对袁树勋在周案中所持的严正立场，外务部起初也持支持态度。在接到有关周案的禀告后，外务部先照会俄公使雷萨尔，要求将凶犯交出，由华官审判。（注：《俄使雷萨尔致外务部沪俄兵砍毙周生有案请按俄律惩治罪人照会》（十一月二十五日），《清季外交史料》卷186，第6-7页。）在该要求遭俄公使拒绝后，外务部又于1905年1月3日致电驻俄公使胡惟德，指示与俄国政府直接交涉，要求俄国政府命令俄领事交出凶犯，进行会审，从严治罪。（注：《外部致胡惟德俄兵砍毙周生有案希告俄廷交凶电》（十一月二十七日），《清季外交史料》卷186，第7页。）1月13日，再次致电胡惟德，声明俄领事仅允华员听审的提议不能接受，“希向俄外部切实声明，径由海部饬知俄领遵照沪拟办法，切勿含糊！”（注：《外部致胡惟德周案拟设特别公堂会审希商俄廷电》（十二月初八日），《清季外交史料》卷186，第8页。）
    然而，俄领不顾中方的一再抗议，13日在中方没有派人会审的情况下单方面开审，并根据俄律第1058条和海军律第134条的规定，以凶手亚其夫所犯罪案系出无意，判处4年苦工；水手地亚夫所犯仅为违背巡捕命令，罚15卢布或监禁5天。（注：《俄官自开特别公堂审问详情》，《申报》1905年1月15日（光绪三十年十二月初十日）。）
    对于俄方单方面所做的这一判决，沪道袁树勋于次日亲赴俄领署，表示强烈抗议，声明此案关系重大，如不与华官会审，上海各帮华商将与俄国在沪商家停止贸易。同时，袁道又电禀江督和外务部，强调“此案非办到特设公堂，不能会讯；非办到会讯，不能服众。”（注：《收沪道致外务部电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第10页。）沪上甬人也奋起抗争，15日上午数千人在法租界四明公所集会，经上海绅商和袁道派人劝说，表示此案已电禀外务部、江督，将与俄方谈判解决，众人才陆续离去。（注：《甬人聚众》，《申报》1905年1月16日（光绪三十年十二月十一日）。）上海各帮绅商则做出在此案解决之前“暂时停用俄国道胜银行钞票”的决定，（注：《收沪道致外务部电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第10-11页。）以示对俄领单方面审判的抗议。
    然而，就在俄领事对周案做出判决的同时，俄国政府通告各国，指责清政府违背中立，暗中援助日本，扬言俄国也将“不守战界之约”，威胁要把战火扩大到东三省之外地区。（注：《照译驻美俄使喀希尼致美外部说帖》（1905年1月13日，光绪三十年十二月初八日）、《照译驻美俄使喀希尼致美外部》（1905年1月18日，光绪三十年十二月十三日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第6105-6106、6107-6108页。）在此背景之下，外务部对周案的态度发生明显转变，为避免周案问题复杂化，引发暴动，为俄国指责中国没有履行中立义务找到新的借口，决定不再支持袁道的主张，希望速将此案妥协了结。14日，外务部致电两江总督和袁树勋，强调“俄方寻衅，意在坏我中立，务饬寓沪甬绅，切实开导商民，慎勿暴动，授人以隙。大局所关，该绅等必能体察也。”（注：《外务部周馥袁树勋周案已电胡使力争拟归公断电》（十二月初九日），《清季外交史料》卷186，第8页。）15日，外务部便电派商约大臣盛宣怀督同袁道办理此案。（注：《发盛大臣电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷87，第55页。）而盛秉承清政府“速了”的旨意，抱定“以息事宁人，不生枝节为主”，认为以俄舰归我保护，案犯即归华办理缺乏条约根据，难以办到。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月二十一日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第29页。）因此在与俄方交涉中不再坚持会讯，将争论的问题转到审判是否适当和监禁年限问题上，为周案的解决找退路。17日在与俄领会谈中，盛提出犯者虽系误犯，但杀者实是故杀，判监禁4年，未便照准，应将全案录送复核；另案犯的监禁日期也应自押到俄国之日为始，在沪监禁日期无论久暂，均不计算在内。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月十三日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第16-17页。）2月3日，盛宣怀督同袁道与俄领再度会议，提出以下4条要求：一、应将案卷检送驻俄胡使照讯俄外部转咨俄海部复核，按俄律第1058款，将案犯判禁8年；二、监禁应自押到俄国之日起算，在沪监禁无论久暂，不在限内；三、应给抚恤银两，可听死者家属自做善举；四、俄船兵民，来者日众，应援引威海卫等处章程，圈禁保护，不得听任游荡，酗酒滋事。对于一、二两条，由于其实际的处理和决定权仍在俄方，俄领事表示照允，后来第一条的要求也被俄国政府拒绝。至于第三条抚恤问题，俄领表示恤金只能给家属，数目请示雷使即可确定。关于第四条内容，俄领表示自周案发生后，即已严禁游荡酗酒，如要订立专章，领事无权。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月二十九日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第35页。）盛宣怀此时与俄领事的交涉实际上只是表面文章，仅仅出于“稍慰人心”的考虑，已无多少实际意义。会后，盛宣怀即请在座甬绅传谕息争，并电告外务部，宣布了结周案。（注：《收盛大臣电》（十二月二十九日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第35页。）