与上述中国学者的论述相比，日本方面多数学者的研究重在叙述关东军参谋、司令部、陆军中央、日本政府与内阁在事变发生前后的活动。如作战参谋石原莞尔与高级参谋板垣征四郎的周密计划和构想；日本政府对军队的行动开始不同意，“甚至连陆军指导层的激进分子也没有同意占领满洲的方案”，但最终又不得不无奈地承认当地军队的行动；政府并不积极支持“在满洲建立独立国家”的石原等人的设想，却尝试“以直接交涉来解决事变”，但是和平努力因受到日本国内强硬派的阻挠而毫无成效。而关于卢沟桥事变，日本的一些学者(57)以大量的资料分析卢沟桥事变前后中日两国军队的驻地情况与两国政府问的动向，证明卢沟桥事变的突发性，即进行所谓“第一枪”的研究，从而将事变归结为“偶然”的失误，进而证明日中战争的发生是偶然的；即使在事变发生后，陆军内部也存在“不扩大派”和“扩大派”的对立，开始采取“不扩大”方针的近卫文麿内阁最终还是同意陆军省要求派遣3个师团的提议，所以“政府和舆论都有责任”，包括一边倒的媒体的论调等，都是助长日军趋向于侵略华北的综合因素。
    从上述双方对两起事件的描述中可以看出：日本方面的研究确实对两次事件中日本方面的决策过程有相当详尽的描写，使人们了解了其中的曲折性与复杂性。对于历史研究来说，这样的工作是必要的。从对这些事件进行具体的研究，的确可以看出其发生有一定的偶然性。但是，也不能不指出：只有将这些表面看来似乎孤立、偶然的事件联系起来，才能够解释中日战争之所以不断扩大的内在逻辑性，才能对问题的性质有所把握，从而总结出有益的经验与教训。(58)如果不把明治维新后日本军国主义的形成及发动的扩张战争放在一定历史背景下加以分析，如果不研究各个行动间的前因后果的逻辑关系，无视事件的必然性与必然的因果关系，而是强调各行动之间的非连续性、偶发性、外因性，甚至美化歌颂其中的一部分行动，确实是一种很危险的“无构造的历史观”。(59)
    当然，论述历史过程中诸事件的连续性、必然性的时候，引用资料的真实可靠与全面完整是基本的前提。一些中国学者在论证日本侵华的计划性与一贯性的时候，往往以“田中奏折”作为论据。但是，被作为文件提出的当时，“田中奏折”确实因在行文格式及所涉事件的叙述方面有较多漏洞，存在许多不明之处，对其真实性的问题一直存在争论。这种争论一直到战后，日本学术界(包括各派)基本不认可“田中奏折”的存在；从实证研究的角度，有的中国学者也对其存在或真实性表示了怀疑。(60)在“田中奏折”作为文件的真实性尚存在争议的情况下，简单地以该文件作为日本侵华政策一贯性的证据显然是不妥当的。学者应当关注的是：在那之后东亚发生的事态及日本的行动确与“田中奏折”中的表述一致。所以，重光葵才不能不承认：“之后发生的东亚的事态，以及与之相伴的日本的行动，恰似以田中奏折(原文为“田中备忘录”)为教科书推行的，因此，也就难以拭去外国对此文书的疑惑”。(61)其实，就“田中奏折”的真伪进行讨论纯属学术问题，但如果“否定田中奏折意在否定田中外交的侵略性，想利用田中奏折伪造说，给田中义一带上免罪符”，才是根本错误的。(62)
    第二，实证研究和如何处理实证研究的结果。
    历史学研究按照认识层次的不同，一般可以分为实证性研究、抽象性(理论性)研究和价值性研究。对具体的历史问题进行实证性研究，本来是历史学研究中十分必要而且属于基础性的工作，是理论和价值判断的根基。所谓“论从史出”的历史学研究的基本原则就是从这一意义上说的，任何一位历史学者都不能违背。轻视实证研究，将其完全被动地置于理论或价值判断的从属地位，就会使研究的结论成为无源之水、无本之木，陷入唯心主义的泥潭。不过，实证研究并不能取代对历史过程的整体性进行理论性分析和价值性判断，后者虽然属于理论和思想史研究的范畴，但对于全面完整的历史研究来说是必不可少的，历史学的科学属性正是体现在这些层面的研究成果上面。实证性研究、抽象性(理论性)研究和价值性研究的关系，从理论上比较容易说明，但在具体问题的处理上则时常令人困惑。
    在中日历史问题研究中经常遇到如何客观地对待历史资料中数字的精确性问题。在这里，我们以围绕南京大屠杀中中国遇难同胞数量问题在学术层面的争议为例展开分析。
    关于南京大屠杀中中国遇难同胞的数量，在战后的东京审判与南京审判中都有涉及，因为迄今为止关于该惨案被害人数的最基础的数量来源，是日本军队战争犯罪的重要证据。
    东京审判的判决书(1946年1月19日)确认：
    后来的估计显示，在日军占领后的最初六个星期内，南京城内和附近地区被屠杀的平民和俘虏的总数超过20万。这一估计并不夸大其词，而是可以通过埋尸团体和其他组织提供的证据加以证实的。(63)
    南京审判的判决书(1947年3月10日)确认：
    (中华民国)二十六年十二月十二日至同月二十一日，亦即在谷寿夫部队驻京之期间内，计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关草鞋峡等处，我被俘军民被日军用机枪集体射杀并焚尸灭迹者，有单耀亭等十九万余人。此外，零星屠杀、其尸体经慈善机构收埋者十五万余具。被害总数达三十万人以上。(64)
    众所周知的事实是：大屠杀事件发生的当时，南京的状况是后代的人们极难想象的空前动荡的战争状态，东京与南京审判所做出的关于受害人数的数量判断，尽管精确度只达万位，但已经是尽力搜集了种种资料与证据、记录的结果，为后代的人们提供了了解南京大屠杀的基本事实。当然，从理论上讲，追求更精确数字的实证性研究是必要的，如果具备相应的实证研究的时间与条件，对上述数字进行实证研究也有必要，深入的学术研究即使在今天也具有一定的意义。但也不能不承认：在上述审判的当时，就已经不可能对发生在十多年前的实况进行复原了，而在这一状况至今仍无大的改变的情况下，质疑白纸黑字写在上述判决书中的受难者的数字不仅没有任何意义，而且会导致历史认识的混乱。