2、史料极其不充分，以致无法有效地证明其相关论点
    在论证明清时期长江三角洲商品化的过程中，黄宗智先生指出：“棉桑栽培推动了粮食作物的进一步商品化。”他首先对明代情况进行了如下论证：
    明清以前，苏州府和常州府是余粮地区。长江三角洲长期是京城漕粮的首要来源。如同明中叶还流行的民谣所言：“苏常熟，天下足。”然而，植桑的增长和植棉的大幅度扩展使这一地区变为缺粮地区，以致不得不从其他地区输入粮食。到明末叶，原先民谣中的苏常让位于“湖广熟，天下足”了。(18)
    在此处，黄宗智先生认为：“苏常熟，天下足”这句民谣流行于明中叶，到明末叶“湖广熟，天下足”流行起来；民谣内容的这种转变说明到明末时，苏常地区由原先的余粮地区变为了缺粮地区，而缺粮的原因则是由于桑、棉的种植面积扩大。首先，“苏常熟，天下足”这句民谣的本意是指苏州和常州的粮食生产对国家具有非常重要的财政意义，南宋诗人陆游在嘉泰四年（1204年）的《常州犇牛闸记》记载说：“予谓：方朝廷在故都时，实仰东南财赋，而吴中又为东南根柢，语曰：‘苏常熟，天下足。’”(19) 至于“湖广熟，天下足”这句话，嘉靖时期郑若曾就已熟晓，而且也是从湖广地区对国家财政的意义层面上来讲这句话的：
    间考舆图，湖广最称巨省，延袤绵亘，沃野千里，产殖丰饶，谚曰：“湖广熟，天下足。”按赋役志，湖广布政司夏税米麦一十三万一千四百石四斗七合二勺零……秋粮米豆芝麻二百三万六千一百二石一斗六升四合九勺零。(20)
    其次，据万历初年《太仓考》记载，苏州每年要兑运太仓正粮65.5万石，改兑太仓正粮4.2万石，常州兑运正粮17.5万石，总计苏、常运往太仓正粮共87.2万石；相比之下，湖广兑运太仓正粮则只有25万石，而且其中还有3.77347万石折银。(21) 万历初年张居正当权时期，太仓积粟足够七八年之用。(22) 所以，至少在万历初年，从国家财政的角度看，苏州和常州是不缺粮的。至于苏常地区明中叶以后在社会总需求方面是否缺粮，以及缺粮的原因是否主要是因为种植桑、棉，则需要比黄宗智先生上述引文中的两句民谣更充足和详细的史料依据。
    其他观点如“在城镇近郊，农民全家从事商品性的蔬菜栽培”，(23) 所依据的史料也仅有一条，无法有力支撑其论点。
    3、二手史料问题
    该书有关明清时期的论述、分析大量依据今人研究成果，但很少加以考证，以致该书所引用的说法常常与被引用文献的原文内容不符甚至矛盾。比如，该书指出，华北平原14世纪以来开始广泛种植高粱，因为“1596年李时珍的《本草纲目》注意到这一作物当时广泛地生长在北方。”(24) 这条史料转引自天野元之助1962年版《中国农业史研究》；然而，《本草纲目》原文为：“蜀黍（食物）［释名］蜀秫……高粱。［时珍曰］蜀黍不甚经见，而今北方最多……盖此亦黍稷之类而高大如芦荻者，故俗有诸名。”(25) 是书成于1590年前后，(26) 据此可知，李时珍的话只能证明16世纪北方高粱种植普遍，而非如黄宗智先生所说的14世纪。在同一页中，黄宗智先生指出：“到6世纪，据《齐民要术》记载，两年三熟的轮作制（谷子-冬小麦-高粱-休耕）已很普及”，黄书称这个说法转引自1984年版中国农业遗产研究室编《中国农学史》与许倬云英文版《汉代农业：早期中国农村经济的形成，206B.C.-220A.D.》。(27) 然而，此条明显与他“14世纪以来开始广泛种植高粱”的说法矛盾；况且，许倬云《汉代农业》中文版原文内容如下：“在东汉时期，农民收获完粟谷即种小麦，收获完小麦又种粟谷或者豆菽。这可能是一种两年三熟的做法。”(28) 在其后的脚注中，许倬云注明这种说法来源于《周礼注疏》，之后仅仅写道：“到了《齐民要术》的时代，即公元6世纪时，两年三熟制依据相当成熟了。”(29) 其中并未提及种植高粱之事。
    4、史料的时间或地点与其论点中指陈的时间或地点不符
    该书存在史料的地点与其论点中指陈的地点不符的情况，比如，黄宗智先生指出：“如前所述，明代棉花种植由沿江岗地向东、西两个方向扩展，17世纪时约达耕地面积的50％。”(30) 然而这个“如前所述”是如何叙述的呢？即“17世纪20年代徐光启估计松江府耕地‘几二百万亩’，‘大半植棉，当不止百万亩’。”(31) 黄宗智先生没有给出这条史料的出处，笔者查阅徐光启《农政全书》，内有这样一条史料：“海上官民军灶，垦田几二百万亩，大半种棉，当不止百万亩。”(32) 此处，徐光启只是对“海上”耕地面积和植棉比例进行了估计，并没有谈及松江全府的植棉面积。“海上”能否等同于松江府呢？据万历初年的《万历会计录》记载：“松江府田土官民共伍万壹千叁百贰拾贰顷玖拾亩”，(33) 即五百多万亩，而“海上”耕地面积才二百万亩，因此，“海上”与“松江府”不是同一地域概念；另外，根据引文可以看出，徐光启也没有说过“棉花种植由沿江岗地向东、西两个方向发展”的话。再者，徐光启个人的估计仅为“大半植棉”，并不具有精确的统计意义，黄宗智先生却径直将其修正成为50％。最后，徐光启在17世纪20年代所做的估计无法证明整个17世纪这一地区的棉花种植面积与总耕地面积的比率。再比如，在论证“（明清时期华北）商品化棉花栽培把更多的家庭辅助劳动力带入了生产”时，黄宗智先生指出“棉花的收获季节与收割高粱、谷子、玉米，及播种冬小麦这些重活同时，这就产生了按性别进行劳动分工：摘棉花主要成了妇女的工作。儿童也常被召来，因为他们比成人更易摘取低矮的棉花。”(34) 然而，这一史料来源为1817年《松江府志》。松江府不在华北，用《松江府志》中的材料来论证华北地区的劳动分工情况是不合适的。
    该书存在史料的时间与其论点中指陈的时间不符的情况，比如，该书认为17世纪“妇女和儿童极大地卷入到农业生产”，其史料主要来自黄宗智先生本人1985年的调查以及1940年满铁《江苏省松江县农村实态调查报告书》。(35) 然而，20世纪的调查资料如何能有效证明17世纪的劳动分工情况呢？《长江》对此缺乏详细的说明和论证。
    数据类史料问题主要包括：一，有些统计结果因样本数量严重不足而不具备充分的有效性；二，统计表中的数据时间与其史料中的实际时间不一致；三，统计表内相关地区的行政区域隶属关系错误或与这些行政地区的实际历史变动不符，以致不同时期的数据之间不具备可比性；四，有些二手数据与被引用文献原文矛盾；五，同一组数据中的统计标准不一致。