最晚不会超出院政时代（1086-1180年）最初几年成书的《大镜》，叙述自文德天皇起，至一条天皇万寿二年（1025年）止，共十四代天皇计176年间事。 作者是谁问题至今仍有争论。但所持史观较《荣华物语》作者更具个性，更加要使政治权力摆脱神性，接近人性，是物语体历史著作中最具批判性眼光的一部，则已是定论。如书中以两位对话人物中的一位名为大宅世继的口吻歌颂藤原道长的丰功伟业说："我看他是神佛下凡，所以天下太平，百姓安乐。"另一位名为夏山繁树者则谓："如今，为营建御室不断征集民夫，人民不堪其苦，怨声载道，难道你就没有听说吗？"⑧早期文化发展阶段中的神性，外来文化中的理性，本土文化中所固有的人性，是《古事记》以来直至院改时代结束时，日本历史编纂学指导思想中先后出现而又得并存不悖的三种基本因素。实际上也是日本民族文化成熟过程中的三项基本因子。三种因素的相互消长和渗透，并不断向高层次发展，是此后日本文化，自然也包括历史编纂学在内的既定方向。明治时代的"文明史学派"，只是后浪推前浪的日本文化发展潮流又一高波中的一根水柱，可助继往开来之势，却不足以定日本历史编纂学之局。
    继宫廷贵族在10世纪和11世纪逐渐僭取朝廷权力，地方武士作为新兴的社会阶层勃然兴起。他们或者本身夺占土地，或与权势者结成主从关系，又于12至13世纪时簇拥其首脑人物左右朝纲，出现了"皇家"、"摄关家"以外的"武家"第三政治权力中心。"院政"时代便是"皇家"与"摄关家"争相利用"武家"实力纵横捭阖的时代，结果两败俱伤。在天皇朝廷所在的京都以东地方成立的镰仓幕府，最初只是作为"武家"政治权力中心存在，旋即成为能够支配全国政治的事实上的中央政权。日本历史上长达六百余年之久的幕府政治时代于焉开始，直至明治维新。
    幕府制时代是日本历史上的等级封建制由确立到瓦解时代。镰仓时期（1185-1333年）是其初始阶段，土地所有制关系和其他生产关系、社会身分和政治权力地位均处于新旧交替、空前混乱、无常规可循阶段，因而暴力与战争便成为解决纷争的最终手段。文化上也就出现相应的表现。无常规可循的"乱世"，未必就是文化的低落时期，世界历史亦然。此时新兴的与没落的阶级和力量，均得较既往有更大空间争相表现其本身意识，并且在竞争中取长补短相互交融，有助于文化繁荣者常较"治世"为多。日本历史编纂学此时亦和文化领域其他方面同步，与奈良与平安朝时期文化相比，在本土化方向的广度与深度上又有长足进展。反映9-14 世纪宫廷贵族生活的最著名的"镜"体历史著作，是所谓的"四镜"。其中除《大镜》完成在11世纪末，《水镜》和《今镜》皆完成于十二世纪末。《增镜》则是14世纪时的作品了。现今最有用的一部大概是《东鉴》（即《吾妻镜》），共52卷，以日记体叙述1180年源赖朝创建镰仓幕府起，至1266年为止的武家事迹。它描写了12世纪末13世纪初幕府的机构、行政管理和各项政策。专事描写这一时代的战争和武士阶级的思想、生活与习尚的"物语"体历史著作，称为《军记》物语，以《将门记》为滥觞。继有《保元物语》、《平治物语》、《平家物语》、《源平盛衰记》和《太平记》等。以个体武士生活为主题者则又有《义经记》与《曾氏物语》。不过这些种物语体历史著作的思想深度仍未能超越前代，限于浪漫主义地透露宫廷生活或佛教徒的隐私，以及敌对氏族与武士之间的战争故事。虽在人性上有较多流露，但为了文学上的感染力，往往不惜牺牲其间的历史真实性。
    明治时代"文明史学派"所要求的另项史学原则，是探索历史发展的规律。在院政时代结束，进入幕府政治以后的中世纪历史编纂学中，也存在着本土的先驱。
    探寻历史发展的"道理"和"正理"
    和前代以来的编年史及这类物语体史话有所区别的，是将历史过程作为整体对待，而非片断的连接，并探索其规律的有解释的历史。明治时代以前的此类史家之重要代表，以镰仓时代的《愚管抄》作者藤原慈园（慈镇僧正，1155-1225年）开其端。他是关白藤原忠通之子和接近幕府的摄政九条兼实之弟，历任延历寺僧正，四任天台宗座主。又因一兄弟与幕府将军家联姻而成为将军的姑丈。他熟习当时的政事，利用这方面的知识用日文假名写出了《愚管抄》（1220年面世）一书。他于其中不仅概述了自神武天皇至承久元年（1219年）的日本历史，分析了君、臣之间和公家（包括天皇与宫廷贵族）、武家之间变化多端的关系，更重要的是他发现这些关系都按照一种叫做"道理"的原则，循环往复，周而复始地在发展。
    慈园的"道理"说脱胎于佛教教义中的"劫""法"之说。他在《愚管抄》中写道："我所以要这样宣扬世界道理的演变，是因为一切的法只有'道理'二字，此外一无所有。""人们就是沿着这个道理的道路，从劫初降至劫末，又从劫末升至劫初。大小各国也是沿着这个道路，由开国之初逐渐下降，以至走向终极。""下降就是上升"。"佛法对一切都贯彻对治之法。而人世间也有所谓一蔀，一蔀的时间即六十年，亦即干支的周而复始。世事就是根据这个时间逐渐衰退下去而又复兴起来。每兴起一次又必衰退下去。因此，仅仅由于对世道一点一滴地振兴再振兴，世道和人类才维持到今天。"⑨以因果关系为纲阐释佛法的方法论，逻辑严密并具有辩证法因素，是哲学的构成部分，属理性思维范畴。在日本也是外来文化的产物。