克什米尔的这次变故很快威胁到西藏拉达克。1834年7月，古拉伯·辛格企图向西藏扩张，命其森巴军约5千名侵入拉达克领地。次年（1835年）4月，拉达克军被击溃，森巴军队开进了拉达克首府列城。拉达克王被迫每年向森巴支付2万卢比贡金，并交付战争赔款5万卢比。1835年10月，森巴军又两次血腥镇压了拉达克人的反抗，并废除原拉达克王，立首席大臣俄珠丹津(Ngorub Stanzin)为王，强索战争赔款所欠1万3千卢比，修筑列城要塞，留驻300多名森巴士兵。但是，拉达克人反抗森巴入侵者的斗争始终没有停止，直到1839年初，森巴军再次镇压了拉达克人的反抗，才逐渐巩固了在拉达克的统治。
    森巴查谟大君古拉伯·辛格乘锡克王国崩溃控制了克什米尔，1840年又出兵侵占了拉达克西北的巴尔提斯坦（Baltistan，又称小西藏），至此，森巴控制了克什米尔、拉达克和巴尔提斯坦等地。此后森巴将侵略矛头指向中国西藏及新疆的叶尔羌，1841年4月，森巴分兵三路侵入西藏西部。西路兵进入西藏的则布龙（杂仁宗，今札达县西部）、达巴噶尔（今札达县南部），东至噶大克（今噶尔雅沙）。中路兵沿今拉楚河而上，直逼阿里地方长官噶本驻地噶大克。森巴主帅俄拉瓦·辛格率3000人的军队，攻占茹妥（今西藏日土）后转向噶大克。三路军队于噶大克会合，又从今拉昂措和玛旁雍措两湖之间南下，向西藏西部重镇塔克拉噶（即补人宗，今普兰）进攻。
    清朝驻藏大臣孟保得到噶大克噶本（营官）关于森巴入侵西藏的报告，但此时西藏阿里杂仁、补仁、茹妥、达坝噶尔、堆噶尔本5处均已失陷。森巴军队要求西藏赔付银两，才能撤军，遭西藏方面拒绝。当时因鸦片战争之故，清朝政府无兵派往西藏，驻藏大臣派了噶伦才丹多吉和代本比喜率藏军1300人，前往阿里反攻。清朝政府特命驻藏大臣将存于武器库房的劈山大炮交给藏军使用，“以资攻剿”。随后，噶厦又抽派前后藏民兵500人，前往增援。道光二十二年（1842年）冬，阿里降大雪，藏军利用森巴人不耐冷、大雪封山、供给困难等有利条件，同入侵者进行了决战，森巴人大败。藏军“杀毙森巴头目四十余人，贼匪一千五百余名，投降者八百三十余名”。（注：《西藏奏疏》卷1，第53页下。）并乘胜追击至拉达克，阿里失地全部收复。
    同年（1842年）4月，不甘失败的克什米尔古拉伯·辛格又派出5000名援军，锡克王国也派几千援军增援拉达克。经过一番激战，藏军溃败。噶伦索康、代本比喜等被俘，大部分藏军被杀。（注：《拉达克王统记》（藏文本），西藏人民出版社1987年版，第88页。）9月17日（藏历八月二十三日），以噶伦索康、代本比喜为首，与森巴代表于列城举行谈判，最后签订了停战协议。双方各自承诺：(1)双方停战，永远保持友好关系，各自承认双方旧有的边界，不用武力改变这条边界。(2)双方按以前的办法进行贸易（即西藏羊毛、盐等商品全部通过拉达克转卖），彼此为对方官员贸易者提供免费运输及食宿。(3)克什米尔一方“将不会阻止从拉达克往拉萨的贡使”等。
    此协议因未得清朝政府的批准，故无法律实效。实际上，该协议并没有能够解决森巴侵占西藏之拉达克的问题，中国西藏地方政府最终未能将森巴赶出中国西藏的拉达克，仅满足于拉达克“年贡”照旧所规定的虚名。虽然清政府曾多次指示驻藏大臣孟保和西藏地方政府反击森巴入侵，但是孟保的奏报没有使清朝作出有重大转折的决策。孟保对藏军孤军深入受挫及双方换文的具体内容并不十分清楚（或是有意歪曲），他奏称森巴与西藏的停战协议，是多格拉、克什米尔“同具悔罪、永远不敢滋事切实甘结”。（注：《西藏奏疏》卷1，第54页上。）
    至19世纪中叶，英国占领了印度大部分地区，进而加紧吞并克什米尔。1845年底至1846年，英国对锡克王国发动战争，克什米尔森巴统治者背叛了锡克王国，锡克战败，英国奖励了森巴统治者之此举。克什米尔实际上沦为英国的殖民地。英国考虑到森巴统治者有可能再次向中国西藏西部发动进攻，以垄断西藏羊毛专利，有损于英国的经济利益，为此，英国在1846年3月16日与森巴首领古拉伯·辛格签订了《阿姆利则条约》，其中规定森巴“在没有得到英国允许之前，不得随意变更它的边界线”；并明确提出要组织划界委员会，划定森巴东部与西藏的边界线等。这就是英国所谓要与清朝政府划定拉达克与西藏边界的起因。
    同年（1846年）8月，英印总督哈定(A.Hardinge)向清政府提出划定拉达克和西藏边界及修改1842年森巴与西藏停战协议中有关全部商品通过拉达克转卖的条文要求。清朝两广总督耆英指出：西藏与克什米尔“既有相沿界址可循，自应各守旧疆，无庸再行勘定”。（注：道光二十六年（1846年）十二月二十日，“耆英等奏英使德庇时请于西藏定界通商业经正言拒绝折，”见《筹办夷务始末》（道光朝）卷77；《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》第948页。）驻藏大臣琦善接到转呈来的哈定信件后，代噶大克营官拟了一封给库鲁部长的回信，以早已与森巴定约为由，拒绝了英国提议修改1842年全部商品经由拉达克转卖的条款。清廷对耆英、琦善的处理均表同意。
    但至1847年8月7日和次年1月5日，耆英两接哈定来文，声称该国已派委员到克什米尔边界查勘，请中国委员立即前往等。在这种情况下，清廷谕令驻藏大臣斌良、穆腾额和已升任四川总督的琦善，“商派委员，前往访查。如该夷实有夷目来至后藏，即眼同确查加治弥耳向与西藏通商旧界，详慎办理”。（注：《筹办夷务始末》卷78，第3123页。）英国不等清朝政府的答复和所派划界代表，即于1846年夏组织了划界委员会，划定和绘制了拉合尔、司丕提与森巴古拉伯·辛格领地之间的边界线。1847年，英国又组织划界委员会，他们仅在从司丕提到班公湖这一段西藏与拉达克边界上确定了若干点。这次英国的划界，不仅没有中国朝廷方面的代表，就是森巴古拉伯·辛格所遣克什米尔代表亦采取不合作的态度。实际上划界工作无法正常进行，英国单方面所划定的这条边界是非法的、无效的。
    英国蚕食了中国西藏的临国和友邦后，一直蓄意侵略中国西藏领土。1888年和1904年，英军公然两次发动侵略西藏的战争。当时，清朝已无力派遣军队进藏征战，西藏军民与侵略军进行了殊死的战斗，最终英国人凭借洋枪、洋炮攻占拉萨。十三世达赖喇嘛出逃，噶厦地方政府被迫与英国侵略者签定了《拉萨条约》。随后英军撤走拉萨，劫去了西藏的大量珍贵文物。《拉萨条约》签订时，清政府电示驻藏大臣有泰没有签字，另派唐绍仪为中方全权代表赴印度与英方商谈修改《拉萨条约》。1906年4月27日，中英关于西藏的第二次条约在北京签订，并将《拉萨条约》作为该约的附约。据此清政府于1908年1月27日付清了赔偿英国的兵费二百五十万卢比（合中国银一百二十万两），英军不得不提前22年从其所占领的西藏春丕谷撤走。
    此后，清朝派张荫棠入藏“查办藏事”；赵尔丰在西康推行“改土归流”。光绪三十四年（1908年）底，清政府对西藏又采取了两项重要措施：一是任命赵尔丰为驻藏大臣，兼川、滇边务大臣；二是命令知府钟颖统率川军2000人自成都经康定、昌都向拉萨挺进，这是清朝对西藏的第六次用兵。关于这段历史，研究的著述很多，此不赘述。