林家学以考证学派著称。他们对史料广取博收，只是无有一个要水落石出的定见。如鹅峰在《本朝通鉴凡例》中所言："当时真伪混杂，今以臆见择之。"（21）臆见不只是不得已的比较之后最后取舍，还包括由参与其事者的多数表决以定取舍的学术民主方式。《本朝通鉴》向被罗列史实无有一定史观之讥。事实上，努力从事实出发，虽未必就一定是"善恶自见"，有客观主义之嫌，但比起说教领先，以论带史的主观主义学风，要更近于科学态度。明治时代后期，日本历史编纂学的主流，是西方号称实证主义史学的德国兰克学派，实际就是"洋考据主义"。它之能取代"文明史学"和"文化史学"而后来居上，就是因为支持史学科学化的最终因素毕竟是可靠的事实，而不是空谈，哪怕是极其理性的空谈。
    历来研究者多认为同样著述甚丰，涉猎极广的新井白石较林罗山更具现代化科学意识，对古史中的神代故事更具批判精神，乃至与福泽谕吉并提。但福泽谕吉却将他归入同样应被否定的传统封建史家之列。前引福泽谕吉在《文明论概略》所指以前的历史都只是"日本政府的历史"中，就特别指出新井白石的《读史余论》也是典型的例子："总而言之，没有日本国家的历史，只有日本政府的历史，这是由于学者的疏忽，可以说是国家的一大缺典。至于新井先生的《读史余论》，也是属于这一类的书。"（第137页）确实，新井白石在18 世纪初是第六代将军德川家宣的侍讲近臣，也是政治上的高级顾问。致仕后，又广泛研究地理学、语言学、人种起源学、考古学、谱牒和历史。代表性历史著作就是往往与《本朝通鉴》并提的《读史余论》，并因而与林家学同被归入儒家学派。这部书原也是给年轻的第六代将军家宣进讲用的一系列讲义。他于其中为将军讲述了中古时代宫廷贵族势力的衰落和武家兴起的治乱兴衰过程，以为殷鉴。除上述的《读史余论》外，白石还编纂了20卷《藩翰》（1701年）和增补的6卷《藩翰谱》，专门追记17世纪和德川氏有亲属关系的家族。说"只是政府的历史"，也不为过。但他作为历史家的价值所在，则是有批判地对待原始资料，态度客观，并巧妙地利用了各种辅助科学，做出有解释的综合研究，这才使他成为明治时代以前最早具有现代意识的日本历史学家。
    就对神代传说的批判而言，同样是应家宣将军咨询所作的《古史通》，似乎更能鲜明地反映他作为先行者的特色。他曾说："凡经史其体裁各异，史者据实记事，以为世之鉴戒。"（22）似乎与林家学的历史观无疑。但他最终敢于正面批判神代故事乃至神道思想的勇气，却是林家学望尘莫及的。"当今亦有谈某种神书或某某神道者，皆系自欺欺人，散布无稽之谈，令人捧腹不置。"（《与佐久间洞{K5D710.JPG}书》）"至于此等荒诞不经之事，或系太古朴陋之俗辗转相传而成，或系太朴既已销亡之后世，欲以太古为神代而有意捏造者，此类情况各国皆有之。"（《〈古史通〉读法凡例》）（23）这就是"神者人也"命题之由来。这一科学结论的获得，不仅是出于反宗教意识的学术派性，而是广泛综合多学科的认识后得出的。从"此类情况各国皆有之"一语也可见。如他在《〈古史通〉读法凡例》中又提到："阅览记述本朝上古历史之书籍时，应于字里行间求其含义所在，而不可拘泥于文字。"（24）如此则必须具有较林家学的考证手段更为严谨的研究古文献的专门知识。
    林罗山和新井白石所以能够对日本文化早期发展过程中观念上所固有的神性因素提出质疑，乃至批判，客观上具有前代所不可能有的时代条件，特别是政治环境。德川将军本人对神代与神道问题的处理方式，可能从反面和正面鼓励了他们。在日本历史上，人死后即奉以为神的先例，以实际上奠定了德川幕府统一局面的丰臣秀吉为最早，秀吉死后即受封为丰国大明神。但德川家康灭丰臣氏后，立即让朝廷剥夺了丰臣秀吉的神号。这位德川幕府第一代将军于1616年病死，天皇又按德川家康生前遗愿，赠去世以后的家康以"东照大权现"的神号。终德川幕府之世，德川家康始终以"东照神君"、"权现样"（意即神仙老爷）、"神祖"之称使幕府的权力得以神性化。秀吉与家康和罗山均属同一时代的活人，去新井白石之世也不过半个世纪，当代活人死后可以神格化，古代的活人岂不也可被神格化？这是顺理成章的事，恐怕也是当代稍有思想的人都会想到的问题。新井白石政治上得意时的主君，第六代将军德川家宣在未继任将军（原名纲丰）时，对被当作信史的古代神话故事就非常怀疑，曾让白石详作解释。《古史通》之作，就是答家宣之疑而来者。"文庙（即文昭院，家宣庙号）还在藩邸时期，对于神代之事特难理解，曾面谕详作解释。为此，特呈上《古史通》及《古史通式问》共十卷。"（《新井白石全集》第五卷第467页）（25）这样，白石在《古史通》中所提出的"神者，人也。我国习俗，凡所尊敬之人皆称为加美"这样直率的解释，便不只是空论，丰臣秀吉与德川家康之事可作无可辩驳的注解。罗山缺乏这样直率提出问题的机会，就只能作理性的推论，并且还不能公然形诸文字。
    1716年，德川吉宗任第八代将军，新井白石失意致仕，专心著述。在一部现已遗佚的巨著《史疑》中，曾系统地发展了《古史通》中的论点。其经过可于《与佐久间洞{K5D710.JPG}书》中窥知："自去年起即以史疑为题，对于本朝国史可疑之事，或以辩论，或以设问等方式着手撰述。到去年初冬……论证完毕，完成三卷。""右三卷中，一卷为《旧事记》、《日本纪》及《六国史》之总论，关于神代卷之疑难，全部包括在二卷中。至此《古史通》的编纂工作亦全部告成。"（26）即使白石的史著果如福泽谕吉所言，不出只是政府历史的政治史范畴，而如能将《古事记》及《六国史》中的神代卷作出合理化解释，其于日本现代历史编纂学，即可当先行者之誉而无愧。