公司的最高治理机构是大员议会，基本成员是5名公司的最高级职员，包括台湾长官、副长官、最高阶军官和两名上席商务员。(19) 士兵在公司雇员中阶级最低，薪水只有最高级职员的三十分之一，可是面对汉人居民时则以统治者的姿态出现。例如1646年士兵在赤崁乡下以粗暴的手段检查汉人居民的人头税单，并借机勒索，带走汉人的山羊。官员得知后设法改善，(20) 但是士兵骚扰汉人居民的情况并没有改进。1651年10月10日，几个汉人长老再次到大员议会抱怨此事。(21) 派驻原住民村社的学校教师也时常欺负原住民。1654年一份东印度事务报告中谴责教师的恶劣行径，对于原住民能够忍受这样的虐待而不起而反抗感到吃惊。(22) 虽然荷兰士兵和学校教师在荷兰社会中地位不高，风评不佳，可是因为他们代表统治阶级驻扎在原住民村社中，因此跟台湾原住民通婚的案例很多。
    荷兰东印度公司派驻台湾的员工位阶和薪资上下差异很大。由于公司员工都是殖民地的统治阶层，因此即使公司最下级员工也可以肆意地欺负身居被统治阶层的汉人居民和原住民。
    三、自由市民
    台湾的男性自由市民人数很少，从荷兰文件零星的记载推测，至多只有数十人。荷兰自由市民娶原住民为妻有6个案例，比传教士还多。所谓的“自由市民”（burghers），简称“市民”，是在殖民地中生活，但不是荷兰东印度公司雇员的荷兰人。台湾的自由市民多半是跟公司合约期满后，留在台湾生活的前公司雇员，从事贸易，或者提供服务，例如，1624年有个喇叭手自由人高义肯斯（Meeus Goijkens），计划回到巴达维亚去，高义肯斯同意留下他的奴隶在台，由公司付费，为公司工作一年；(23) 商人瑟基门（Direk Segerman）于1644年5月曾经乘他的舢板到台湾南部贸易；商人费尔玫尔（Nicholas Vermeer），1655年11月派一条戎克船到马六甲交易；(24) 自由人泥水匠西努（Willem Cnoop）于1643年3月10日，跟随公司的上席商务员到新港视察牧师待修的房子。(25) 这几个例子说明台湾的自由市民从事不同职业，拥有奴仆，有权决定留在台湾，或者离开。由于自由市民时常到台湾各地贸易，因此接触到原住民的机会较多，增加了跟原住民妇女的通婚机会。
    自由市民在殖民地的地位很高。大员议会辖下有四个议会，分别掌理婚姻家事、孤寡、教务和法务，由公司官员和自由市民合组，(26) 可见自由市民的地位相当于公司的中高级官员。台湾的自由市民人数很少，却得以参与殖民地政府工作。相较之下，汉人居民在荷据末期超过三万人，负担绝大部分税捐，但是却没有参政权，只有少数汉人“头家”得以为殖民地提供咨询，地位明显低于自由市民。汉人居民是不折不扣的被统治者，将在第七节讨论。
    台湾另外一类自由市民是从小被荷兰人收养教育的台湾原住民孩童，多半是公司讨伐原住民之后带回的孤儿。例如1645年公司到北部的大肚王（Quataongh）讨伐，捉获15个儿童，连同先前在麻里麻仑（Varorolangh）捉获的3个儿童，都被分配到荷兰人家中做童仆。(27) 在荷兰家庭中成长人数最多的是小琉球的孤儿，总共有30多人，接受荷兰文化，成为基督徒，被公司称为“福尔摩莎裔荷兰自由市民”。(28) 这将于第六节讨论。
    总之，荷据台湾的自由市民人数虽然不多，但是在荷兰社会中地位高，可以参与治理殖民地，是荷兰社会中重要的成员。
    四、员工的眷属
    荷据末期荷兰驻台员工眷属人数估计在300人以上，包括1661年5月初，被郑成功围困的热兰遮城内眷属218人。另外一批荷兰人包括30个妇女从北部乘船逃亡，于6月抵达长崎。(29) 员工眷属来自不同的地方，参考1650年-1661年婚姻记录中的171个妇女，以台湾出生的最多，占39.8％（68人），这将于第六节讨论；其他依次为欧洲出生占21％（36人），印度出生占16.4％（28人），和东南亚出生的占14.6％（25人）。(30)
    绝大多数欧洲裔的女性应该是以员工眷属的身份抵台。例如海伦娜（Helena Hambroex）于1659年1月5日跟公司首席助理柏区（J.Burch）结婚，他们的女儿安玛丽亚（Anne-Maria）于1660年2月8日受洗时，揆一女士（Helena Coijets）见证。(31) 从姓氏判断，揆一女士应该是揆一长官的家属，而海伦娜应该是牧师汉布洛克（A.Hambroek,1648年-1661年驻台）的女儿。1661年，汉布洛克牧师及妻儿被郑成功俘虏后，受命到热兰遮城劝降，揆一要他留在城堡中，他住在城堡中两个女儿也苦苦哀求他留下，但是汉布洛克牧师还是返回郑成功处，告知荷兰人拒降，因此被害。据说，汉布洛克另外有一个女儿被郑成功纳入后宫。(32)
    有些长期在台工作的欧洲裔雇员的子女在台湾出生成婚。例如，在台湾服务25年的佩德尔上尉（Thomas Pedel）有三个女儿都是在台湾出生。佩德尔1636年已经在魍港担任队长，1645年升任上尉，(33) 1654年代表军方出任大员议会议员。(34) 1661年4月郑军围困热兰遮城时，佩德尔出城迎战阵亡，《从征实录》中也有记载。(35) 根据婚姻登记簿资料，佩德尔三个出生在大员的女儿萨拉（Sara）、伊莉萨白（Elisabeth）和法兰西娜（Francina），分别在1655年8月12日、1659年11月7日和1660年9月2日在台湾出嫁。前两个女儿的新生儿受洗时，都是长官揆一做见证。第三个女儿的孩子在1661年7月3日受洗时，热兰遮堡已经被郑成功军队围困了两个多月，佩德尔上尉已经阵亡，揆一没有出席见证。见证人是佩督的儿子威廉（Willem）和女儿萨拉。(36) 威廉华语流利（可能是闽南语），在热兰遮城被郑军围困后，于1661年5月3日随同两位荷兰谈判代表去面见郑成功，担任翻译工作。(37) 威廉可能也是出生在台湾。