乾隆十九年三月至乾隆二十年(1755)六月，惠栋在卢见曾幕中，还与沈大成等幕宾精心校雠，参加卢见曾补刻朱彝尊所著《经义考》未刻部分的校勘工作。
    清初著名学者朱彝尊(1629-1709)著《经义考》300卷，全书上起两汉，下迄清初，以存、佚、阙、未见四门，通考历代诸儒说经书目，自《御注》、《敕撰》始，至《自序》终，分类共30种。每书先列撰者姓氏、书名、卷数，次列题注，标明存、佚、阙、未见，再列原书序、跋、诸儒论断及著者爵里，最后则附以朱氏考证按语。该书是朱彝尊晚年萃其一生穷经所得，考镜源流，梳理历代说经书目之作。康熙三十八年(1699)草稿粗就，陈廷敬、毛奇龄等序之，以次付刻。朱氏曾于康熙四十四年(1705)进呈该书，受到清圣祖褒奖。有朱氏此书，历代诸儒经学著作，存亡可考，文献足征。此书在经学史和目录学史上都是一大贡献，具有重要的学术价值。
    康熙三十八年由于朱氏财力有限，该书仅刻了《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》等部分，凡167卷。至康熙四十八年(1709)著者故世，尚有《宣讲》、《立学》、《家学》、《自序》四类草稿，余下部分待刊。朱氏殁后，扬州爱好藏书、刻书，好古博雅的大盐商马曰琯尝欲捐资刻印，因故未果。卢见曾乾隆十八年(1753)再任两淮盐运使，乾隆十九年三月于朱氏后人手中得具遗稿(12)，集资补刻，并延聘一时名儒惠栋、沈大成、陈章、江昱等校订，历时年余，终于在乾隆二十年七月补刻130卷成书。卢见曾撰序云：
    秀水朱竹垞先生经学大儒，著《经义考》三百卷。依宋十三经之例，益以《大戴》凡十四，为类一十有五。淮南已刻其半，《春秋》以下七经暨《逸经》、《毖纬》尚有十三类缺焉未覩，余窃病之。乾隆癸酉(乾隆十八年)，余以转运再至淮南。明年三月始得未刻之本于先生之孙稻孙，乃与同志授之梓而为之序曰，六经至孔子而论定，孔子没，西河七十子之徒转相授受，延及两汉，具有家法。逮有宋理学勃兴，诸儒各以己意说经，义理胜而家法转亡矣。故二经、十翼之分合，朱子谓郑风为淫奔，蔡氏谓商周不改月时，胡氏康侯谓圣人以天自处，好古之士不能无疑……窃尝谓，通经当以近古者为信。譬如秦人谭幽冀事，比吴越间宜稍稍得真。必先从记传始，记传之所不及，则衷诸两汉，两汉之所未备，则取诸义疏，义疏之所不可通，然后广以宋元明之说。勿信今而疑古，致有兔园册子、师心自用之诮……是则余区区刊是书之志也，刻成，俾以弁诸首。(13)
    卢见曾感叹《经义考》卷帙浩繁，校勘十分艰难，为表彰参与者的功绩，在该书题记中曰：“《经义考》全书告成，余既为之序，又编总目二卷……已刻一百六十七卷，其《宣讲》、《立学》、《家学》、《自序》三卷本缺，今补刻一百三十卷，卷帙浩繁，校对不易，从事诸君子各题名于每卷之后，而博征载籍，以正字画之讹者，钱塘陈授衣章、仪征江宾谷昱也。刻既成而核校之者，元和惠定宇栋、华亭沈学子大成也。其商略考订，兼综其事则祁门马嶰谷曰琯，半查曰璐云。乾隆乙亥七月望后三日德州卢见曾载识。”(14)
    惠栋不但认真参加该书的校审工作，还与卢见曾唱为同调地特别说：
    汉人传经有家法，当时备五经师训诂之学，皆师所口授，其后乃著竹帛，故汉经师之说立于学官。五经出于屋壁，多古字古言，非经师不能辨，经之义存乎训，识字审音乃知其义。是以古训不可改也，经师不可废也。后人拨弃汉学，薄训诂而不为，即《尔雅》亦不尽信。其说经也，往往多凭私臆，经学由兹而晦。篇中义理胜而家法亡一语，道破前人之陋，为之称快。末幅言通经之法，真悬诸日月而不刊之论，士人苟奉此说为圭臬，则经学明而人才盛，人人尽通达国体，岂止变学究为秀才耶。惠定宇。(15)
    卢见曾自乾隆二年(1737)就有刊刻王士禛《感旧集》的心愿，终于乾隆十六年(1751)在京城黄叔琳家得《感旧集》稿本，此后加以刻印，此书的刊行，其间同样渗透着惠栋的心血。关于此书的刊刻，王昶撰《感旧集跋》就明确记录“请惠定宇、沈学子两君子助之。”(16)《扬州画舫录》也称卢见曾请惠栋在扬州的旧雨亭修此书，“旧雨亭本卢雅雨所建，延惠徵君栋纂修渔洋山人《感旧集》之地也。亭中花草有三绝，一架古藤，一亩老桂，一墙薜荔。”(17)
    惠栋还参与卢见曾所编纂的《山左诗钞》的校订工作。清初诗坛，尤其是顺治、康熙年间，山东诗人创作极为活跃，涌现出一大批诗人，如王士禛、宋琬、赵执信、高珩、田雯、赵进美等，他们虽然在全国有很大影响，却没有一部专门地域性的诗歌总集给予著录。正如卢见曾所说：“百余年来未有专选，渔洋《感旧集》遍及海内之知交故旧，而于山左或缺略未备，先生尝以为憾，今距先生之殁又四十余年矣。”(18)他更为感慨的是，“近刊渔洋《感旧集》为之补传，每叹遗文散失，姓名无征，吾乡文献及今不为搜辑，再更数十年零落澌灭尽矣，此后死者所大惧也。”卢见曾为保存山东乡邦文献，决定编选《国朝山左诗钞》，“窃不自揆，属同里宋蒙泉弼、平原董曲江元度及诸同人遍搜昭代之诗，上自名公巨卿，下及隐逸方外，莫不毕载。厘为六十卷，每人各附小传，具列乡里出处，间缀名流评骘，备一代之诗史，以昭我圣朝风雅之盛在。”(19)用保存山东诗歌文献的方式，显示清代诗歌繁荣。这项工作始于乾隆十八年(20)仲春，成于乾隆二十三年仲秋，历时五载，选山东籍诗人620余家，得诗5900余首，总计60卷。卢见曾主要聘请宋弼、董元度担任整理的主要工作。对于这项编纂山东诗人诗集的大工程，惠栋也参加校订。“《山左诗钞》，卢雅雨先生主之……其间参订若纪晓岚、惠定宇、王兰泉、严冬友诸先生，皆天下闻人。又借书于黄昆圃、马秋玉两先生，阅五年而成书，宜为巨观，非后来所能及。”(21)