第三阶段，雍正十二年（1734年）至乾隆四年。为了安置从吐鲁番东迁的维吾尔族民众，新就职的安西兵备道王全臣在疏勒河下游今瓜州县城附近大兴屯田。为了解决下游水源不足的问题，次年王全臣分靖逆西渠下游之水，于黄闸湾向西北方开凿一条长达八十八里的黄渠（又称旧渠，后讹为皇渠），经蘑菇滩到达桥湾【21】。今日疏勒河干流自蘑菇滩到桥湾的河道即为清代黄渠之下游。如上所述，三道沟以东之河渠与泉水皆以布鲁湖为归宿，而黄渠开凿的目的正是为了截引这一部分水量并将其输送至疏勒河桥湾以下河段。此举在保证下游屯种用水的同时，必然使布鲁湖入水减少。
    第四阶段，乾隆四年（1739年）之后。黄渠修成后，在其以北仍有不少泉水露头，靖逆东西二渠的灌溉余水依然有不少流人布鲁湖。至乾隆四年（1739年），为增加五、六、七道沟的水量并扩大这一地区的耕种面积，在黄渠以北、经三道沟下游一带向西北另开一渠，在蘑菇滩一代汇人旧渠，称为新黄渠或新渠【22】，此即为今日黄闸湾至蘑菇滩之间疏勒河干流河道。其后，靖逆西渠下游余水也被全部截引入新渠【23】。至此除东渠部分水流外【24】，布鲁湖基本丧失了地表径流的补给【25】，至迟于清末已告干涸【26】。除灌溉农田与自然蒸发外，疏勒河地面径流与扇缘泉水的绝大部分都可以流至桥湾--布隆吉--双塔一线的疏勒河干流，并一直流向今瓜州一带，今天疏勒河中游水系的基本格局也于彼时基本形成。
    阅读清代文献，我们将很自然地注意到，在清人眼中昌马河与疏勒河实为两条河。根据《重修肃州新志》的记录，昌马河包括两段河道，一是今天的小昌马河，二是与从昌马峡口直到四道沟的“昌马故道”，而疏勒河则基本是今日地图上的疏勒河主流【27】。作者显然认为，在康熙五十八年（1719年）以前，疏勒河与昌马河实为一种合而复分的关系，即昌马河在今昌马盆地注入疏勒河，在昌马峡中共享一段河道，出昌马峡口后昌马河向北、疏勒河向东北。此种对于昌马、疏勒二河合而复分的认识与《水经注》对济水与黄河关系的记录相当类似，不同之处只是在于：济水从左岸注入黄河，从右岸分出；昌马河从左岸注入疏勒河，却同样从左岸分出。我们从《钦定河源纪略》对于两河源头坐标位置的记载可进一步看出，时人确以小昌马河为昌马河上源【28】，同书还把昌马河与疏勒河、党河一道，看作哈拉淖尔的三个源头。然至清末所修之《甘肃全省新通志》，玉门县仅见昌马河，安西州只言疏勒河，并注云：“源出南山之昌马口，分注十道沟，余波汇而西北流为疏勒河。”【29】可见此时昌马、疏勒二名，已成同一河流上下游之异名，与今日无异。昌马、疏勒之名从两河到一河的演变也从一个侧面反映出疏勒河在扇面上从多河道到单一河道的演变。
    总结康熙五十八年（1719年）后人为影响下疏勒河水系的变迁，大致可以概括为三点。首先，中游扇面径流归于一体，从出山口向东北流动；其次，在中游扇缘沿“潜水--泉水”流动的垂直方向修建多道引水渠，在截引泉水的同时把地表径流不断分散到东南--西北方向的自然沟道（疏勒河故道或泉水河下游）中；其三，伴随着中游不断截引布鲁湖补给水源，下游河道的水量与流长都出现过增加趋势，疏勒河在人工疏导下与党河合流，哈拉湖终成为疏勒河的终端湖，但并不稳定。冯绳武先生曾引述霍尔涅的推测，认为疏勒河本注入罗布泊，“至十七世纪末年首次退到东经90℃附近的哈拉齐，再次退到汉玉门关以西的盐池湾附近，三次退至玉门关以东的波罗湖一带，清代末年第四次退至东经94。以东的哈拉诺尔”【30】。这一推测频见征引，但事实上与文献提供的证据存在很大的出入。随着灌溉用水的增加，疏勒河在安西以下至迟在19世纪上半叶已成为季节性河道，祁韵士与林则徐分别于嘉庆十年（1810年）、道光二十二年（1842年）谪戍伊犁时，都记载了今瓜州县城附近疏勒河断流的情况【31】；而如果揣测疏勒河边的安西龙王庙碑的写作背景，我们甚至可以认为安西地区的缺水在乾隆时代就已经开始【32】。党河流域在乾隆初就因为用水增加而导致进入哈拉淖尔的径流“少减”，至于道光年间，已经“无复余流可至黑海”【33】。笔者认为，党河与疏勒河下游的断流并非建国后新出现的情况，其在清代中期已经非常严重。至于疏勒河爆发洪水时，径流还可向哈拉湖以西地区延伸，但终究不是通常情形【34】。
    研究清代疏勒河水系的演化情形，还为我们推断清代之前疏勒河水系的演变提供了三点重要参考依据。其一，康熙五十八年（1719年）至雍正七年（1729年）间，布鲁湖--花海子湖盆作为疏勒河绝大部分径流的归宿，即便全部为水面覆盖，最多不过长近百千米、宽十数千米，其面积可以看作历史时期疏勒河中游所可能存在的最大水域面积；其二，在未经人为干预的情况下，三道沟以东的径流将注入布鲁湖--花海子湖盆，四道沟到葫芦河之间的径流则可以流至乱山子以西【35】；其三，疏勒、昌马河名的演变告诉我们，疏勒河的不同分支完全可能被冠以不同名称、当成不同的河流来处理，这为我们分析其他时期的类似文献提供了佐证。