荷兰人积极向原住民传教，大员附近的新港、萧垄、麻豆、目加溜、大目降和大武垄等西拉雅族原住民，是荷兰人传教的重点地区。1636年-1638年，荷兰人陆续在这些村社开办学校，教导男女童基督教义，1643年培养了50名原住民教师，驻扎该六村社。(54) 为了强行传播基督教，1641年12月，荷兰东印度公司在牧师的请求下将大员附近原住民村社的女祭司放逐至诸罗山地区。(55) 1652年荷兰人才同意被放逐的女祭司回到原村社，原先被放逐的250名女祭司中，只有48名活着回去。(56) 1643年台湾宗教议会报告阿姆斯特丹教区，传教成果丰硕，尤罗伯牧师（R.Junius）已经为6个村落的5400人洗礼。(57)
    1627年8月，甘治士牧师（G.Candidius）抵台传教，经过一段时间的探索后，就发现未婚牧师能够娶台湾原住民为妻更好。1629年2月1日，甘治士致函巴达维亚总督，要求回国，建议总督指派一位有能力的牧师接替，“要终身住在这里，并与新港妇女结婚”。(58) 驻巴达维亚的荷兰统治当局也广泛支持跟原住民通婚，于1629年指示大员评议会：“如果公司雇员愿意跟新港或者其他原住民结婚，不要反对，让他们结婚，希望这样上帝会给我们越来越多的祝福”。(59) 其原因是荷兰人观察到在葡萄牙统治时期安汶出生的欧洲人混血儿对欧洲殖民当局忠诚，可以增进公司的安全保障。(60)
    在台荷兰人男多女少，殖民地当局又鼓励荷兰人跟原住民通婚，台湾原住民改信基督教的人数相当多，成为基督徒的原住民女性应该是荷兰人就近的婚配对象。可是荷据后期11年之间，嫁给荷兰人的原住民女性只有60人次。除了小琉球人的27人次（45％）居首，是特殊案例之外，大员附近西拉雅六村社居次，共19人次。(61) 西拉雅六村社是荷兰人的重点传教地区，在荷据末期跟荷兰人通婚案例平均一年不到两起，而且目加溜湾社连一个婚配的案例都没有，说明两个事实：第一，两个族群间存在着相当大的隔阂，通婚只是极为少数的例外；第二，荷兰人报告的传教成果可能过分夸大。
    小琉球是一个很特别的族群，在荷据台湾结束以后，就从历史中消失。原因是1636年荷兰人大举进攻小琉球，将岛民自小琉球岛迁出，男性岛民被送到巴达维亚做苦工，女性岛民被分配居住到新港村。此外，还前后两次将38个小琉球孩童分配到荷兰人家庭中做仆人，以荷兰方式养育，被荷兰人接受为“优秀的国民”。(62) 小琉球妇女除外，约三分之二的台湾原住民妇女婚配对象是低阶的士兵或教师（33人次中的21人次）。小琉球妇女婚配对象的职位较高，大约三分之二职位比士兵或教师为高。原住民妇女婚配对象中职位最高的可能是南区政务官欧拉留斯（J.Olarios），他的妻子是小琉球人。(63) 可见这些小琉球妇女融入荷兰社会的程度最高。
    台湾原住民男性在婚姻登录簿登记的三个案例中，都是小琉球人。其中一个是公司士兵克罗克（P.Klock），于1661年跟新港少女丽投（M.Littouw）结婚，两人都是配偶去世后再婚。另外两个案例都是公司士兵法其奥（Vagiauw），他于1658年2月17日，跟印度（克罗曼德尔）人凯瑟琳娜（Catharina）结婚，丧妻后，于1661年1月30日娶来自孟加拉湾的安妮卡（Annica）为妻。(64) 法其奥在1636年荷兰人大举进攻小琉球时是个青年，被捕后很快学会了新港语，于1636年9月随荷兰军队到小琉球协助围捕余下的岛民。(65) 可能由于法其奥学习能力强，得以被公司雇用为士兵，融入荷兰社会。
    根据高登（Milton Gordon）提出的族群融合的观点，同化包含了七个层面：文化的、心理的（认同）、社会的（结构）、态度的（没有偏见）、行为的（没有歧视）、公民的（没有价值和权力的冲突）和生物的（通婚），其中通婚最难达到，是“同化的最后阶段”。根据这个观点，这群在荷兰家庭生长的小琉球人是跟荷兰人同化程度最高的台湾原住民。(66)
    台湾原住民跟荷兰人通婚后被接受为荷兰社会成员毕竟是极少数。大部分原住民，即使成为基督徒，仍然是被统治者，只能留在原村社中，(67) 遵守荷兰人立下的重重限制。欧洲人的种族歧视在15世纪西、葡向欧洲以外扩张时就开始形成。当时有欧洲学者根据柏拉图的人性优劣论和天然奴隶论，证明美洲原住民是天生的劣等人，优等的西班牙人享有天然的“宗主权”和“征服权”，有义务去征服印第安人。(68) 其他西欧国家，包括荷兰，为了掠夺世界各地的资源，也乐于沿用种族歧视的论述，以合理化对原住民的压榨行为。
    七、汉人居民
    汉人居民对大员商馆很重要，荷据末期人数估计超过三万人，仅次于原住民。(69) 荷兰人无论在农渔业、转口贸易、市镇建设和驻台荷兰人的衣食住行等，都需要依赖汉人。荷兰人非常了解汉人对大员商馆的重要性。例如，台湾长官普特曼斯于1629年9月15日写信给阿姆斯特丹商会（chamber），建议“从爪哇、巴厘岛等地送20到30个女奴隶到台湾，卖给中国人”，以吸引汉人移居大员。(70) 随着汉人移民增加，台湾开垦收到成效，荷兰人陆续强征各种税捐，如人头税、渔捞税、稻米十一税、屠宰税等项目。这些内地诸税在17世纪40年代逐渐增加，到1650年达到接近40万盾的高峰，其后虽然下降，依然维持在20万～30万盾的水平，对殖民地当局是一个比贸易稳定的收入，到了1655年甚至超过贸易收入，成为殖民地政府非常重要的财源。(71) 可以说没有汉人居民的协助，荷兰人不可能成功地将台湾建设成为一个获利的贸易基地。