国家(民族)主义的胜利：太平洋战争期间学会的活动与贡献
    太平洋战争爆发后，学会宣布放弃一贯的中立立场，明确表示与盟国站在一起，赞同和支持大西洋宪章的原则，并认为这些原则应该应用到战后太平洋秩序的重建，美国理事会和太平洋理事会积极投入到盟国的事业中去。当时的美国理事会主席威尔伯在珍珠港事件后发表了声明，声明称：
    理事会的官员和职员……相信战争形势不仅没有使学会的目标失去价值，相反使学会的研究计划和对重要问题的讨论变得更加重要和关键，这些研究和讨论活动实际上是民主国家战争努力不可缺少的一部分。美国人民目前迫切的工作是从事反对日本和其他轴心国家军事帝国主义的战争，轴心国的失败是在远东和其他地区进行任何和平调整的条件。太平洋国际学会的传统不允许在这一问题上“中立”，相反，完全无视其他国家人民权利的军事侵略与太平洋国际学会一直主张的一切都截然对立。为了支持这一目标，美国理事会保证投入其所有资源。……最终，当轴心国……被击败的时候，就可能有机会在太平洋建立一个真正的新秩序。
    威尔伯还指出，“学会多年来进行的致力于创造(关于远东的)知识和培养对远东有广泛了解的人才的努力将使学会有可能在这一紧急形势下做出独特的贡献”。(55)太平洋理事会和美国理事会联合在华盛顿设立办公室，以便加强与美国政府和其他盟国政府代表的联系。
    学会拥有的关于亚太地区的专业知识无论对打赢战争还是重建和规划战后亚太秩序都非常重要。为学会提供资金支持的洛克菲勒基金会在1942年年底的报告中称，“当前的事态再一次凸显了太平洋国际学会的价值”，太平洋国际学会是能够提供“关于太平洋问题的信息和全面分析”的唯一“称职的机构”。(56)虽然学会仍然组织会议以及开展有关东南亚和战后国际秩序的常规研究并出版著作，但是毫无疑问，与战争相关的工作成为学会的中心工作。当时美国社会，特别是军方对亚洲和太平洋地区极不了解，迫切需要关于太平洋地区的知识，而学会成为提供这些知识的主要来源。为了满足战时对亚洲知识的需要，学会开始编撰关于亚洲知识和盟国战争目标的通俗小册子。以美国理事会为主，其他国家理事会参与，学会从1942到1945年共出版了27种小册子，每年印刷50万册，以成本价出售给军事部门和感兴趣的公众。(57)除了编印书籍外，学会的成员还到政府机构、私人组织就远东和战争问题发表演讲，或充当政府机构和私人组织的顾问。美国理事会还与军事部门一道发起军官训练项目以及制作广播节目，与哈佛大学、哥伦比亚大学和加州大学合作主办关于远东问题的夏季研讨班和夏季强化语言课程，培训关于远东问题的专业人员。
    太平洋学会对战争的另一贡献是学会的官员和成员离开学会担任政府部门的职务，主要集中在两个领域：一是战时宣传，二是政策分析和政策制定。研究干事霍兰先是担任战略情报局(Office of Strategic Services)雇员，后又担任战争信息署驻重庆办事处主任。拉铁摩尔卸任《太平洋事务》主编后担任蒋介石的特别顾问，后又担任战争信息署太平洋局的负责人。1942年8月，太平洋国际学会的创始会员、克拉克大学的远东问题专家乔治·布莱克斯利(George Blakeslee)担任战略情报局远东部的主任。美国理事会干事威廉·洛克伍德(William W.Lockwood，Jr.)也加入远东部。战略情报局远东部后来并入国务院，这些成员影响到国务院战时和战后关于日本和远东的政策。卡特虽然没有辞去学会的职务，但是他花大量时间从事与学会工作无关而与战争有关的工作，担任“俄国战时救济基金”(Russian War Relief Fund)的主席，并在世界各地旅行筹集救济资金。
    学会在战争期间的工作得到美国政府的高度赞扬。罗斯福总统的特别助理，负责租借援助的居里(Lauchlin Currie)在1942年写道：“我不知道政府内外还有哪个机构能代替太平洋国际学会所做的工作。”(58)为了表彰学会战时的贡献，美国海军部向美国理事会颁发了“海军功勋证书”(Navy Certificate of Achievement)。
    战时学会召开的两次会议更是表现出了强烈的政策取向。战前的历次会议都不邀请现职官员与会，1942年会议则打破了此规定，不少官员参加了会议。这主要是因为战时有很多了解东亚和太平洋事务的权威人士进入政府；另外，没有政府官员的参与，讨论盟国在太平洋合作等问题也是不现实的。虽然这些官员以个人的身份而非以官方的身份参加讨论，但这不可避免地削弱了学会的非官方色彩，而且与会官员自然会为本国的利益和政策主张辩护。各国理事会也与各国政府建立了密切关系，会前会议日程曾在美国政府内讨论，学会实际上成为战时盟国的政策论坛。在1942年12月的蒙特特里姆布兰特会议上，以美国和中国代表为一方、以英国代表为另一方围绕战后殖民地的处置问题进行了激烈争论，由于中美代表对殖民主义进行了激烈的谴责，主张战后亚洲殖民地独立，引起英国代表团的强烈不满，英国代表团甚至威胁要离会。在1945年弗吉尼亚温泉村会议上，与会代表讨论了敦巴顿橡树园会议制定的联合国宪章的草案，支持集体安全原则和建立联合国，但是在讨论非殖民化问题时又发生了激烈的争论。亚洲和美国的代表支持非殖民化，而欧洲代表则反对，声称亚洲各殖民地缺乏自治的能力，欧洲殖民国家给亚洲带来了文明，对亚洲具有特殊的责任。实际上，在1942和1945年的会议上，会议不再仅仅是一个交流观点的论坛，与会国家理事会的代表很大程度上是在代表本国政府说话，试图捍卫本国的利益和为本国政策进行辩护。学会逐渐丧失了其非官方的特点和培育太平洋共同体的宗旨，国家(民族)主义战胜了(自由)国际主义。
    而以卡特为首的学会国际秘书处持坚定的反殖民主义立场，支持战后亚洲的非殖民化，这与罗斯福政府内众多自由主义者的立场一致。卡特认为中国和印度有世界上最古老的文明，刚刚意识到自己是地区性力量，任何关于战后亚洲的规划都必须有中国和印度的参与而不能由西方来主导。《太平洋事务》杂志经常刊载批评西方在华特权和帝国主义的文章。卡特还有意促使中国和印度建立友好的关系，通过卡特和中国理事会干事刘驭万的牵线搭桥，印度民族主义领袖尼赫鲁于1939年8月访问了重庆，会见了蒋介石，开启了中印之间的交流与合作。1944年学会还资助当时的美国副总统亨利·华莱士撰写小册子，阐述其对战后国际秩序的立场。华莱士在小册子初稿中明确表示欧洲帝国应该解体，亚洲殖民地应该获得独立，建议战后建立一个“自由亚洲”。战争后期，国际秘书处还表现出越来越强烈的左翼立场，学会的官员批评中国国民政府的腐败和消极抗战，对国民党用武力镇压反对派表示明确反对。前长老会传教士、亚洲问题专家、学会国际秘书处成员毕恩来(Thomas A.Bisson)在1943年7月出版的《远东观察》发表一篇题为《中国在同盟战争中的角色》的文章，提出“两个中国”命题(“Two China”thesis)：一个是“民主的中国”，由“所谓的”中国共产党所代表。共产党通过土地改革把农民从地租、税收和高利贷的负担中解放出来，通过民主改革瓦解了封建的、农业的中国古老的专制制度，这是中共能成功地进行战争动员的关键。共产党政策的实质是“应用到农业条件下的资产阶级民主(bourgeois democracy)”，而不是共产主义。另一个是“封建的中国”，即国民党中国。国民党不愿意“挑战封建制度的基本条件”，“没有采取行动改变地主--佃农制度”，“在民主改革以及给予公民广泛的权利方面没有真正的进步”，而这些都成为中国实施全面战争动员的障碍。作者甚至预言，“未来中国的领导权很可能会转移到国民党之外的进步力量手中”。(59)学会的左翼立场和反殖民主义主张成为后来参议员约瑟夫·麦卡锡和参议院国内安全委员会指控学会亲共的“证据”。