姚从吾在给朱家骅的信中，几次陈述他不愿过多从事党务和团务工作的理由。这些理由，既有关个人的学术兴趣，又牵涉民国时期教授的形象问题，从中可以瞥见当时学术与政治的复杂关系。就个人方面而言，姚从吾作为一个史家，目睹中日战争这一重大历史事件的展开，感到有责任为后代提供一份记录。他说，如果一旦能脱离团务的工作，“将专心研究辽、宋、金、元史，收辑中日战争史料，一以求明瞭祖国已往战胜外患之故，一以谋依前所呈计划书，将所收史料，分区汇成长编，以供国史之采择”。而在教授的形象方面，姚从吾也深知如果一名教授，对于政治过于热心，不但影响自己的学术进步，也会损害自己的学术声誉。而一旦教授没有了学术声誉，也就无法有效地帮国民党建立威信，赢得同事与学生的尊敬，在学校开展团务和党务的工作。姚从吾回忆道，在他担任北大史学系主任的时候，“夹在适之先生与孟真兄之间，一喜兼容博通，一则冲动易怒；动辄得咎，无所适从”。而他出任联大青年团主任以后，“孟真、莘田（罗常培--引者）实时有责言；不曰务外废学，即曰不安本分。生不愿轻赴重庆，此实主因”。换言之，姚虽然对朱家骅说，“长者之召，理应即行”，但考虑自己的声誉，他还是希图与政治保持一定的距离。更重要的是，姚从吾指出，如此做法，不但有助于自己的前途，而且有助提高国民党的声誉。他的解释很有意思：
    西南联大环境特殊，人多言杂；斥结党为营私，讥入党为猎官。不肖者顺口倡之，贤者有心无心和之，敌视吾党者，从而利用之；同志怯于矫正，青年无所适从。吹毛求疵，不识大体；貌为恭顺，无从纠罚；阿誉领袖，谤毁全党。生廿八年任青年团筹备主任之时，即宣言，事若有成，则两年后辞职；不成，则离校另就他业。幸能践言，得免毁谤。卅年冬就任区党部书记，亦宣言：“授课之外，虚心办党，不赴重庆，不作官吏。期以三年，冀其有成。”（注：朱家骅档案，宗号95，册号1。）
    由此可见，在抗战时期中国的最高学府--西南联大，学术独立的气氛十分浓厚。许多教授都希望保持一种超然独立的姿态，即使像姚从吾这样有三十多年党龄的党员，也不想轻易毁坏自己学者的“清誉”，以求“洁身自勖”，不想“兼任他职，行不顾言，则理短自不直”。（注：朱家骅档案，宗号95，册号1。有关联大独立自由的气氛，参见谢泳：《西南联大与中国现代知识分子》。）据吴晗的回忆，在闻一多和其他民盟成员表现左倾的时候，冯友兰等人就揶揄道：“听说民盟是共产党的尾巴，”引起旁人的发笑。（注：据说闻一多坦然回答道：“我们就当共产党的尾巴”。见闻黎明：《闻一多传》，第377页；王康：《闻一多传》，第322页。其实，闻一多的回答，显然有点意气用事，他本人在加入民盟以前，也曾犹豫过，吴晗与之长谈，闻的清华老同学潘光旦、罗隆基也做了工作，他本人经过一周闭门思考后才决定，而民盟还不算是严格的政党。见史靖、王康：《闻一多的道路》，重庆：生活书店，1947年，第107页。日本投降以后，闻一多还和其他教授共同发出宣言，其中写道：“任何一个单独的党派，现在或今后都不能包办中国的政治。只有主张抗日与民主的各党各派和无党无派的人民力量，共同组织一个民主的联合政府，才能领导人民走向抗日的胜利和战后的建设。”可见他还是希望能超越党派之争。见闻黎明：《闻一多传》，第245、313页。）可见当时教授虽然关心政治，但他们的主要立场和倾向，是想超然于党派之上的。
    就当时的情形而言，所谓想独立于党派之外，主要是独立于国民党之外，因为它是执政党。而对姚从吾等希望在校园提高国民党威望的教授来说，既要保持自己学者的名义，又要开展国民党党务，就必须运用学术的手段，即所谓“寓宣扬主义于研究”。具体说来，他们的办法有以下几种：一是办学术刊物，联络教授、助教的感情；二是举办学术讲演，既讨论学术问题，又涉及时事，以求统一看法；三是在学生中举办演讲、论文竞赛，由此来提高政府的威望；四是在有名望的教授中发展党员，壮大国民党的力量。归根结底，办这些事都需要政府财政上的支持。换言之，所谓“寓宣扬主义于研究”，并不那么清高、纯粹，而是在背后掺杂着实际的经济上的好处。在学术刊物上发表论著的人士，当然可以获得稿费，而被邀参加演讲的教授，也可以获得讲演费。这些实惠，对于在战时和战后生活艰难的教授来说，不无小补，因此还是有一定的吸引力的。1943年初，姚从吾给朱家骅写信，仅仅为了办刊物和办讲演的事情（如补助编辑人员、印刷费用、稿费、讲演费、组织旅行等），就向朱要了近两万元。（注：《姚从吾给朱家骅的长信》，1943年2月20日，朱家骅档案，宗号95，册号1。）以后随着通货膨胀的加剧，补助、吸引教授参加这些活动的经费也大幅增长。到了1945年，讲演费等各种补助费从原来的几百元涨到了数千元，活动经费的总额也高达几十万元。（注：《姚从吾1945年给朱家骅的信》，朱家骅档案，宗号356，册号2。）
    陈雪屏、姚从吾掌握学术刊物《当代评论》，他们也邀请非党员的教授参与编辑。此外，他们还与罗常培、郑天挺、杨振声等人一起，将联大教授写作的学术论文，编辑油印出版，发给稿酬。这些出版物只印行一百份，让作者赠送他人。看来藉此给予作者经济上的补助是其主要目的。至于学术讲演会，名目颇多，有“国际情势与建国讲演会”、“国史讲演会”、“战后建设问题讲演会”、“文史学讲演会”等，而且这些活动还不局限在人文和社会科学学科，在工学院也进行类似的学术讲演活动。举办讲演活动，对于姚从吾、陈雪屏来说，有一箭双雕的作用，既给予讲演的教授以经济上的实惠，又通过讲演之后的聚餐，增进与他们的感情，而且讲演稿经过整理，在《当代评论》等刊物上发表，或者单独出版印行，作者可再获稿酬。因此，对于参加讲演的教授来说可谓名利双收。（注：朱家骅档案，宗号95，册号1。）
    据姚从吾的观察，在开展这些活动以前，联大教授“大抵学有专长，各有独见，均欲与政府及党国中枢要人、私人发生关系。以言党务，则均事规避。故党务工作，推行实难。再四思维，惟有联合三五学德素孚之教授，本吾党牺牲小我、建设国家及延揽人材之主旨，在联大环境内，选择所可允许者，相机进行，期减少误会，有补学术，增加同情，便利党务”。以上所列举的事项，都是他与人商量之后作出的决定，虽然没能全部实行，但由于朱家骅在经费上的大力支持，大部分活动得以顺利开展。当然，作为联大国民党的主要领导，姚从吾本人也得到经济上的援助。他一度生病，朱家骅闻讯后，立即“赐助调养费”，使姚十分感动，誓言要“作一奉行总理、总裁主义之忠实党员，期以答先生近年来之厚爱”。