首先是人事上的变化带来学会思想和观念上的变化。第一任总干事约翰·戴维斯是一位出生在日本的基督徒，是基督教青年会的领袖，他具有很强的太平洋视野，试图把太平洋国际学会打造成连接东西方的立足于太平洋地区的组织。研究干事康德利夫也主张关注长远问题，特别是作为太平洋地区国家间政治冲突之根源的经济问题。1931年，戴维斯离职，由查尔斯·卢米斯代理总干事一职。在1933年加拿大班夫会议上，爱德华·卡特成为总干事。卡特毕业于哈佛大学，曾在印度担任印度基督教青年会全国委员会的干事，一战期间在法国从事慈善和救济工作，参加了1925年的大会，会后一直担任美国理事会干事。卡特认为学会过去的视野过于狭窄，从地方和技术的角度看待太平洋问题，没有看到太平洋问题实际上是世界问题，观察太平洋问题应该有世界的视角。同时，卡特认为，即使是最尖锐的国际问题也可以通过私人的讨论获益，学会不应该回避讨论当前紧迫的政治问题，而应该更加积极地参与到太平洋问题的讨论和解决中去。研究干事康德利夫因不满卡特以当前政治问题为研究重点的做法于1933年辞职，由与卡特思想更为接近的新西兰人威廉·霍兰(William L.Holland)接任。卡特还推荐欧文·拉铁摩尔(Owen Lattimore)担任《太平洋事务》的主编，拉铁摩尔与卡特思想接近，主张关注热点问题，明确表达学会的政治立场，上任后逐渐把《太平洋事务》从一个回避当前政治问题、刊登各国理事会提交文章的学会机关刊物变成一个崇尚自由表达的独立的刊物，积极参与亚洲热点国际问题的讨论，发表关于亚洲有争议问题的文章。卡特是一位克里斯马型的人物，与各国领导人交往密切，同时具有极强的筹资能力，担任总干事一直到1946年。这些都使卡特成为20世纪30-40年代学会的核心人物，学会工作也打上了其强烈的个人色彩。
    其次是学会总部搬迁带来的影响。1934年，学会的总部从檀香山迁到纽约。这一地理上的变化也对学会的指导思想造成潜移默化的长期影响。夏威夷是东西方文化汇聚之地，远离政治中枢，其多元文化和多种族汇聚与共处的特性使其非常适合用来培育太平洋共同体意识。戴维斯曾这样评价夏威夷的特点：
    夏威夷是太平洋地区种族关系形势的缩影，一个世纪以来，在夏威夷的不同种族一直在学习如何互尊和互谅地生活在一起，如果这一目标能够在局部地区实现，那为什么不能在更大舞台上实现呢?另外，夏威夷位于美洲和亚洲之间，对造成东西方之间紧张的分隔线非常敏感，对缓解这种紧张和探索实现永久性国际调整的可能性怀有特殊的兴趣。(51)
    而纽约则没有夏威夷的特性，它更多地受到大西洋视野的影响，并处在美国外交政策精英的影响之下。实际上，学会从建立之初就存在来自西海岸成员的文化、经济取向与纽约成员的政治取向之间的分歧。(52)卡特的任命和总部搬迁到纽约无疑标志着纽约的政治取向占据了上风。
    第三是太平洋地区国际形势的变化。九·一八事变后，日本对中国的侵略使华盛顿会议建立起来的太平洋国际秩序遭到极大的挑战，也使建立太平洋共同体的观念受到了质疑。1937年中日战争全面爆发后，日本更是公然提出不承认华盛顿会议确定的国际关系原则，提出建立与美国观念截然对立的东亚秩序。在这种形势下，学会早期以关注长期问题和培育共同体意识为目标的自由国际主义理想逐渐显得天真和幼稚，而在危机与战争的年代提供关于远东的知识和就热点问题提供直接的政策建议则显得尤为必要而迫切。
    这些变化逐渐改变学会的面貌和工作重心，并在1936年约塞米蒂会议后逐渐显现出来。
    一是学会开始具有强烈的立场倾向和政治主张。虽然学会仍然是一个研究问题和进行讨论的平台，但卡特把学会改造成具有政策主张的团体，在事实分析和政策鼓吹之间打擦边球。卡特作为一位左翼人士，从经济视角看待国际关系问题，其本人带有强烈的反殖民主义立场，同情大众和殖民地人民。而学会的机关刊物《太平洋事务》在拉铁摩尔领导下也表现出强烈的左翼色彩，批评日本的亚洲政策和对中国的侵略，刊登不少讨论中国共产主义运动和同情中共的文章。这使《太平洋事务》成为广为人知的、极有影响力的刊物，但同时也引起广泛的争议，甚至是指责。1934年，持左翼立场并同情共产主义的弗雷德里克·菲尔德(Frederick V.Field)担任美国理事会的干事(1934-1940)，太平洋理事会和美国理事会在纽约同一所建筑里办公，卡特和菲尔德进行了很好的合作。这些都增强了学会的左翼色彩。
    二是学会的非官方色彩在淡化。在卡特的支持下，苏联、荷兰和法国成立了太平洋国际学会的分会，并参加了1936年的约塞米蒂会议。由于苏联和法国理事会的经费都来源于国家，代表国家的立场，它们的加入使学会的非政府色彩受到质疑。美国理事会也寻求邀请美国国务院官员和在太平洋地区的美国外交官加入学会，其中包括美国驻日大使约瑟夫·格鲁(Joseph C.Grew)和前远东司司长和驻华公使、当时的驻土耳其大使马慕瑞(John V.A.MacMurray)。
    三是研究旨趣的改变。学会的研究重点和国际会议主题不再是太平洋地区的一般性问题，而是热点问题，研究的目的不再是促进相互理解和协商，而是提供明确的政策纲领和规划。这一改变集中体现在中日战争全面爆发后学会发起的探究中日战争根源的研究计划“调查系列”(Inquiry Series)。该项目从洛克菲勒基金会获得一笔赞助，由学会国际秘书处组织，在学会内单独管理，研究内容从中日战争根源扩大到战争对西方利益的影响和战后安排问题。该研究计划在提出之时就遭到日本理事会的反对，日本理事会怀疑国际秘书处的中立性，担心研究结果会对日本不利，因为卡特、霍兰和拉铁摩尔等多次谴责日本侵略中国。“调查系列”出版了28种学术著作，(53)其中很多著作批评日本的政策，遭到日本政府的抗议。日本理事会于1939年宣布退出太平洋国际学会。从1939年起，学会国际会议的主题也变成当时太平洋地区的热点问题，包括：远东冲突(1939)、战时和战后盟国在太平洋和远东地区的合作(1942)、太平洋地区的安全(1945)。三次会议圆桌讨论的问题则包括：日本和中国的立场、远东冲突中的第三方以及远东地区调整的可能性(1939)；“联合国家”在太平洋的合作，政治、军事、经济、社会和人口问题(1942)；日本的未来、太平洋各国的经济复兴与进步、文化与种族关系、附属地的前途、集体安全(1945)。(54)
    卡特把学会从一个以夏威夷为中心的旨在培育共同体意识的非政府组织改造成一个关于亚太事务的国际研究机构和以影响政策为目标的准思想库(quasi-think tank)。各国政府也都非常重视学会的讨论以及本国理事会的工作，试图对其施加影响。但总的说来，在太平洋战争爆发前，学会国际秘书处的议程独立于任何一个国家，包括美国。学会的使命不是为任何一国的国家利益和政策进行辩护，而是通过研究工作和召开会议来对亚太地区有争议的问题进行讨论。