因此，司马迁主持制订《太初历》成功，随即履行司马谈遗训，着手撰写通观古今历史的著作，就立即招来君主代言人的指斥，说他竟敢自比作《春秋》的孔子。那时董仲舒一派经学家，不仅把《春秋》说成孔子接受天启为汉朝预制的一部“宪法”，还成功地垄断了它的解释权。这里不拟重述在汉景帝时代刚出现文本的《春秋公羊传》，只过了十多年，到汉武帝初期，便成了“儒术独尊”化为国策之后最为重要的“五经”之首。欲知其详，不妨参看周予同先生的《经今古文学》、《纬谶中的孔圣与他的门徒》诸著，或者拨冗一阅《经学史：儒术独尊的转折过程》等拙文。
    这里只说一点，即以董仲舒一派的《春秋》解释，高踞汉廷认可的意识形态化的经义核心地位以后，有关历史的写作，特别是涉及当朝人事或制度的历史陈述，就变得十分危险。因为据所谓公羊学者的说法，一部简单到有时每年除时间记录外仅有一字的古老编年史，字里行间竟隐藏了那么复杂的“微言大义”，怎能不引起君主和他们的大臣，对于新出的历史著作说古述今，是否别有用心，感到狐疑呢？于是汉武帝首先抽查司马迁记述他和其父在位大事记，“大怒，削而投之”；于是汉武帝借李陵案将司马迁下狱，施以腐刑后任命他为宦官头目以示侮辱；于是司马迁终因坚持忍辱写作《史记》，而不明不白地从人间消失，这一连串的悲惨遭遇，便不难理解。
    还在司马迁因著史而受皇帝亲信大臣指责，说他竟敢在太平盛世效仿孔子著《春秋》为后王制宪，那时他就表白，自己绝无希踪“素王”的野心：“余所谓述故事，整齐其世传，非所谓作也，而君比之于《春秋》，谬矣！”但对于已被董仲舒、公孙弘之流公羊学者“以经术缘饰吏治”的策略，迷倒或者有意迷倒的汉武帝及其子孙，怎会相信这位史学家的真诚？因而直到百年以后，帝国御前会议仍然判定迁史暴露了刘邦及其布衣将相造反成功的秘密，而拒绝一名藩王抄录《史记》副本的请求。因而同样造反起家的东汉王朝，直到崩溃前夕，短暂当政的王允，仍然声称汉武帝不杀司马迁而留下“谤书”，必须引为历史鉴戒。这也不难理解。
    难以理解的是《汉书》作者班彪、班固父子。他们的陈述西汉和新朝兴亡史的著作，分明是《史记》关于西汉前期五朝史的续作，却斥责司马迁诽谤刘邦及其子孙。但由《汉书》的《艺文志》，抄袭刘歆的《七略》，仍将司马迁的“太史公书”，与《楚汉春秋》一起列为儒家经典《春秋》的附庸，便可知时至公元一世纪初，学者仍然经史不分，把述史看作解经，就是说论史等于论政。当然从此以后，写历史必须将有利还是不利政治现状，放在著述的出发点和归宿的地位。因此，从东汉到满清，不是《史记》，而是《汉书》，便被列朝统治者认作正史的楷模。
    不消说，班固仍列迁史为《春秋》的附庸，也起了反作用。首先他本人续作《汉书》，便被指控“私改国史”，从此近现代史的编纂，便直接由宫廷监控。其次导致列朝当局越发夸大史学的社会功能，例如东汉末权相王允总结的“历史教训”，直到明清二朝为胜朝修史，还被君主奉作圭臬。
    全部中世纪史表明，没有一个王朝能够遏阻权力导致的体制腐败取向，没有任何一名圣君贤相能够真正箝制民意，第三即使在思想文化领域擅长运用软刀子杀头策略的专制者，也没有一人真正实现李斯向秦始皇所献的“安宁之术”，达到“天下无异议”。
    于是，在东汉帝国通过“东观修史”，厉行控制“国史”编纂以后，接踵出现的却是三国史记载的兴旺。西晋末统治集团内部的“八王之乱”，直接导致了民族大迁徙和南北诸王朝的长期分立，在史学领域引发的效应，便是官方史学互斗，私人史著繁荣。单是记载西晋一统到东晋南迁的史著，到唐初还剩十八家之多。
    正因为史学脱离了经学的控制，附庸已蔚为大国，因此两晋王朝清理宫廷藏书，不得不面对现状，将《史记》《汉书》以来的各类历史著作，从经部分出，归为一部，并迫于数量巨大，将它从丙部晋升为乙部。
    北宋的理学先驱程颐，曾想直接干预司马光《资治通鉴》对唐太宗的“评价”，要求给予“篡名”，并且要求从忠臣不事二主的角度否定魏征。他的干预没有成功，或许这是朱熹最终将司马光排斥出北宋道学宗师系统之外的一个理由。
    然而司马光不肯屈从程颐关于唐太宗、魏征的“评价”，终究表明自从史部独立以后，没有任何正统学者，可以强迫史学回到完全是经学的奴才地位，不待说这并不表明自命道学而憎恶史学的正统论者愿意放弃努力。
    朱熹便是显例。他自拟大纲，指使门徒摘抄司马光书内可资明道的段落，编成《资治通鉴纲目》。他晚年索性反对门徒读史，表明他沉湎于孔孟之道宗教化，已使他认定史学只能充当以道学教义淑世的一种手段，“存天理，灭人欲”的一种鉴戒，至于历史本身是怎么回事，毫不重要，重要的是它的应用必须服从价值取向的左右。因而他以论代史，提倡纲举目张，便隔代相传，特别在清初成为君主通过扭曲历史以辩护现状的一大法门。
    清修《明史》是世称廿四史的最后一种，却从清顺治二年（1645）设馆编纂，到清乾隆四年（1739）才正式刊行，凡历四帝九十六年，时间之长，没有别的正史可比。但陈守实先生早有考证，其实康熙中叶这部史稿便由万斯同改成，以后全稿被王鸿绪窃取，又稽迟数十年始得面世。事实是清楚的，背后的曲折更值得深究。关键便在于权力对胜朝史编纂的监控越来越烈。《明史》编修真正的开端，是康熙十八年（1679）诏征“博学鸿儒”。这一特科，修明史乃借口，满洲征服者的真实意向在于牢笼汉族文化精英，将大批学者关进史局，所谓既食周粟，便作不成夷、齐，当然也不再可能再在民间散布思明敌清的言论。不过接着轮到统治者担忧，唯恐暴露满洲在晚明悖德逆伦、从在明朝边疆闹独立而乘明廷之危以攘夺宗主天下的历史真相，于是便出现康熙帝屡次警告监修大臣必须慎重处理明末最后三朝的历史，也导致投机成性的王鸿绪乘康熙中叶宫廷内哄而向君主隐瞒《明史稿》已成的事实，敢于在康熙末才向朝廷报送已被他窃改的部分书稿，敢于到雍正朝颁布《大义觉迷录》后奏呈剩余史稿。