新设昭平县的辖地主要来自将昭平、马江二里以及府江流域周边县份的部分地方，而富川的二五都和贺县的招贤里则构成了后来黄姚的辖地范围。“万历元年（1573），乃议城昭平，设县治，复添参将，开通水陆之道。”⑦ 这一系列行政建置的变动，构成了昭平县和黄姚在万历之后社会变迁的行政基础。该时期明政府对黄姚的军事、政治控制，在万历年间广西巡抚杨芳所纂的《殿粤要纂》中有清晰体现。从书中的《昭平县图》（参见附录）我们可以看到，黄姚当时称为黄窑，建有黄窑营，属松柏巡检司管辖。关于明政府对黄姚地区具体的管治办法，在《昭平县图说》中有以下记述：
    盖马江上通埠头村装，贩鱼盐，以易麻絮。今方议榷税资饷，则此江所关重矣。然道路连亘崎岖，人烟屏绝，不设屯兵，何以便商市往来。由马鞍山度米岭以达思懃江，乃排民输赋至县城必经者，其岭道瓒岏，极目窗翳，不可以无备也。⑧
    从上引材料我们不难看出，明政府对黄姚的控制，是围绕着其与外界联系的两条交通来展开的：一是控制马江水道，以食盐、贸易羁縻僮人；二是控制接米岭陆路，使其输赋。这一点表明，从万历开始，明政府已在包括黄姚在内的昭平地区推行立户入籍登记。关于入籍的效果，万历四十四年（1616）的昭平知县柯寿恺在其所著的《夷情志》中提到：
    自府江洗甲之后，几无遗种。纵有漏网素封之家，招之开垦，乐耕输租，已四十年矣。⑨
    从这段材料看，情况似乎非常不错。但实情并非如此，万历以后，整个昭平地区还是处于动荡之中，地方社会上的僮人要么与土司发生政治冲突，要么与“民户”发生田产纠纷。要了解其中缘由，必须明白僮人入籍的方式。军事行动结束以后，明政府将府江流域的田地清理后分给土司，再让土司募兵耕种。郭应聘在隆庆六年的《善后疏》中提到：
    两岸三峒，核贼遗田四十万亩有奇……各令土司屯种。人给田四十亩，兵领加有差。⑩
    而《万历武功录》对执行的情况则有更为细致的记载：
    万历元年（1573），题准广西清出猺獞占据田土。除平乐、荔浦、永安原系民田，拨还耕种，办纳赋役外，其余俱拔令立土司，募兵领种，每兵给田十亩，其大小头目酌量加添，三年后方行升科，每亩止征米三升，一应差役悉行。(11)
    从善后的提议到执行政策，两段材料展示了一些微妙的差异。在对待“贼”的遗田上，郭应聘只提出了将田产分予土司耕种，但对于其中的机制，却没有更多的描述。而第二段材料却告诉了我们，政府和土司处理这些田产的方法。在此段材料中，我们尤其需要注意“募兵”一词。这提醒我们，这些兵并非土司原来属下的狼兵，极有可能就是当地的僮人。因此，部分僮人入籍的方式可能是通过土司募兵的方式来展开的。这些入籍的僮人以为“军户”的身份获得了田产。这一情况在黄姚的族谱上有清楚的反映。如黄姚街的吴姓宗族的家谱上有这样一段记述：
    明万历年间，粤西昭平之北陀移民梗化，上命陈龙崖率师剿之。事平招良民承垦。我麒麟公奉叔祖命选北陀可安。(12)
    从这段材料可以清楚看到，吴姓祖先麒麟公并没有参与军事行动的，但在战后被招入户。材料中所提到的陈龙崖实质上就是土司。
    以“军户”方式入籍的僮人以此方式获得了一定数额的田产。土司或者其手下的狼兵对于后入户的僮人而言，就是“民户”。囿于材料的缺佚，我们不能对这一过程作细致的分析，但我们大致推断，僮人入籍的方式是将田产寄至“民户”（狼兵）之下，田地名义上归属“民户”。僮人向“民户”交纳租钱，而“民户”则代僮人向政府交纳赋税。在这“合作”模式中，僮人借“民户”之名获得了合法身份，而“民户”则获得了经济利益。这一变动后，昭平地区出现了约二十年的相对稳定期。但至万历中期，僮人与“民户”（土司、狼兵）开始发生冲突与纠纷。万历二十六年（1598），黄姚南边的北陀僮酋黄朝田与把总曾唯发生冲突：
    黄朝田，北陀抚僮也。万历二十六年，副使林廷升出巡，适把总曾唯与朝田有隙，中以蜚语，遂下朝田于狱。其部数千人，率中怀不安，遂鼓噪围城。(13)
    这一次的冲突随后引发了昭平地区大规模的社会动荡，随后朝廷再次采取军事行动，平定动乱。这一事件本身折射出僮人与土司之间在此时期存在着深刻的矛盾。如果说黄朝田与曾唯冲突的原因没有史料明确记载，那么随后僮民之间的田产纠纷，则彻底表明了僮人与土司、民之间矛盾关键之所在。万历四十四年（1616），黄姜水村僮人王朝章等出告要求立户，由此与民户发生田产上的纠纷。柯寿恺写道：