具体而言，就是郑玄遍注群经，既有古文，又有今文，还有纬书，成为汉代经学的集大成者，号称“郑学”。他平生著述百余万字，其中《毛诗笺》、《三礼注》被完整保存入《十三经注疏》，影响最大。在学术史上郑玄还有重要一笔，就是他和何休关于《春秋》三传的辩论。
    何休是汉代公羊学最后一位大师，《后汉书·儒林列传》说他“作《春秋公羊解诂》，覃思不窥门，十有七年”，“与其师博士羊弼，追述李育意以难二传，作《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《谷梁废疾》”。这是何休有憾于李育与贾逵论争而未能占上风，面对《左氏》更为勃兴《公羊》退无可据的局面，于是有以攻为守负隅顽抗之举。对此郑玄奋起反击，作《发墨守》、《起废疾》、《箴膏肓》以反驳之。何休见到郑玄驳论，颇为不平：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”这也从侧面说明郑玄的经注是混糅今古文家法，强为混合，以“整百家之不齐”。虽然郑玄的训释取得很大成就，为后人解经奠定了基础，但受时风影响，他也用谶纬之说附会经文，有不少迂怪之谈，故何休于此不能不有所感叹。
    何休与郑玄的论争之文，后代逐渐散佚，仅在清人辑佚书中散见数条。今试举一例：《春秋》襄十二年“作三军”，这是指鲁国季氏立三军而三分公室。何休《左氏膏肓》说：“《左氏》说云尊公室。休以为与舍中军义同，于义《左氏》为短。”这次事件当然是卑公室，其建立中军与以后昭公五年“舍中军”即废除中军意义相同，都是鲁国三桓的削弱公室之举。但何休所说不确，《左氏》行文并无“尊公室”之意，所以郑玄在《箴膏盲》中反驳说：“《左氏传》云‘作三军，三分公室各有其一’。谓三家始专兵甲，卑公室。云《左氏》说云尊公室，失《左氏》意远矣。”郑玄以事实澄清了何休之诬。
    参加这场争论的，还有另一位著名古文大师服虔。服虔字子慎，他最著名的著作是《春秋左氏传解谊》三十一卷。郑玄遍注群经而不注《春秋》，据说与服虔有关。《世说新语·文学》载：
    郑玄欲注《春秋传》，尚未成。时行与服子慎遇宿客舍。先未相识，服在外车上与人说己注传意，玄听之良久，多与己同。玄就车与语曰：“吾久欲注，尚未了。听君向言，多与吾同，今当尽以所注与吾。”遂为《服氏注》。
    服虔《解谊》目前仅有辑本，佚文主要来自唐朝孔颖达《春秋左传正义》所引。从中可以看出，服虔比较重视对史事名物的解释训诂，比如注重对古代礼制的解释，多取郑玄《三礼注》而用之；比如注重对文字的训诂和字句的疏通，这都为后代的《左传》研究开启了正确的方向。服虔还作有《春秋左氏膏肓释疴》十卷、《春秋汉议驳》二卷等，都是针对何休的论辩性著作。
    这最后一轮围绕《左传》的大论争，结果“古学遂明”，“自是《左氏》大兴”[7]（《叙录》）。不但确立了《左氏》在“三传”中后来居上的主流地位，而且基本结束了绵延200余年的经今古文学之争。王国维先生说到汉魏之际，“今文学日微，而民间古文之学乃月兴日盛”，“汉家四百年学官今文之统，已为古文家取而代之矣”。[8]（《汉魏博士考》）到了魏晋，《左传》“遂行于世”，公羊、谷梁“但试读文，而不能通其义”，“殆无师说”。[9]（《经籍志一》）
    综合以上考察，我们似乎可得出以下几点基本认识：
    一是任何学术流派都不能脱离时代思潮而独立行世。在汉代大一统的政治格局下，作为整体的士阶层已难于再坚持“守道而不从势”的立场，必然造就出大量的“仰禄之士”为王朝提供意识形态服务。在这种背景下，以阴阳五行为特色的官方经学大为盛行，而经学的官僚化、政治化又必然导致其僵化、烦琐、陈腐的弊端，伏下盛极而衰的种因。
    二是后出的古文学派因其扎根于民间而具有天然活力。但它们为求得官方承认以冀获得优遇，不惜俯就政治，一方面在思想路线上向官方经学靠拢，如竭力从《左传》中探求圣人的“微言大义”，甚至以谶纬献媚当朝；一方面与经今文学派展开功名利禄的正统之争。至于古文典籍中所蕴含的传统文化和道德精神，并未引起汉代学者的更多注意而予以开发。
    三是汉代经今古文学只有相对的区分。后人往往以清代学术上推比附，如钱穆先生批评所说：“谓当时今古壁垒，若何森严，彼此界划，判若鸿沟，寻其渊源，为之部署，将以辨孔学之真相，决是非之定谳，则亦徒劳之事也。”[10]（第四章）实际上汉代今古两家，只是表面上水火不容，更多的却是互相渗透，界限并不明显。《谷梁》属今文还是古文，历来说不清楚；《左传》解经，亦用《公羊》之义。正由于此，才最终形成兼通诸家的郑玄之学。