康熙帝还动员滇、川、甘、青各部落、土司及民众担当后勤支战，仅“青海蒙古汗、王、贝勒、台吉等，各自率所部兵，或数千，或数百，随清兵扈送达赖喇嘛入藏，军容甚盛”。（注：牙含章：《达赖喇嘛传》，人民出版社1984年9月版，第43页。）可见动员兵民规模庞大，至少也在一两万人上下。
    南路清军从四川出发，一路攻克除都、工布江达、墨竹工卡和达孜，至8月23日，进入拉萨，沿途土司、头人率众投降。噶尔弼占领拉萨后，先把隐藏在三大寺的准噶尔喇嘛101人全部逮捕，将其中的5个头目立即斩首，其余予以监禁。又命令投降的第巴·达仔娃断绝向黑河的准噶尔兵粮食供给，并用他的印信，将策零敦多布处所有西藏之兵“暗地差人前去令其各散”，于是策零敦多布在黑河陷于孤立绝境。
    从青海护送七世达赖喇嘛进藏的中路清军，在簿克河、齐嫩果尔、错冒拉等地三次击败了截堵的准藏联军，8月底进驻黑河，策零敦多布率残部由藏北逃回新疆伊犁。9月初，延信护送七世达赖喇嘛到达拉萨，9月15日，在布达拉宫举行了隆重的坐床典礼。这是清朝将政治宣传和军事进击相结合的一次成功演练，赢得了西藏僧俗民众的欢迎。清朝的用兵，意义重大，影响深远。康熙帝为此写了《平定西藏碑文》，立碑于布达拉宫门口“以垂永久”。碑文记述驱准经过，盛赞清军“天兵所临，邪魔扫荡”，“乐土安居”（注：张羽新：《清政府与喇嘛教》，西藏人民出版社1988年9月版，第300页：《平定西藏碑文》。）的历史功绩。它驱逐了准噶尔出西藏，解救了西藏人民，保卫了祖国领土完整，结束了蒙藏贵族在西藏围绕真假达赖喇嘛的权力之争。清军一度组织以延信为首的军事法庭（临时政权），奉旨将假达赖意西嘉措押京处理，稳定了格鲁派僧俗人心。清朝开始采取蒙藏分离和政教分离政策，排除企图继承西藏汗王的罗卜藏丹津一伙青海和硕特部贵族的干扰和反对，彻底废除蒙古汗王与第巴制，选定在“逐准保藏”战争中有功的藏族官员康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐、扎尔奈等4人为噶伦，组成西藏地方政府。从此，西藏地方实现了由蒙藏联合掌政向藏族官员单独执政的转变，标志着清朝对西藏实行从间接管理到直接治理的历史性转折。
    清朝用兵西藏后即决定在西藏开始驻兵防守。进兵之前，议政大臣等曾议奏：“明年若送达赖喇嘛登禅榻，即令一千步兵前往看守。”（注：《清圣祖实录》卷286，第25～26页。）康熙六十年（1721年）二月，大将军允禵疏奏：“西藏虽已平定，驻防尤属紧要。现今留驻彼处者，扎萨克蒙古兵五百名、额驸阿宝兵五百名、察哈尔兵五百名、云南兵三百名、四川兵一千二百名，以公策旺诺尔布总统管辖”。（注：《清圣祖实录》卷291，第11～12页。）三月，清政府再从云南、四川各调兵500名入藏，这样共计有4000兵丁驻防西藏。不过鉴于西藏政局很快趋向稳定，仅1年左右，除在察木多（今昌都）等处留兵一千驻防之外，其余驻藏兵丁奉命内撤，这是清朝在西藏派驻官兵的开始。
    （二）雍正时期对西藏用兵驻兵的强化
    1727年（雍正五年），西藏发生了阿尔布巴之乱，清朝再次用兵西藏，这是对西藏的第三次用兵。噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔奈是前藏贵族，他们结成宗派与首席噶伦康济鼐以及晋升为噶伦的颇罗鼐“因嫉妒争权，彼此不睦”。（注：《清世宗实录》卷52。）七世达赖之父索南达结娶隆布鼐之二女，他作为后台与阿尔布巴、隆布鼐、扎尔奈互通声息，沆瀣一气，并通力排挤后藏贵族噶伦康济鼐和颇罗鼐。8月，阿尔布巴、隆布鼐、扎尔奈等人谋杀康济鼐，颇罗鼐起兵反抗，双方为争夺权力展开了历时近1年的卫藏战争。
    1728年7月，颇罗鼐率兵攻入拉萨，夺取西藏地方统治权力。清廷认为，颇罗鼐获胜则“于西藏有益”，遂派密使将此意通知在藏的僧格和马喇。内阁学士僧格、副都统马喇于1727年被清廷派遣入藏，协助达赖喇嘛、康济鼐等办事，从此有了驻藏大臣之正式设置。（注：清朝曾于1707年（康熙四十八年）派遣侍郎赫寿入藏，“协同拉藏（汗）办理事务”，这被认为是清朝设置驻藏大臣的先声。）颇罗鼐攻入拉萨时，僧格、马喇将达赖喇嘛保护在布达拉宫内，阿尔布巴等即被擒。事件平息后，七世达赖曾向颇罗鼐和清朝为阿尔布巴等人请罪，但遭到了拒绝，这也结下了达赖喇嘛与颇罗鼐家族矛盾不断的根源。
    卫藏战争爆发后，清廷即派万余士兵入藏。关于进藏部队的情况，雍正六年（1728年）十一月办理藏务吏部尚书查郎阿等遵旨覆奏：“查陕省进藏兵丁共八千名，此内除留于木鲁乌苏之东蒿沁察罕哈达兵二千名，坐站兵一千八十名，现至藏兵四千九百二十名；四川进藏兵共四千名，此内除留于黎苏齐兵二千名，坐站兵五百名，现至藏兵一千五百名；云南进藏兵三千名，于罗隆宗留兵二千名，叉木多留兵一千名。”（注：《清世宗实录》卷75，第18～19页。）清朝对阿尔布巴之乱后的措施，除了加强驻藏官兵规模之外，还对西藏的政治体制作了一些调整。主要如下：
    一是对颇罗鼐的嘉奖。事后雍正帝封颇罗鼐为“贝子”，总理全藏事务。1731年，晋封颇罗鼐为“贝勒”。1740年1月，因颇罗鼐防御准噶尔部来犯有功，乾隆皇帝降旨晋封颇罗鼐为“郡王”，这是清朝对西藏上层的最高封爵。颇罗鼐“遵奉谕旨”，世俗总理西藏地方事务20年，“实心效力”，使西藏社会安定、生产发展，政绩显著。颇罗鼐接受和执行清朝政令，维护统一，清朝中央政府与西藏地方的关系得到了进一步的巩固和发展。
    二是鉴于噶伦内讧以及达赖之父干预政事，清朝将七世达赖移往康区泰宁，建惠远庙使其驻禅，又诏达赖之父到北京述职，把达赖权力控制于宗教事务之内。七世达赖奉旨于1728年11月移住康区，直到1735年才返回拉萨。这是清朝实行政教分离政策的成功运用。
    三是清朝又采取分而治之政策，下令将打箭炉（康定）、理塘、巴塘等地划归四川管理；将中甸、阿敦子（德钦）、维西等地划归云南管理；将扎什伦布以西至阿里地区交由班禅喇嘛管理，但五世班禅只接受了3个宗（县）的管辖权。