大会支持下，向中央政府提出抗议，指出：如同意在中央官吏独裁之下纳税，“我镇居民及其后代将沦为专制之奴”。为维护中央权威，温思罗普将水镇教会首领召来波士顿，同其展开辩论。结果是水镇代表们“公开表态认错”⑨。