但佛法中的神秘主义部分则导向宿命论、出世思想和迷信行为。佛法传入日本后，其神秘主义部分逐渐与本土原始宗教信仰中的多神信仰相结合，产生了"神佛融合"的"本地垂迹（临凡）说"。即日本原始宗教信仰中的诸神俱是佛身临凡，神佛原本一体云云，使佛教思想因这种本土化形式得以广泛普及到一切阶层中去。至镰仓时代，乃兴起了神佛一体的"神道"教信仰。这一趋势在慈园的"道理"说史观中也有所反映。是外来文化中的理性因素与本土早期文化所具有的神性因素相互渗透的表现。有研究者说，慈园"接近历史和未来，并不是通过'道理'一词所表现的理性的思维，而是通过"神佛梦告"一类极其神秘的"灵感"。⑩实际上，中世纪的宗教史观，无论东方或西方均不可能不蒙有神秘主义色彩。检验它是否属于理性思维范畴的标准，是对历史现实发展过程所作结论的性质。即：是宿命论或悲观的遁世主义；还是面对现世，乐见未来的人间主义。
    慈园指出的"道理"，与同时代大量出土的伪造神佛预言的《未来记》著作之迷信行为不同，与"厌弃秽土，欣求净土"的出世思想也不同。它也不是自认现今动乱之世即是遭"劫"以后，"末法"时代的世界末日就要来临的宿命论。它立足于现世社会与政治关系的调整，认为"末法"之世也是振兴"正法"的起点。希望斗争中的"摄政家与武士家即可成为一体，文武双全，以保卫国家，辅佐君王"，用以振兴日本。它是以现实为体，神佛为用的一种理性思维形式。认为公、武两家相争所导致的"末法"之世，可以由公、武合作的实现再次回到"正法"之世上来。这种"道理"，已为古今两家本命神佛的一贯合作所验证。因为"远有伊势大神宫与鹿岛大明神，近有八幡大菩萨与春日大明神，他们分别自古至今一贯地紧密协力，共同保卫国家。"（11）所以慈园的"道理"不是灵感的产物，而是源于对现实政治认识的理性升华。慈园探寻的是日本历史发展之路，观念形式也是日本文化历来所保持的方向。它的合理性因素，或现实感，即公、武合作，共戴天皇，振兴民族的"道理"，直至明治时代也还能继续得到证明。
    在镰仓幕府的无上统治权力受到后醍醐天皇要求亲政的挑战，日本历史开始进入皇统分裂为南北朝（1336-1392年）的战乱年代中，继藤原慈园之后的又一位企图说明日本历史发展之必然不可移易的"正理"的史学家，是北畠亲房（1293-1354年）。作为后醍醐天皇的亲信重臣和首席顾问，他在这位天皇精力充沛地努力与幕府争夺国家统治权时，指导制订政策和统率军队。结果一无成效。但在1339年出征关东地区期间所写作的《神皇正统记》，却为日本后世留下重要的政治哲学遗产。亲房对他使用的原始神代资料不作检验或批判，照单全收作为史实依据。不过在谴责北朝挟天子以令诸侯的幕府，维护南朝皇统的正统性时，使用的是理性思维形式。其中强调日本国家天皇"万世一系"与"有德者王"的传统，从而赞美了日本列岛国家的整体性、日本民族和天皇异于他国的特有神性。其影响之至于明治时代者，不言可喻。
    《神皇正统记》所发现的历史发展的"正理"，它主要体现在日本皇统的万世一系上。故此书之著，即"旨在叙述神代以来皇统按正理相传之缘由。"这自然是先验地存在于历史发展本身之外的，并非历史事实的抽象。但日本列岛国家永远不得被分割的这样一种现实必然性合理因素，可从这种历史发展的"正理"中推论出来。"正理"相当于慈园宗教史观之"正法"。但"正理"的得以实现，又不似"正法"--"末法"之自身逻辑性的发展，它是神明的一种既定安排，不过人世可以通过自身的领悟去创造争取实现的条件。"正理"不彰时，则神明会通过惩罚恶人而使之复明。故曰："我国系神国，万事均由天照大神安排，其中纵有错误，历数亦不久。"因为"我国神明之誓昭著，上下之分已定。且善恶之报彰明，因果之理不爽。""虽为末世，但神明之威德仍不可思议。"所以"即或世道衰落，亦不可自卑，因有天地之始即以今日为始之理。"以皇统万世一系之"正理"而言："唯有我国，自开天辟地之初迄于今，皇位之继承未有偏差，即使由一宗之旁系继承，亦必归于正系，以保皇统"。"所谓百王在位，非十十之百，乃无穷之百也。"（12）"正理"中亦包括人性之不可忽视。君王失德亦可导致皇运不昌。"神以使人安生为本愿。天下万民皆为神物。君虽尊，但使一人欢乐，万民受苦，非但天所不容，亦神所不许，故因政治之良窳而有皇运之通塞。"（13）
    《神皇正统记》理性思维形式来源较《愚管抄》要庞杂，但却是更深地本土化了。或曰，它试图使本土文化早期发展阶段中的神性因素理性化。从它引述的外来文化中的哲学概念来看，既有佛教因果论，也有儒家的大义名分及天意论，但已均非主体意识而是从属于本土宗教中的神意了。所以与《愚管抄》虽同属中世纪的宗教史观，却更接近这一时期产生的本土神道教思维模式。并且所宗之神道教派既不是与佛教天台宗相结合的山王神道，也不是与真言宗相结合的两部神道，而是由祭祀天照大神的神社伊势神宫的祠官创立的，或称为"度会神道"与"外宫神道"的伊势神道教派。伊势神道否认以神道教附庸于佛教的"本土垂迹"说，提出系统的以神道为主体，以儒、佛、道家为从属的神道理论。强调"神皇一体"的思想，而不再强调"神佛一体"思想。伊势神道的文献宣称："大日本者，神胤也。……神者君之内征，垂慈悲而同尘；君者神之外用，昭俭约而治国。"（14）《神皇正统记》卷首亦即称："大日本神国也。天祖始肇基，日神永传皇统。"（15）明治时代实行"神佛分离"，提倡"神皇一体"，奉重祭祀形式的神社神道为国教，文化传统其来有自，历史编纂学上的《神皇正统记》，其一者也。