章太炎此时针对谭嗣同的批评更多，这一点在以往的研究中是未被看出或不曾说出的。前面说过章氏1897年春在上海从宋恕那里读到了《仁学》手稿，从而刺激他在当年连续写出《变法箴言》、《平等论》、《后圣》等文，对谭嗣同的批判荀子、鼓吹平等及弘扬佛教等作了批驳。谭氏视荀子为冒名孔学、维护等级差别和专制制度的罪魁；章太炎却说：“自仲尼而后孰为后圣？……惟荀卿足以称是。非侈其传经也，其微言通鬼神，彰明于人事，键牵六经，谟及后世”。为了批驳谭嗣同称荀子“尊君统”的看法，章太炎举出荀子的《正论》，证明荀子也是将“以桀、纣有天下，汤、武篡而夺之”的迂腐之见称为“伛巫跛匡之智”的。针对谭嗣同批评荀子的“法后王”，章太炎称赞荀子“有循于旧名，有作于新名”，因而“迥乎三统”的循环论和崇古观。并且说荀子还有“其他《王制》之法，《富》、《强》之论，《议兵》之略，得其枝叶，犹足以比成、康”。最后针锋相对地指出，正是因为自宋儒以来排斥荀子，才使“仲尼之志，自是不得见”，其结论为“同乎荀卿者与孔子同，异乎荀卿者与孔子异”[4]（p37-38）。意思是说孔、荀无别，而排荀者即非真孔学。
    章太炎当时认为改革救亡最急迫、最可行的着手之处是开民智，“民主”、“议院”之类固然是未来所必行，“然则学堂未建，不可以设议院；议院未设，不可以立民主”；如果“行未三十里而责其百里”，就会造成“域内抢攘，流血漂卤，……糜烂其国土，荼毒其史民”，甚至“外以便殊族，民之无辜，并其臣仆矣，欲大同得乎”[4]（p21-22）？由于谭嗣同和章太炎都认为“平等之说，起于佛氏”，而后者认为“政平而无威则不行，然则平等非拨乱之要”，尤其是因为讲平等而“欲去君臣，绝父子，齐男女，是其于佛说也，可谓仪豪而失墙”[4]（p25），故对前者的以佛教证平等大不以为然。章氏还强调，变法维新事业正需要人有“锐气和股肱之勤”，如果像魏晋人一样尚“清畜”，或像明季的“以谈禅为荣”，“假贷于浮屠以为宠灵”，“而循其谈禅之轨，则士气愈委靡，民志愈涣散，求再亡三亡而不可得，而暇变法乎哉”？所以他为“有志之士又稍稍娱乐于禅学”而慨叹“殆夫殆夫”[4]（p19、18）！
    章太炎对荀子的评价可属创见。认为民主、议院、平等“非所急”或“非拨乱之要”，既是出于救亡高于一切的认识，也反映出他的思想滞后和谭氏的思想超前。至于他此时对习佛的责难，用心固然无可非议，结论却未必妥当，原因是他在此前并不懂佛学。所以当他把自己对谭氏的意见告诉宋恕时，宋恕只含蓄地问他“君读佛典否”？数年后章氏本人也读起佛经，并利用佛教鼓吹革命了。
    章太炎此时论学议政的理论张本在传统文化，故自称“余所持论不出《通典》、《通考》、《资治通鉴》诸书，归宿则在孙卿、韩非”[11]（p38）。同时并不反对西学，说“志果忧天下，宜醮顇竭思，斟酌西法，则而行之”[4]（p18）。但他在融贯中西时反对把自然科学与社会科学混为一谈，“时新学初兴，为政论者辄以算术、物理与政事并为一谈。余每立异，谓技与政非一术，卓如辈本未涉此，而好援其术语以附政论，余以为科举新样耳”[11]（p38）。他在这里只点了梁启超之名而未提谭嗣同，实际上谭氏著述中的事例更多。通观章氏著述，可知戊戌政变之前他对谭氏颇多驳议商榷，但谭氏就义之后，章氏就绝口不言了。谭嗣同毕竟是值得敬佩的英杰之士。
    再略谈他们在非学术领域、具体说就是在学会组织和学会活动中如何处置人际关系上的歧异。
    前已提到，梁启超组织学会本来目的就是学与政兼，故强调组织学会希望皇帝批准，同时更盼望“达官”、贵人及“官局”的“入会”、“捐输”和全面支持。所以梁氏组织的学会中不仅“华贵之士”众多，而且流品不一，浮华者、虚伪者、投机者不一而足。而且康、梁派系的形成，实始于聚徒讲学的万木草堂，所以梁启超办上海强学会，以及上海强学会解散后、由《时务报》社继续发挥类似于上海强学会的作用时，康门师弟，仍然改变不了这种“同门”相亲的旧惯，尤其是胡乱吹捧其师康有为，“或言康有为字长素，自谓长于素王。其弟子或称超回、轶赐，狂悖滋甚”。章太炎不仅因学派与其不同，更鉴于康氏门徒的狂妄自大，“不得不大声疾呼，直攻其妄”，以至“康党衔次骨矣”，因此章氏“虽未遭奚诟，亦不远于辕固之遇黄生”。“三月十三日，康党至，攘臂大哄”，几乎要对章太炎及其同乡同道麦仲华动武，章、麦不得不离开《时务报》馆避回杭州[11]（p14-15）。随后《时务报》馆中又有汪康年与梁启超的矛盾，虽有谭嗣同居间充当“调人”亦未有效果。
    章太炎认为“大独必群”，意即最富独立思考者必能与群体相合，故在1896年冬加入上海强学会，翌年1月又不顾师从多年的俞樾先生的“不怿”和同属师辈的谭献的“尝尼其行”，离开杭州诂经精舍卦上海《时务报》馆，这表明旧式的书院和师生关系，多少已成为妨碍具有新思想的读书人自由驰骋及结成新式群体的阻碍，所以章氏对于办好学会寄以很大希望。但当他还在《时务报》馆与康氏门徒公开冲突之前，在如何组织学会上即与梁启超有两点异趣：一是学会不能如梁氏所言要依赖政府和达官的批准与支持，“政府不能任，而士民任之”。士民“奔走展转，搜徒索偶，以立学会”，而政府“使比于宾萌，上说下教”。意思是学会应主要依靠士民，并与政府保持相对的独立性。二是反对在学会中定一尊，他说“中国之儒，孰敢继素王？三老五更，则无世而无其人。……老更既立，贤哲蔚荟，条肄布散，鬯衍神恉”[4]（p12）。这显然是反对学会中独尊康有为之学，强调团结和发挥更多德高望重的硕学鸿儒的作用。
    但无论是康、梁门徒还是章太炎等人，地域之见、门派之见、意气用事等等尚一时难免。故谭献得知“章生枚叔与同事哄而去”时，称为“此我所预料”，又说“乱离瘼矣，士人不图树立，无端为门户之争，竭心力而成战国世界，冷眼一笑，热心尤当一笑”[4]（p15）。应该说这是一个“热心”的睿智老者对学会初生时不如人意现象的预见和中肯批评。而章氏离沪回杭创办兴浙会的时候，在治学和组会的宗旨上也有意纠正梁、谭等人的偏失，如强调“有教无类”，“不可终守钥”；“经世之学，曰法后王”，“至荀子则入圣域，固仲尼后一人。持衡诸子，舍兰陵其谁”；“平日宜各抒所见，……互相论难。会时抗辩忿争，亦无不可”；“拟设会长二人，会董二人，皆以平等相待”等等[6]（p16-18），除了坚持肯定荀学之外，可说其余想法均体现了学术平等、自由争论的思想主张。