当然，考察刘毅这一类型人物的门第高低，除了依据其婚宦情况外，其早期的交游特别是高门士族社会的态度也必须考察。《宋书》卷五二《庾悦传》载庾悦出自东晋一流高门颍川鄢陵庾氏家族，曾祖为太尉庾亮，庾悦曾与刘毅有接触，其态度体现了高门士族对刘毅的一般看法：“初，毅家在京口，贫约过常，尝与乡曲士大夫往东堂共射。时悦为司徒右长史，暂至京，要府州僚佐共出东堂。毅已先至，遣与悦相闻，曰：‘身久踬顿，营一游集甚难。君如意人，无处不可为适，岂能以此堂见让。’悦素豪，径前，不答毅语。众人并避之，唯毅留射如故。悦厨馔甚盛，不以及毅。毅既不去，悦甚不欢，俄顷亦退。毅又相闻曰：‘身今年未得子鹅，岂能以残炙见惠。’悦又不答。”由此可见，刘毅发迹之前，与一流高门人物交往的机会很少，偶遇庾悦，尽力巴结，但自始至终庾悦“不答毅语”。高门士族对待寒门最直接的轻视态度就是熟视无睹，不予理睬。庾悦如此对待刘毅，正是为了显示自己的门第，也说明刘毅并非高门士族门第。
    刘毅作为次等士族子弟能够登上历史舞台，在于东晋后期政治、军事局势及社会力量的变化。东晋一代，高门士族长期把持朝政，一个重要的原因在于士族权势家族及其代表直接领兵。江淮以北移民聚集之地--南徐州、南兖州是东晋的兵府所在，以京口为中心的北府，则为门阀士族权势人物竞相争夺的聚焦处。当年陈郡谢氏就是在京口重组北府兵，赢得淝水之战的胜利。田余庆先生指出，“谢玄募北府兵，主要是募将，特别是募散落而脱离建制的北府旧将”⑦。而侨居晋陵郡的次等士族子弟则成为北府兵中下层将校的渊薮。淝水之战后，随着东晋统治者内部权力斗争不断激化，北府兵卷入了内战，作为长期隶属于高门士族的北府兵将领，刘牢之缺乏政治头脑，先依靠王恭，后投归司马道子、司马元显父子，又叛归桓玄，出尔反尔，最终为桓玄所打压。在桓玄代晋过程中，北府兵旧部中一些年辈相对较低的将领回到京口、广陵重建北府军队。《宋书》卷一《武帝纪上》载刘裕拒绝刘牢之北奔广陵的邀请，并对刘牢之甥何无忌说：“镇北（牢之）去必不免，卿可随我还京口。桓玄必能守节北面，我当与卿事之；不然，与卿图之。”很显然，以刘裕为代表的北府旧部中的年轻一辈已确定了反对高门士族统治的目标。
    在北府兵重建及其反抗、诛灭桓玄势力的过程中，其核心人物当然是刘裕，但刘毅也发挥了相当重要的作用。刘裕重组北府兵，非但无现成的兵力可用，而且也没有军需费用，更何况当时还是一种冒险的秘密行为。田余庆先生说：“刘裕‘地非桓、文，众无一旅’，唯一可指望的，只有利用旧谊，纠集同道，共谋起事。他所纠集的人，虽然都是世居京口，其家庭多与北府有不同程度的历史关系，本人也有一些成为北府诸桓的僚佐，但他们的威望与能力都与昔日驰骋疆场、屡建战功的北府旧将无法比拟。真正称得上北府将的，只有曾为孙无终参军、刘牢之司马的刘毅一人而已。”⑧这说明刘裕当初起兵之艰难、而刘毅是最早参与刘裕谋划反抗的关键人物。《晋书》卷八五《何无忌传》载：“初，刘裕尝为刘牢之参军，与无忌素相亲结。至是，因密共图（桓）玄。刘毅家在京口，与无忌素善，言及兴复之事，无忌曰：‘桓氏强盛，其可图乎？’毅曰：‘天下自有强弱，虽强易弱，正患事主难得耳！’无忌曰：‘天下草泽之中非无英雄也。’毅曰：‘所见唯有刘下邳。’无忌笑而不答，还以告裕，因共要毅，与相推结，遂共举义兵，袭京口。”可见，刘毅是刘裕起兵反桓玄计划的“定谋”之人。刘裕之所以要寻找刘毅加盟，还在于他在京口次等士族子弟中具有的较高影响力。《晋书·何无忌传》载：“初，桓玄闻裕等及无忌之起兵也，甚惧。其党曰：‘刘裕乌合之众，势必无成，愿不以为虑。’玄曰：‘刘裕勇冠三军，当今无敌。刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万。何无忌，刘牢之之甥，酷似其舅。共举大事，何谓无成！’其见惮如此。”可以说刘毅是当时京口地区“武勇擅战”之次等士族子弟的主要代表，刘裕争取他加入反桓玄斗争，可以获得更多的支持。从桓玄“甚惧”的心态，足见这一目的确实是达到了。又，刘毅在与刘裕谋划反抗桓玄时，正值其居丧之时，《晋书》本传载“初，毅丁忧在家，及义旗初兴，遂墨绖从事”⑨。当时驱除桓玄，是以恢复晋朝相号召的，刘毅“墨绖从事”的行为便具有了某种为公赴义而颇为壮烈的意味，这无疑增添了刘裕等人起事的正义色彩，在提升义军的士气和争取舆论支持等方面，具有不可忽视的作用。
    不仅如此，刘毅在剿灭桓玄势力的军事活动中，还是主要的指挥者和冲锋陷阵的勇士，立下了殊勋。《通鉴》卷一一三“晋安帝元兴三年（404）”概述刘裕等起兵时的军事攻击部署说：“于是（刘）裕、（刘）毅、（何）无忌、（王）元德、（王）仲德、（孟）昶及裕弟道规、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、河内太守陇西辛扈兴、振威将军东莞童厚之，相与合谋起兵。道规为桓弘中兵参军，裕使毅就道规及昶于江北，共杀弘，据广陵；长民为刁逵参军，使长民杀逵，据历阳；元德、扈兴、厚之在建康，使之聚众攻玄为内应，刻期齐发。”这是刘裕起兵的总体布局。《晋书·刘毅传》又载“毅讨徐州刺史桓修于京口、青州刺史桓弘于广陵”。刘毅负责攻击并占领京口、广陵，而桓修、桓弘控制着收编来的北府兵军事力量，实力相当大，刘毅的成败对刘裕能否控制建康有着直接的影响。后来的战绩表明，刘毅成功地完成了使命，而诸葛长民负责攻击南豫州历阳的任务一度失败，而正是刘毅杀桓弘等，解除了桓玄布置的周边军事支援。刘毅在控制了京口、广陵后，又驰援刘裕。当时刘裕、刘毅所统军队人数甚少，无法直接与桓玄的主力对抗，于是化整为零，“分为数队”，殊死冲击，迫使桓玄丢弃建康，仓促逃奔荆州。
    桓氏在荆州经营数代，根基深厚，如不能及时追击并加以消灭，待其获得喘息之机，必将酿成大祸。这一任务又落到了刘毅等人的肩上。当时刘毅率何无忌、刘道规等西上，桓玄聚集战士数万人，而刘毅所统不足万人，力量悬殊，又遭遇大风等恶劣天气，战事颇有反复，但最终击破桓玄主力，迫使桓玄自杀。此后，桓玄余党桓振、桓谦等又一再攻占江陵、巴陵等地，刘毅协调诸军，屡经恶战，前后长达一年多，彻底消灭了桓氏家族在上游的有生力量，护送被挟持的晋安帝平安返回建康，奠定了恢复晋祚的军事基础。在反抗桓玄的军事斗争中，刘毅发挥了重要的作用，他不仅勇猛善战、身先士卒，战功卓著⑩，而且在追讨桓玄的过程中，担有统帅之任，当时明确“诏大处分悉委冠军将军刘毅”(11)，何无忌、刘道规等都受其节制。从总体上说，刘毅的军事协调是有效的，“其余拥众假号以十数，皆讨平之”(12)，从而成功消灭了桓氏在长江上游地区的军事残余，稳定了荆、湘之地。不仅如此，刘毅在军事征战过程中，还表现出了一定的政治家的素养，《晋书》本传称其“号令严整，所经墟邑，百姓安悦”。有利于争取民心，也是刘毅能够取得军事胜利的一个重要保证。