清政府为了加强西藏地方管理、巩固胜利、稳定政局，参照惯例，决定在前后藏边防要隘、交通枢纽、重要城镇，以及川边至拉萨的台站，均派兵驻防，总计兵力1300余名。（注：《卫藏通志》卷12；《钦定廓尔喀纪略》卷47。）此外，清政府又对藏事作了重大整顿。乾隆帝批准了由福康安、和琳、惠琳等奉旨酌筹的《藏内善后章程》，即清政府于1793年颁发的著名的《新订章程二十九条》，又称为《藏内善后章程二十九条》。章程对西藏地方的政治、经济、军事、法制和外事等方面均作了明确规定。其中，章程规定整编藏军，设藏兵3000名，驻扎前藏1000名、后藏1000名、定日500名、江孜500名。对藏军的各级军官（代本、如本、甲本等）、藏军薪俸、饷银、操防、军器、马匹等，以及清朝派驻前后藏及各地的官兵额数、驻防等方面章程也作了具体的规定。整编后的藏军作为清中央政府领导下的一支地方军队，在以后维护地方安定和抗击外敌侵略的斗争中发挥了积极作用。章程规定驻藏大臣每年五、六月轮流一人，到后藏巡边，“操阅番兵”；检查和维护边界；在重要的边防要隘设立定额驻军，分防巡守。
    上述举措，作为历史定制，直至清末。它对于巩固和加强清朝统一、维护对西藏的主权、巩固国防、促进西藏社会的稳定和发展都发挥了重要作用。
    二、嘉庆后驻藏清军的状况与近代清朝用兵西藏的势弱
    （一）嘉庆后驻藏官兵的饷银及换防问题
    随着乾隆年间在西藏重新布署驻防清军、颁布和执行章程以及藏军的整编，清朝用兵西藏的能量达到极至，驻兵西藏形成制度化和法律化。从嘉庆朝开始，问题又开始出现，集中表现于维持驻藏官兵的基本待遇、保证他们安心戍边、按班更换的问题。
    饷银的拨放即是一个事关军心的问题。嘉庆等各个皇帝不得不重视对这个问题的妥善解决。驻藏官兵的饷银向“由川省拨解”，但因“路途遥远，雨雪难行，偶尔迟误”。（注：《清仁宗实录》卷91。）嘉庆五、六年（1800年和1801年），川省没有将饷银解送西藏，驻藏大臣英善、福宁只好向达赖喇嘛和班禅喇嘛分别借银一万四千两和六千两应急。嘉庆帝得知此事后，降旨“川省督藩等办理不善，实难辞咎。”并谕：“如果逾期不到，驻藏大臣等即当上紧咨催。倘再催而不应，即应据实参奏。”（注：《清仁宗实录》卷91。）一旦饷银到藏，“俱即如数拨还”所借达赖、班禅银两。
    此后，川省督藩不敢过多怠慢，基本上保证了驻藏官兵饷银的按时拨解。但到光绪二年（1876年），驻藏大臣松溎又就驻藏官兵“请按年预拨饷项一折”上奏。光绪帝认为此事“均关紧要”，“著文格即将本年应解之饷迅速解齐，并将光绪三年额饷银六万两，于年前全数解藏。嗣后即作为定章，按年递推，预为筹办，毋误要需。”（注：光绪二年（1876年）润五月乙亥：《清德宗实录》卷33。）驻藏清军饷项于同治十一年（1872年）奏定每年拨银六万两应用，光绪八年（1882年）丁宝祯奏应从是年（1882年）起改为三年拨银十三万两，减拨近三分之一的费用。此奏遭到了驻藏大臣色楞额等人的反对，他上奏慎重边防，请饬四川仍照定章拨饷一折。光绪帝饬令：“西藏饷需关系紧要，色楞额所奏各节自系实在情形，著丁宝祯督饬藩司，每年仍行筹解银六万两，以应要需。”（注：光绪八年（1882年）三月己亥：《清德宗实录》卷144。）
    到宣统年间，驻藏绿营官兵的饷项似有增加，宣统三年（1911年）三月，据驻藏大臣联豫奏称：“驻藏绿营官弁制兵共计尚存一千余名，现拟一律裁撤。”“此项制兵从前系由川省委派粮员，经理饷项，每年通计领饷银九万三千两。”（注：宣统三年（1911年）三月丙午：《宣统政纪》卷50。）
    清朝西藏驻兵，规定3年一换为既定制度，但是从嘉庆以后，执行不力，出现了延误和不能按时按班更换的情况。最严重的一次是自嘉庆元年（1796年）直到嘉庆十年（1805年）的9年间，“因内地军务未竣，未能按班更换”。（注：《清仁宗实录》卷147。）当时考虑到派驻西藏的官兵必须有个熟悉藏情的过程，老兵比较熟悉藏情，但新兵“尽属生手，殊非慎重边防之道。”因此驻藏大臣策拔克等奏请驻藏班满官兵酌拟分起间年“二次更换。”嘉庆帝恩准此奏，决定初次官兵于嘉庆十一年（1806年）五月起程，其余一半间隔一年至十三年（1808年）五月起程进行换防，此又拖延了班满半数官兵的离藏，但却保证了新老官兵的交接和传带，有利于新兵尽快“熟悉夷情”与“练习营制。”
    上述体制之弊端，在于“留防过多，更换日少”，而且“例准雇役番妇代司缝纫樵汲”，难免出现感情纠葛。道光二十四年（1844年）七月，驻藏大臣琦善等曾奏称：绿营兵丁“奸生之子，在营食粮者，现已十居二三。”（注：《清宣宗实录》卷407。）清统治者深感此事关系重大，“恐在营弁兵，渐成唐古特族类”，“自当渐次裁革”，决定“嗣后遇换防之期，即行照例更换，少准留防。”（注：《清宣宗实录》卷407。）从此，按班按时换防才趋于正常。
    （二）鸦片战争后清政府渐失对藩属喜马拉雅诸山国的保护
    1840年鸦片战争爆发后，中国开始沦为半殖民地半封建社会。清朝从“康乾盛事”逐步衰败。清朝对西藏的统治亦趋于逐渐弱化。英帝国主义乘机向我西藏边界诸国加紧侵略，清朝则采取“不闻不问”、“少管闲事”的态度，藏边诸国渐对清朝表现离心和疏远。
    首先是尼泊尔的变化。早在19世纪初，英国东印度公司以不平等的《塞哥里条约》，侵占了廓尔喀南部平原地区。虽然廓尔喀国内反英斗争不断，廓尔喀军队也向英军展开反击，但均被英东印度公司出兵击败和镇压，廓尔喀君臣被迫屈服。廓尔喀曾多次向清朝政府求援，但腐朽的晚清政府却采取了“不干涉”外藩的政策，致使英国势力进而侵入到其他喜马拉雅诸山国。
    1844年至1846年（道光二十四至二十六年），廓尔喀国内统治集团内部发生了激烈的政变。奸臣忠格·巴哈杜尔受英国人的唆使诱杀了小王后的宠臣加甘·辛哈(Gagan Simha)。小王后下令追查凶手，忠格·巴哈杜尔于王宫中秘密布置军队，对首相及所有反对派进行了血腥屠杀（即“科特”大屠杀）。小王后被迫任命忠格·巴哈杜尔为首相兼总司令。不久，忠格·巴哈杜尔又驱逐小王后至贝拿勒斯，王后的儿子、国王也随之而去。1847年初，巴哈杜尔在英国唆使下，宣布废黜国王，立皇储苏伦德拉为王。是年，新王苏伦德拉按例遣使至清朝朝贡，但这不过是维持一种名义上与清朝的藩属关系，实际上被英国所控制，沦为其附庸。