阿尔布巴之乱平定，待局势基本稳定后，留兵2000驻藏，其余奉命内撤。关于事后驻兵西藏事宜，雍正帝曾征求陕西总督岳钟琪等人的意见：“今兵既未能全数到藏，驻藏之兵当作如何数？驻藏统领之人只得迈禄、周瑛耳。”（注：张羽新：《清朝治藏典章研究》，中国藏学出版社2002年12月版，第1057页，见《雍正朝汉文朱批奏折汇编》第十三册。）雍正六年（1728年）八月十二日，岳钟琪遵旨恭奏：“惟查驻藏官兵数目，臣遵旨酌拟，似应留兵三千名”。又说：“臣复查藏地数年以来收成稍歉，若驻兵太多，其所需口粮食物购买颇难……凡通谆（准）噶尔之各处要隘，颇罗鼐已派遣阿里等处番兵悉力守御。臣愚以为留兵二千，川陕各居其半，可以资弹压。”（注：张羽新：《清朝治藏典章研究》，中国藏学出版社2002年12月版，第1057页，见《雍正朝汉文朱批奏折汇编》第十三册。）雍正帝基本上采纳了岳氏建议，同意“若多驻兵丁，未免粮谷不敷。”于是谕王大臣等：“著将川陕兵丁各留一千名驻藏，共成二千之数。”（注：《清世宗实录》卷72。）
    此后，又令驻藏大臣僧格、马喇二人统领驻藏官兵，2000名兵丁分驻前后藏。雍正九年（1733年），因驻藏官兵供应浩繁，决定留兵500，其余内撤。从此清军在西藏常驻官兵500，3年轮换，形成惯例。
    （三）乾隆时期用兵驻兵形成定制
    清政府自雍正时期加强对西藏的驻兵，使西藏“数年来安静无事”。乾隆十四年（1749年），为减少开支，将驻藏官兵大部分内撤，仅留百余名护卫驻藏大臣。这时珠尔默特那木札勒（颇罗鼐次子，1747年清朝封卿袭为郡王并执政）反叛的迹象日渐暴露，对此，四川总督策楞不无忧虑的疏奏：现西藏“爪牙不过百名，不特当有事之际实不足资其调遣，即平常无事之时亦恐无以重体统而联声势。”因此“设兵驻防有益于藏地之事为大。”（注：《清高宗实录》卷356。）此后，朝廷不断接到珠氏横行无度的奏报，乾隆深感不安，令军机大臣传谕驻藏大臣拉布敦：“令其于抵藏时，就现在情形，与傅清公同悉心详酌。”（注：《清高宗实录》卷356。）
    此时，珠尔默特那木札勒的野心膨胀。他“耗费地方资财”，杀死其兄车布登全家，公开与达赖喇嘛为敌，无视驻藏大臣的权威。他甚至勾结准噶尔部，请求罢撤驻藏清军，阻绝交通，欲杀尽清朝驻藏官兵。1750年，驻藏大臣拉布敦、傅清先发制人，将其诱杀，但两位驻藏大臣也以身殉职，西藏地方陷入混乱之中。
    清朝立即派遣四川总督策楞率军入藏平乱。此时，七世达赖喇嘛尽力保护驻藏官员家属，很快控制住了西藏的局势。清廷遂下令停止川军入藏，只派策楞赴藏办理善后事宜。清朝鉴于珠氏之乱，废除了郡王制，授权达赖喇嘛“亲政”，管理西藏地方政府；组建噶厦地方政府，设噶伦四人，三俗一僧，共同协商办理日常事务，遇有重大政务必须请示达赖喇嘛和驻藏大臣；噶伦由达赖喇嘛和驻藏大臣举荐，呈报清朝正式任命。此次对西藏行政体制的重大调整，一改以往的政教分离方式，而实行了政教合一的制度。这一做法更符合当时西藏社会的特点，这种制度一直延续到了清朝灭亡。
    1751年初，云南提督冶大雄奏请，“藏内仍照前安设重兵驻防”，“三年一换”。同年4月，四川总督策楞等亦奏：“藏内仍须驻兵五百，其沿途台站亦应照数安设妥协。现将所带进藏官兵内，照数挑选驻藏……兵一千名。”（注：《清高宗实录》卷387。）清朝鉴于西藏之乱的严重教训，采纳此奏，恢复藏内仍驻兵500的旧制，另派兵千名驻守四川至西藏沿途所设军台、粮站。同时批准了策楞等拟定的《西藏善后章程》，该章程提高和巩固了达赖喇嘛的地位和职权，强调了驻藏大臣与达赖喇嘛地位平等。关于驻防军队事项规定：增设管理西藏地方军队的代本一名，加强防御。藏军的调遣，防御卡隘，“均应遵旨，听候达赖喇嘛并驻藏大臣印信文书遵行”。
    此后，驻藏清军发挥了重要作用，对西藏一个长时期的稳定作出了贡献。但到18世纪末，西藏又陷入廓尔喀（清史作“巴勒布”）两次入侵的混乱局面，清朝再次大规模派遣部队入藏征剿。
    乾隆五十四年（1789年），在廓尔喀第一次侵藏后，乾隆帝即派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉等率军入藏。清军抵藏后，廓尔喀向我求和，巴忠等人违反乾隆帝意旨，擅自议和，许给廓尔喀每年元宝三百个（合银九千六百两），作为“地租”赔偿，廓尔喀退兵。鄂辉等人谎奏“业经全行收复，边界廓清”。但在条奏善后事宜中建议：“前藏向驻绿营官兵五百十员名……其札什伦布地方，亦应酌拨绿营官兵分驻。”并从察木多、江卡（今芒康）、硕板多（今边坝）、前藏等“四处共抽拨兵一百五十名”移驻后藏。同时后藏至前藏一路“应分立塘汛十二处”，每塘挑选番兵四五名，由噶伦办给口粮，均令驻防后藏都司“随时稽查管束。”（注：《清高宗实录》卷1333。）军机大臣等遵旨议复此事时，认为扎什伦布地处重要战略位置，“自应因时制宜，量移官兵驻扎。”（注：乾隆五十四年（1789年）六月二十七日，《和珅等遵旨议复藏地善后事宜十九条折》，见《一史馆藏宫中朱批奏折》。）最终乾隆帝批准抽调150名官兵驻防后藏。
    乾隆五十五年（1791年），廓尔喀以向西藏索要议和所许赔款为借口，再次侵入西藏，占领聂拉木、济咙、定日等地，长驱直入，攻陷日喀则，大肆抢掠扎什伦布寺后退回至聂拉木。乾隆帝得奏后，首先对怯懦无能、胆小怕事的驻藏官员进行严惩。将保泰革职，巴忠则畏罪自杀。受命率兵入藏的鄂辉、成德，也因“坐失机会，其错谬甚大”，将鄂辉革去总督职，赏给副都统衔；将成德革去将军职，赏给副都统衔。清朝严办了媚敌的萨迦寺喇嘛、预言不可敌的扎寺仔仲喇嘛、携资逃跑的仲巴呼图克图，以及勾敌入寇的沙玛尔活佛等罪人。但却称赞八世达赖喇嘛“毅然决断，甚有识见”。（注：《清高宗实录》卷1387。）
    乾隆五十六年（1792年）初，清朝任命嘉勇公福康安为大将军，海兰察、奎林为参赞，率领清军入藏。在西藏人民的支持下，福康安率领清军迅速收复失地，逼近廓尔喀首府阳布（今加德满都）时，廓尔喀统治者不得不投降，并把从扎什伦布寺掠去的财物归还西藏。清军旋即而归，廓尔喀派人至北京认罪。清朝两次派军入藏，驱逐廓尔喀的入侵，保卫了西藏，巩固了边防，增强了汉藏等各族人民的爱国主义精神。