综上所述，刘毅自反桓玄以来，无论是参与谋划定策，还是实际的军事征讨，他的作用与功绩，都超过了除刘裕之外的其他当初共议义举的人物，成为新一辈北府军事势力中名望仅次于刘裕的代表，甚至其军事功业，特别在恢复晋业的过程中，实际作为似乎在一定程度上超过了刘裕，只是由于当初刘裕在密谋反抗桓玄时具有首倡之功已成为某种共识，因而处于首要的地位，得到北府士众的尊崇。《南史》卷一《宋高祖武皇帝纪》载：“（刘）毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。”刘毅与刘裕相抗，这固然是后来的事，但确实说明刘毅在“兴复晋室”过程中具有显赫功业。在“兴复晋室”过程中，刘毅也不断受到封赏和提拔，历受策为冠军将军、青州刺史、兖州刺史、抚军将军，平定荆州余祸之后，朝廷下诏以刘毅都督豫州、扬州之淮南、历阳、庐江、安丰、堂邑五县诸军事，豫州刺史，持节、将军、常侍如故，义熙五年（409），刘毅为卫将军，开府仪同三司，当时人称“亚相”、“次相”，其地位仅次于刘裕。从其个人心态而言，刘毅的功勋积累及其地位的提升，难免使其产生某种骄傲心理，并自觉不自觉地有所表现；从刘裕方面来说，他自然会感受到或隐或显的压力和威胁。这样，他们之间势必要发生围绕军政权力与地位的争夺。
    义熙年间刘毅、刘裕间的权力争夺
    义熙年间，刘毅与刘裕之间在一系列重大军事、政治事件及其用人方略上不断发生分歧与冲突，其目的是力图压制对方，以提高自己的声望与地位。双方长期明争暗斗，大约在义熙三年以后，二人军政意见分歧渐多，矛盾凸显，并日益激化，最后演化为以刘毅的失败和死亡告终的血腥相残之祸，现根据相关零星的文献记载，考述如下。
    （一）刘毅企图阻止刘裕领扬州刺史、录尚书事
    东晋南朝，扬州刺史一职地位非同一般。由于扬州刺史管辖包括京畿地区在内的江东核心地域，权力不仅影响地方，而且参掌朝政、录尚书事，故一般都为朝廷首要权臣兼领。就个人权力与地位而言，担任扬州刺史则意味着有机会操纵朝政。因此，刘毅与刘裕之间围绕着这一职务安排，自然要发生对抗，其可考叙者有两次。
    在驱除桓玄、恢复晋祚后，刘裕首先是以琅邪王氏的代表人物王导之孙王谧担任扬州刺史一职。刘裕的这一人事安排，当然是一种权宜之计，有其不得已处。一方面，他驱除桓玄，是打着复晋的旗号，如果自己立即就任此职，难免有窃盗国政的嫌疑，不利于局势的稳定；另一方面，其本人虽有复晋之首功，但毕竟出身低下，公然执政，难孚众望。出于多方面的考虑，他选择出自东晋显赫门第的王谧充任此职。刘裕重用王谧，可以利用其门第影响，向门阀士族社会作出交代，搪塞他们的指责。但必须指出的是，刘裕之所以用王谧绝不仅仅是看中了他的门第，而主要在于他与王谧之间存在着密切的私人关系。《晋书》卷六五《王导传附王谧传》载：“初，刘裕为布衣，众未之识也，惟谧独奇贵之，尝谓裕曰：‘卿当为一代英雄。’”其实，王谧对刘裕不仅流于一般赞誉，而且还施以具体的帮助。《宋书》卷一《武帝纪上》载：“初高祖家贫，尝负刁逵社钱三万，经时无以还。逵执录甚严，王谧造逵见之，密以钱代还，由是得释。高祖名微位薄，盛流皆不与相知，唯谧交焉。”王谧在刘裕早年“名微位薄，盛流皆不与相知”之时，帮助其偿还巨额赌资，这不能不使刘裕终生难忘。由于刘裕与王谧之间存在着这种关系，以王谧任此重职，刘裕自然可以驾驭自如。不过，在驱除桓玄之后，刘裕重用王谧，在道义上存在着非议。王谧曾经帮助桓玄行篡夺之举，这自然为其他门阀士族所诟病，刘毅便以此发难。《晋书·王导传附王谧传》载：“及裕破桓玄，谧以本官加侍中，领扬州刺史、录尚书事。谧既受宠桓氏，常不自安。护军将军刘毅尝问谧曰：‘玺绶何在？’谧益惧。会王绥以桓氏甥自疑，谋反，父子兄弟皆伏诛。谧从弟谌，少骁果轻侠，欲诱谧还吴，起兵为乱，乃说谧曰：‘王绥无罪，而义旗诛之，是除时望也。兄少立名誉，加位地如此，欲不危，得乎！’谧惧而出奔。刘裕笺诣大将军、武陵王遵，遣人追谧。谧既还，委任如先，加谧班剑二十人。”(13)刘毅公然斥责王谧，表面上是从维护晋廷声誉立论，而背后是否受到其他士族群体的影响尚不清楚，但实际上则表达了对刘裕这一重要人事任命的不满。《魏书》卷九七《刘裕传》明确说：“裕以其偿钱之惠，固请免之，乃遣丹杨尹孟昶迎焉。”仅以刘裕报答王谧偿钱之恩而任其为扬州刺史、录尚书事自然过于简单化了，但刘裕追回王谧，“委任如先”，显然是对刘毅的回击。此事发生在复晋之初，刘毅与刘裕之间的矛盾尚未表面化、公开化，但探究二人斗争的过程，则无疑是双方冲突、交恶的起始。
    义熙三年（407），王谧死，围绕扬州刺史、录尚书事人选，刘毅、刘裕之间的斗争明显激化。对此，《宋书》卷四二《刘穆之传》记载：
    义熙三年，扬州刺史王谧薨，高祖次应入辅，刘毅等不欲高祖入，议以中领军谢混为扬州。或欲令高祖于丹徒领州，以内事付尚书仆射孟昶。遣尚书右丞皮沈以二议咨高祖。沈先见穆之，具说朝议。穆之伪起如厕，即密疏白高祖曰：“皮沈始至，其言不可从。”高祖既见沈，且令出外，呼穆之问曰：“卿云沈言不可从，其意何也？”穆之曰：“昔晋朝失政，非复一日，加以桓玄篡夺，天命已移。公兴复皇祚，勋高万古。既有大功，便有大位。位大勋高，非可持久。公今日形势，岂得居谦自弱，遂为守藩之将邪？刘、孟诸公，与公俱起布衣，共立大义，本欲匡主成勋，以取富贵耳。事有前后，故一时推功，非为委体心服，宿定臣主之分也。力敌势均，终相吞咀。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出权道，岂是始终大计必宜若此而已哉。今若复以他授，便应受制于人。一失权柄，无由可得。而公功高勋重，不可直置，疑畏交加，异端互起，将来之危难，可不熟念。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，厝辞又难。唯应云‘神州治本，宰辅崇要，兴丧所阶，宜加详择。此事既大，非可悬论，便暂入朝，共尽同异。’公至京，彼必不敢越公更受授余人明矣。”高祖从其言，由是入辅。由这一记载，可见刘毅“不欲高祖入，议以中领军谢混为扬州”。此是想效仿刘裕用王谧的前例，以高门士族代表人物谢混为扬州刺史，使刘裕无法反对；同时，如果刘裕决然领扬州刺史，则建议于丹徒领州，希望阻止其进入建康，以免其直接操控朝政。从刘穆之为刘裕所分析的情况看，刘裕如欲确立自己的特殊地位，必须坐镇建康，“扬州根本所系，不可假人”，而他一旦公然居于辅政地位，便与其他“俱起布衣”者有了地位的分别。同时，从刘穆之之言，也可以看出刘裕与刘毅等人矛盾即将公开化了，一旦“力敌势均，终相吞咀”。(14)