清廷对湘军的既利用，又戒备的措施，特别表现在对曾国藩的问题上，既要求他不断进攻驰援，与太平军死战；同时又长期不肯信任他，不授以正式官职，让其保持“不官不绅”的团练大臣的尴尬地位，让其在办事过程中多方受掣。所谓帮办团练大臣，不统属于省的三台--抚台、藩台、臬台之内，但究竟是朝廷的命官，亦非纯粹的地方绅士。这就使团练大臣处于一种“不官不绅”的特殊地位。一方面，这样可以使团练大臣在募勇、练兵等方面较少受到封建官场陋规及某些规定的制约，有一定的灵活性；另一方面，团练大臣要取得成功，取决于地方官的支持与否，这里既包括地方官个人的素质、还包括清政府有关地方体制问题（注：易孟醇。曾国藩传[M].南宁：广西人民出版社，1995，90.）。
    曾国藩深知其中奥妙，一直希望摆脱地方官的牵制--通过清廷授予他地方官职。早在长沙练勇引起与地方官和绿营的矛盾时，他就说：“官场伦次，各有职司，置此不官不绅之人，哽塞其间，于人觉耳目之非是，于吾则乖之并乖。”对清政府来说，又何尝不知团练大臣的苦衷，只是出于对曾国藩及湘军的戒备，始终不肯改变。即使已经授予同样为团练大臣的江忠源为安徽巡抚，也不肯赏给曾国藩。1854年10月，湘军攻占武昌，咸丰帝一时兴起，给曾国藩二品顶戴、署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎。然而，曾国藩署抚仅七天，他的谢恩摺尚未到达朝廷，咸丰帝的另一诏谕已达：着毋庸署理湖北巡抚， 赏给兵部侍郎衔。 同时还数落了曾国藩一番，说他“官衔竟不书署抚，好名之过尚小，违旨之罪甚大，着严行申饬”，并且把巡抚一职授给与曾国藩不和的原湖南按察使陶思培。真令曾国藩无可奈何。咸丰帝的这一转变，还是出于戒备。据说，咸丰帝授职曾国藩之后，一军机大臣提醒咸丰说：“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居闾里一呼，蹶起从之者万余人，恐非国家之福。”（注：薛福成。庸庵全集·庸庵文续编[M].下卷，7～8、20.）咸丰听后，“默然变色者久之”（注：薛福成。 庸庵全集·庸庵文续编[M].下卷，7～8、20.），于是又改变了他的即兴之作。
    咸丰帝的这一改变，令曾国藩在以后的几年里虽立不少战功，却办事多受牵制，极为不顺。特别是在江西的两年，真是举步维艰。王定安撰《湘军记》论说道：“曾文正以客军羁江西，外逼石达开、韦昌辉诸剧寇，内与地方官相抵牾，其艰危窘辱，殆非人所堪。”（注：湘军记[M].57.）曾国藩当时也说：“余前在江西， 所以郁郁不得意者：第一不能干预民事，有剥民之权，无泽民之位，满腹诚心无处施展；第二不能接见官员，凡省中文武官僚晋接有稽，语言有察；第三不能联络绅士，凡绅士与我营款惬，则或因醋而获咎。坐是数者，方寸郁郁，无以自伸。”（注：曾国藩全集家书（一）[M].360.）特别是在江西为筹措湘军粮饷，接连碰壁，令曾国藩心灰意冷，最后借父死丁忧，回籍去了。时在1875年3月。
    当曾国藩三个月假满，他上奏咸丰，要求在家终制，行以退为进之策，开始咸丰帝不同意，以为“剿贼吃紧”，应回营“力图报效”。于是曾国藩再次上奏，来个讨价还价，请求开除兵部侍郎缺。同时，又另上《沥陈办理艰难仍吁恳在籍守制折》。在这一奏折中，曾国藩列出三点困难：一是“虽居兵部堂官之位、而事权反不如提镇”；二是客军虚悬，宾主歧视，于筹饷、劝捐、抽厘极为不便，因为“身非地方吏，州县未必奉行，百姓亦终难见信”；三是关防屡经更换，往往被疑为伪造，朝廷的各项指令，亦由廷寄而非明谕，也令人“讥议”。所以曾国藩认为，“细察今日局势，非位任巡抚，有察吏之权者，决不能以治军；纵能治军，决不能兼及筹饷”（注：曾国藩全集。奏稿（一）[M].863～866.）。曾氏的这一番话，虽非虚言，但也不无邀官要挟之意。这样就使本来心存戒备的朝廷倍增疑虑，于是咸丰帝顺水推舟，开缺了曾国藩的兵部侍郎，又使他碰了一鼻子灰。尤使曾国藩心寒的是，在随后的一年多里，湘军节节取胜，原来他的部下如李续宾已授浙江布政使，并加巡抚衔，水军统领杨载福也升提督，赏穿黄马褂，而胡林翼早已是湖北巡抚，加太子少保衔。虽经胡林翼奏请起复曾国藩，但朝廷仍然不加理睬，把曾国藩晾在一边。直到1858年7月，浙江诸军群龙无首， 亟需“素具声威之大员”统领，又经给事中李鹤章、巡抚胡林翼再次奏请起复，咸丰帝才下诏令曾国藩回营。曾氏此次再不讨价，奉到上谕三天后即起程。
    从此以后，曾国藩的处境才逐步改善。这是因为，咸丰帝已经看出，湘军是镇压太平天国、保住大清江山的主干力量，不加利用，是达不到目的的。1860年6月，浙江“军情万分危急”， 清廷在浙抚王有龄及杭州将军瑞昌的催促下，为了促曾国藩驰援，乃下诏令曾国藩加赏兵部尚书衔，署理两江总督。显然，这是朝廷无可奈何之举。曾氏幕僚赵烈文说：“迨文宗末造，江左覆亡，始有督帅之援。受任危难之间，盖朝廷四顾无人，不得已而用之，非负扆真能简畀，当轴真能推举也。”（注：能静居士日记，同治三年四月八日，同治八年五月二十八日。 ）这反映了清廷的利用之策又占了上风。到同治更元，西太后掌权，采取了对汉人稍更信任的态度。西太后上台仅18天，便命曾国藩为钦差大臣、两江总督而外，统筹江、浙、皖、赣四个省军务，所有四省巡抚、提督以下各官，均归节制；又给曾国荃以记名按察使“赏给头品顶戴”。在此前后，湘军其他将领也各有所得。左宗棠继咸丰十一年12月任为浙江巡抚后，1864年4月，又补授闽浙总督，仍兼署浙江巡抚； 李鸿章则于同治元年三月任为署江苏巡抚；曾国荃也在左宗棠晋升闽浙总督之后，补授浙江巡抚。其他如蒋益澧授浙江布政使、陈士杰擢江苏按察使。真可谓皆大欢喜，湘军达到新的发展时期。