从1644年清朝入主中原，建立对全国的统治，到乾隆中叶完成对边疆地区的最后统一，清代前期的一个多世纪，清王朝一直在为完成统一大业进行极其艰苦卓绝的努力。同样，一些边疆民族政权也在为自己地区的民族经济、文化的发展而奋斗，为避免清朝的吞并和征服进行坚决的反抗。
    在如何看待清朝的统一问题上，学术界对以下问题有过多种不同的意见：
    1、统一与分裂，统一政权和分裂政权；
    2、统一、征服、控制与反抗；
    3、大统一与小统一；
    4、朝贡与臣服。
    统一与分裂，统一政权与分裂政权
    在清代，“大一统”、“一体”、“一统”和统一是同义词，全国的统一对于清王朝来说，是不可动摇的目标。正如康熙皇帝所说：“朕为天下一统之主，务使四海之内，人民咸获其所，一享太平”〔26〕。但是，清初清朝统治者所面临的局面并不是全国的大一统，而是明末所出现的中国边疆地区的多元化格局。也就是说，清朝虽然建立了对全国的统治，但是并未达到对全国的统一。在边疆地区出现的分裂与割据对于大一统局面来说是局部的和暂时的，是完成全国统一必然经历的过程。魏源在总结这个历史过程时说：“孟子曰：‘天下之生久矣，一治一乱。’西域之不治，自上古至今数千载。天欲使化荆棘而康衢，化幽谷而白日，化榛丕而冠裳，化膻帐而闾井，则必得圣人而畀之，且必铲销磨汤一扫其旧而后畀之。传曰：‘文王基之，武王凿之，周公内之。’言其道同，终始相成。臣是以反覆于西陲军事之本末，睹一支，念全体，观一隅，廑中国，益三叹于始事之固难，与终事之不易焉”〔27〕。
    清朝统治者对于割据一隅的边疆民族政权并未简单地斥之为分裂或分裂政权。而是在不同的阶段、对不同的民族、按不同的地区所确立的不同关系采用了不同的称呼，实施不同的政策。清入关前直到完成全部统一的18世纪中叶，清朝政府在正式文书和正常的交往中，称呼边疆民族政权为：“图白忒部落”、“汤古忒部落”、“汤古忒国”、“乌斯藏部落”；“吐鲁番”、“西域三十八国部落”、“哈密卫畏兀国”；“喀尔喀”；“厄鲁特部落”、“准噶尔部”、“准部”〔28〕。在这个问题上，清朝统治者的规定是很明确的，即“分疆别界，各有定制”。如在确定与蒙古诸部的关系时说明：“倘番夷在故明时，原属蒙古纳贡者，即归蒙古管辖，如为故明所属者，理应隶入中国为民”〔29〕。清朝承明制而继续实行对中国的统治，明朝未能达到元朝那样的疆域范围，清朝也只能采取稳妥的办法完成它的大一统目标，这也就体现出清朝政府在实现统一过程中的阶段性。
    对于已经明确纳入清朝统治范围的或者已经明确由清朝直接管辖的地区和民族，不管是汉族政权还是边疆民族政权，如果背叛清朝，再以独立政权形式与清朝对抗，清朝则坚决斥之为“分裂”、“谋叛”，坚决平定。
    清初的边疆民族政权又是如何看待国家统一和他们所处的割据一隅的地位呢？
    首先，对于清朝入关，持最积极拥护态度的喀尔喀、卫拉特、叶尔羌、青藏和硕特，卫藏红黄教派等边疆地区的民族政权和藏传佛教的各个教派。当然，他们支持的动机是不同的，概括起来有以下几种：
    1、 清朝在入主中原以前已经确定了和其他边疆民族政权的友好关系。清朝由东北地区进入中原，打破了明朝与边疆地区的隔绝状态，有利于各个地区的经济发展和贸易往来。这一点对急于与中原地区进行互市贸易的蒙古、卫拉特来说尤为重要。
    2、对于西北地区的叶尔羌汗国来说，明清之际， 其内部动荡不安，卫拉特部不断发动对他们的攻击，明朝政府无能力解决问题，因而寄希望于清朝，借助清朝的力量削弱卫拉特对他们的控制。
    3、清朝入关之际， 正是藏传佛教格鲁派联合和硕特顾实汗击败敌对势力，蒙藏联合政权统治西藏的开始，无论是顾实汗还是黄教集团及其他各个教派，都急需得到外来力量的支持，明中央政府已经被农民摧毁，新的中央政权产生，立即联系新的中央政府，取得承认和支持，对西藏各个方面来说都是至关重要的大事，因此清军入关，来自西藏各个方面的支持是最鲜明的。〔30〕