5月底，由俄原波罗的海舰队组成的第二太平洋舰队在对马海峡遭到日本海军的重创，受此战局的影响，又有各类俄船相继来沪避难。5月26日，有俄运煤船“古洛尼亚”号、“列伏尼亚”号、“米梯亚”号，“伐洛尼”号、“佛拉迪密尔”号、“耶洛斯拉夫”号驶抵吴淞口停泊。沪道袁树勋在得知这一情况后，立即禀告南洋大臣和外务部，并按中立条规，照会俄领事，限六艘船只于24小时内离开上海，如逾限不出口，即照“阿斯科”号成案，立卸军火机器，船员等具结声明，战事未毕，非奉华官允准，不得离沪。同时，袁道还致函税务司查禁违章装载煤斤、粮食、军火，并咨会南北洋海军统领叶祖珪饬令各舰严防。（注：《收上海道致外务部电》（四月二十三日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第4页。）但在24小时过后，俄领事和俄政府以六艘运输船为一般商船，既不照限出口，也拒绝拆卸，要求与别国商船一样对待。袁道和南北洋海军统领叶祖珪则以该六艘运输船既然为俄波罗的海舰队的运输船，参与战事，便不能与寻常商船一律相待，坚持或照限出口，或按“满洲”号办法处理。（注：《收沪道致外务部电》（四月二十四日），《收上海道致外务部电》（四月二十五日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第5、7、8页。）后经海圻号管带萨镇冰与各运输船船主直接交涉，俄运船同意于29日下旗，按中立条规办理。（注：《收北洋大臣致外务部电》（四月二十七日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第11-12页。）俄总领事对此仍持抵制态度，声言运船下旗系因下雨，非彼饬令，拒绝拆卸军械。（注：《收江海关道致外务部电》（四月二十七日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第12页。）
    就在袁道与俄领相持不下之际，又有两艘俄运船“高丽”号和“西非尔”号驶入吴淞口避难。日总领事见此情形，即警告袁道：若不对俄船按中立办法采取措施，日舰将来沪实行拘捕，由此所造成的后果，概由中方负责。袁道在得知两艘俄船到沪的消息后，也立即照会俄领事，限俄船于24小时内出口，并安排由“海圻”号管带萨镇冰与俄船直接交涉，按“阿斯科”号成例处理，同时电禀外务部照会俄使，饬令俄领事遵照执行。（注：《收沪道致外务部电》（四月二十八日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第14页。）慑于形势的压力，5月31日俄总领事最后同意照例约束，由海关指地停泊，同时扬言“如俄政府以此办法为不合法，则责任及赔偿损失，由中国承当”。（注：《收上海道致外务部电》（四月二十八日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第14-15页。）6月2日，袁道即通知管带萨镇冰派兵轮将俄运船押进张华浜耶松船厂码头，听候处理。（注：《收江海关道致外务部电》（四月三十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第16页。）6月4日驶入吴淞口避难的俄鱼雷艇“鲍特雷”号也由萨镇冰直接交涉，在船主弁兵愿出具听候中国处置的具结后，于次日拖至东清码头，与“阿斯科”号一同停泊。（注：《俄鱼雷艇拖至东清码头停泊》、《俄雷艇弁兵愿签字听中国处置》，《申报》1905年6月6日。按：该鱼雷艇有俄士兵150人。）
    俄船艇的相继到来，给上海的安置工作带来沉重负担。为缓解上海的压力，两江总督周馥于6月4日电商外务部，援引日皇遣返发誓不再参与战事俄降将的敕令，建议将拘押在上海的俄将校水手等在发誓后遣归，船仍扣留，并饬沪道就此与上海日总领事磋商。（注：《收南洋大臣致外务部电》（五月初二日），《清光绪朝中日交涉史料》卷85，第16-17页。）但两江总督的这一建议遭到日方的反对，要求清政府继续履行中立义务，日使声称：“日皇遣回俄将，自有用心，非他国所能借口。上海俄兵虽多，约束自在中国，何能因恐其滋事，概予遣回？况俄人诡计多端，稍纵即逝，虽具切结，难保不复预战事，中国何不思之甚耶？现在胶湾等处亦有俄兵拘留，德法两国，均严加防范，善自保全，务望中国妥为自筹，勿坏中立为幸。”（注：《日使不允遣俄舰败将回国》，《申报》1905年6月22日（光绪三十一年五月二十日）。）甚至在9月5日日俄两国《朴茨茅斯条约》签订之后，日方也反对中方将军火器械等归还俄国，坚持在和约批准互换之前，“一切仍当照战时办理”。（注：《发南洋大臣电》（八月十六日），《清光绪朝中日交涉史料》卷88，第24页。）这样，一直到10月17日日俄驻满洲司令部代表签订撤军协定、外务部宣布自即日起解除中立条规及禁令之后，（注：按：外务部宣布解除中立条规的电令，系在日俄驻满洲司令部代表签订撤军协定后第3天，也即10月19日发布，见《发东三省将军、各督抚电》（九月二十一日），《帝国主义侵略类·日俄战争》，藏中国第一历史档案馆。）留沪俄舰的遣返工作才正式启动，至11月19日，俄兵船运船雷艇共12艘全行出口，收存军火等项数千件也一律交还，上海遂告完成中立使命。（注：《收南洋大臣致外务部电》（十月二十八日），《清光绪朝中日交涉史料》卷86，第23页。）